1616年，根據魏源所著《聖武記》記載：“清太祖遣兵四百收瀕海散各部，其島居負險者刳小舟二百往取，庫頁內附。歲貢貂皮，設姓長、鄉長子弟以統之”。清朝建立以後，庫頁島歸寧古塔副都統管理。1715年之後，歸三姓副都統管轄。庫頁島上的居民每年到黑龍江下遊的普祿鄉向清政府進貢貂皮。
1635年。江戶幕府鬆前藩藩主鬆前公廣派家臣村上掃部左衛門巡視庫頁島。此後又於1650年、1689年、1700年先後派家臣巡視該島。
1644年，鬆前藩提出為日本全國國土繪製地圖，是為《正保禦國繪圖》。本圖首次把北海道及庫頁島等原本由當地原住民居住的地方劃入日本領土。
1679年，鬆前藩在庫頁島的久春古丹建造臨時性的漁民居住所，並開始與當地愛努族居民進行貿易。
1689年。清政府與沙皇俄國簽定《尼布楚條約》，當中規定：外興安嶺以南為中國領土，中國方麵的認知是將庫頁島包括在內。庫頁島在法理上歸屬中國，但是由於清朝統治者的極度昏庸，導致庫頁島實際上被俄國遠征軍所控製。
1709年，康熙皇帝派遣三位耶穌會修士測量全國版圖，耶穌會士得知有一大島，翌年第二支由滿族人組成的測量隊成功地橫渡韃靼海峽到達了庫頁島。
179年，俄國人什潘彆爾克中尉在尋找日本航線期間，從蝦夷人那裡得到知庫頁島的存在。
1742年。俄國人舍利京克勘察了幾乎整個庫頁島的東海岸，使沙俄認識到庫頁島在遠東地區的戰略價值。
1783年至1787年，法國航海家拉彼魯茲在黑龍江口和庫頁島勘察期間，發現了宗穀海峽。
1785年，江戶幕府派遣工部吏山口鐵五郎等5人及隨從人員分兩路勘察千島群島和庫頁島，得出結論：“庫頁島的北部是隸屬於中國清朝的”，“均屬滿洲統轄之夷區”。
1789年，沙俄侵略者大肆屠殺島上的赫哲族居民，並將他們驅逐回大陸，並在母子泊地方修築政廳、教堂、監獄、學校等建築。徹底占領庫頁島。
1858年和1860年，沙俄迫使清政府簽訂不平等的《中俄璦琿條約》和《中俄北京條約》，包括庫頁島在內的100餘萬平方公裡的中國領土割讓給沙俄，自此庫頁島在法理上和實際上。都已經徹底脫離了中國。
領土爭奪時代
庫頁島上的早期居民阿伊努人就是來源於日本列島。
1295年，日本日蓮宗第二代祖師日持上人前往庫頁島傳教，並且在島上建立日蓮宗據點。
1297年，以日本津輕地方為根據地的蝦夷管領安東氏率領“骨嵬”向黑龍江流域侵略。
1485年，庫頁島本地阿伊努族首領向武田信廣獻銅雀台。
1593年，豐臣秀吉派遣大將鬆前慶廣攻占所有蝦夷族（即是阿伊努族）土地。其中包括阿伊努族控製的庫頁島部分。
1635年，鬆前公廣派村上掃部左衛門巡視庫頁島。
1645年，波雅爾科夫帶領下的阿穆爾進軍活動的參與者第一次見到了庫頁島的西北海岸。17世紀中葉，沙俄派哥薩克兵在黑龍江流域騷擾，包括庫頁島。
1679年，來自鬆前藩穴陣屋的久春古丹在庫頁島設立城鎮大泊町，日本人開始在庫頁島開拓漁場。
1689年，清政府與沙皇俄國簽定《尼布楚條約》，沙皇俄國由於清政府在庫頁島上沒有正式駐軍，派遣遠征軍（由士兵和囚犯組成）襲擊庫頁島北端，殺散赫哲族居民，修起營舍並開采煤礦。此後俄國開始了其征服庫頁島的過程，與當地土著和占領南部日本勢力展開激烈鬥爭。
1790年，鬆前藩派遣鬆井乾藩和新井隆助到島上窺探，並在庫頁島南端的白主設置市集。另一方麵，日本派人與沙俄討論瓜分該島。
1799年，庫頁島南部成為了江戶幕府的直轄地。
庫頁島
1799年，沙皇俄國正式批準成立“俄美公司”，其任務是鞏固沙俄在北太平洋地區的領土以及奪取黑龍江口、庫頁島地區。
1806年10月10日，俄美公司軍官赫沃斯托夫的艦隊在庫頁島南端的久春古丹襲擊了鬆前藩藩主的稅務所，焚燒倉庫，並宣布庫頁島為沙皇俄國所有。俄日之間開始為庫頁島的歸屬發生武裝衝突。
1807年，江戶幕府派遠山景晉趕赴庫頁島，將庫頁島的管轄權收歸幕府，又命令仙台、會津兩藩派兵駐守庫頁島。
1808年，江戶幕府發布“俄船驅逐令”，指令沿海各地，“今後無論在何處海麵發現俄船，應即嚴加驅逐，如敢靠岸，應迅即逮捕或處死”。同年，江戶幕府相繼派遣最上德內、鬆田傳十郎、間宮林藏到庫頁島勘察，初步得出庫頁島是一個島嶼的結論。
1808年，日本的江戶幕府相繼派遣最上德內、鬆田傳十郎、間宮林藏到此。鬆田傳十郎在庫頁島最西端（北緯52度）建立“大日本國國境”標柱。
1809年，間宮林藏再次對庫頁島進行勘察，並沿黑龍江溯流而上，訪問了清政府設在黑龍江下遊德楞的地方政府。由此，日本人第一次確切地得知庫頁島是一個島嶼。正式定名為“北蝦夷”。此時，庫頁島上的阿伊努人已經被納入日本人範圍，自此庫頁島南部基本上處於日本控製之下。
1814年，江戶幕府從庫頁島撤兵，並恢複了鬆前藩對庫頁島的管轄權。
1821年，南庫頁島（日本稱為樺太）隸屬於鬆前藩。
1850年8月1日，涅維爾斯科伊到達庫頁島北部的庫艾格達岬，升起俄國國旗，宣布：“現在阿穆爾河口、薩哈林和韃靼海峽沿岸地帶已納入俄國版圖，它們不可侵犯並受到武力保護”。
1852年5月，沙俄“遠東政策委員會”派普提雅廷為代表赴日進行談判。(未完待續。)
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