儘管第二次衝擊給人類帶來了沉重的打擊，使人口在短時間內銳減一半，但人類並沒有被這一災難擊倒。
經過不懈努力，他們成功地將亞當還原成了胚胎狀態。
不僅如此，人類還成功地控製住了亞當的靈魂，並將其安放在一個名為褚熏的人類少年體內。這個少年成為了亞當靈魂的宿主，也因此與亞當產生了緊密的聯係。
在發現亞當之後，人類繼續深入探索，最終在霓虹地下的巨大空洞裡找到了裝著莉莉絲的黑之月內核。
這個發現對於人類來說意義重大，因為莉莉絲同樣是生命之樹的一部分，其存在對於理解生命的起源和進化具有重要價值。
依托這個發現莉莉絲的巨大地下空洞，人類決定在此建立起人類進化研究所，也就是後來的nerv組織總部，並以其為中心建造了一座名為第三新東井市的要塞城市。
這座城市不僅是人類對抗使徒的重要據點，也是人類文明的新希望。
為了應對可能蘇醒的使徒，人類參考亞當的身體構造，以亞當和莉莉絲的血肉為材料，製造出了巨大的機器人戰士。
其中，使用莉莉絲血肉製造出來的機器人被命名為初號機，而使用亞當血肉製造出來的兩台機器人則分彆被稱為零號機和二號機。
這些機器人被統稱為新世紀福音戰士，簡稱eva。它們是人類對抗使徒的最後防線，也是人類科技與智慧的結晶。
eva被製造出來後，碇真嗣的母親碇唯作為初號機的駕駛員參加了啟動實驗。
然而，實驗過程中發生了意想不到的事故，導致碇唯的靈魂被困在了初號機的體內。
這一悲劇性的事件對碇真嗣的父親碇源堂產生了巨大的影響。
自從碇唯的靈魂留在初號機內後，碇源堂的性格發生了根本性的轉變。他變得冷酷、孤僻，對周圍的人和事都漠不關心。
碇源堂內心深處一直渴望著能夠再次見到自己的妻子，這種渴望逐漸演變成了一種執念。
為了實現這個目標，他申請將自己所在的人類進化研究所改組成nerv組織，同時向seee提出了由他來執行一個大膽而瘋狂的計劃——人類補完計劃。
人類補完計劃的核心思想是讓所有人類擺脫肉體的束縛，以靈魂的形態回歸到莉莉絲之卵中。
這樣一來，人類將融為一體，彼此的心靈也將相互補充和完善。
然而，這個計劃在大多數人眼中簡直就是一場自殺式的行動。
因此，隻有seee和nerv的極少數高層知道這個計劃的存在，甚至連各國政府都被蒙在鼓裡。
與此同時，在死海文書所預言的特定時間裡，那些被封印的使徒們開始一個接一個地從沉睡中蘇醒過來。
它們如同一股強大的黑暗力量，朝著第三新東井市洶湧而來，給人類帶來了前所未有的巨大威脅。
因為第一始族的設定，使徒們會本能的想要毀滅莉莉絲。
在回憶完eva世界的信息後，洛亞開始對這個世界中一些獨特的元素產生了濃厚的興趣。
其中，最讓他感興趣的便是朗基努斯之槍、at立場和s2機關。
首先，朗基努斯之槍引起了洛亞的特彆關注。這把槍實際上是生命之樹乾枯的根須，它蘊含著完整的第一始族的力量，具有強大的殺傷力。
它不僅能夠輕易地擊殺亞當及其繁衍出來的使徒，更是一種象征著絕望的存在。
然而，令人驚奇的是，朗基努斯之槍在充滿希望的人手中，竟然可以變換成希望之槍卡西烏斯。
這意味著朗基努斯之槍能夠根據持有人的心意自由切換形態，展現出不同的力量和特性。
洛亞一直以來都對自己使用噬淵劍和鱗冥戟這兩把武器感到有些不便。他一直在思考如何將這兩件武器熔煉成一把更強大、更方便使用的武器。