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關於世界的起源，這個問題就像男男女女的情感話題一樣，誰都沒辦法真正搞清楚，但是誰又都可以隨便掰扯兩句。
雖然相比於家長裡短，這是一個距離現實世界相當遙遠的問題，但一代又一代的學者們卻從未停下探究其根源的腳步。
曆史上，各種各樣的猜想和理論層出不窮，但又和各地聯盟的冠軍天王名單一樣，幾乎每隔幾年，就會完全換一個模樣。
人類的蒙昧時期就自不必說了。每一片地區都有著屬於自己的圖騰寶可夢和起源神話。從鳳王到洛奇亞，從帝牙盧卡到帕魯奇亞，從哲爾尼亞斯到伊裴爾塔爾，幾乎每一隻強大的傳說寶可夢，都曾經被附近地區的人們當做創造世界的神明頂禮膜拜過。
而到了聯盟成立後的現代，科學與理性終於迎來了啟蒙的曙光。
就在神職者和宗教家們還在為各自的信仰爭論不休的時候，科學家們率先拿下了一分——
他們根據實驗測得的dna數據，以及各地發現的遠古化石遺跡，認為世界上並不存在一個手捏萬物的神明，被他們成為幻之寶可夢的精靈“夢幻”，才是世界上最早誕生的寶可夢。
他們進而提出假設，稱除了人類創造出的那些現代寶可夢之外，圖鑒上的所有寶可夢全都是這隻夢幻精靈的子嗣。
而之所以會出現如今圖鑒上這麼多種千奇百怪的寶可夢，則是因為寶可夢除了在本身的進化鏈條之外，每代親緣之間同樣也存在著某種緩慢的生物進化。
把這種“慢性進化”放到千萬年的時間尺度之上後，原本那些相貌、能力、屬性一致的夢幻便開始開枝散葉，為了適應世界各地的環境，走上了各自不同的道路。
靠近河流海洋的夢幻成為了水係精靈，生長出鰓和鰭翅；臨近高山礦脈的夢幻皮膚逐漸堅硬，變成岩石係；需要穿梭於林葉的夢幻則最終生長出翅膀，學會飛翔……類似的研究理論最終被並入寶可夢研究的蛋組學。
而正當研究所中的白大褂們歡呼雀躍，為科學的勝利而彈冠相慶的時候，剛剛獨立不久、尚還隻是一個新興學科的精靈學研究，卻從背後捅了這些兄弟學科一刀。
在大木博士開始嶄露頭角的那個年代裡，人們對於寶可夢的研究變得更加係統，更加嚴謹。
原本那基於人類生物學而推導出的“夢幻起源論”，在這新一代的學術視角下，頓時變得破綻百出起來。
一個事實很快就被擺上了台麵，夢幻並非是世界上出現的第一隻寶可夢。
無論是長眠在豐緣地區深海地殼下的超古代精靈，還是長眠於神奧地區雪峰神殿中的雷吉奇卡斯。這些如今被證明真實存在的寶可夢，它們曾活躍過的年代，實則遠遠早於過去那些發現的夢幻化石。
同樣的，早期科學家們所提出的“慢性進化”理論也一並遭受到新一代研究者的猛烈質疑。
從宏觀的物種角度來看，大部分精靈們的基因實則比生物學家預想的要穩定、堅韌得多。
許多地區觀測到的亞種現象也證明了，寶可夢的亞種演化更接近於一種用進廢退的“集體突變”，隻要把那些地區亞種的精靈帶回原本的環境，過不了幾代就會完全還原回其原本的種群姿態。這種演變方式與過去學者們構想出的物競天擇式淘汰大相徑庭，幾乎完全動搖了“夢幻起源論”的根基。
而且，最關鍵且要命的一點是，在“夢幻起源論”的邏輯框架中，還存在著一個巨大的理論空洞，那就是人類在整個自然界中所處的位置。
這個理論縱然可以解釋一部分寶可夢現象存在的原因，卻完全回避乃至於漠視了人類種族的起源問題。對於世界根源的探索更是聊勝於無。