夏夜悶熱得像蒸籠，小滿躲在涼席上翻來覆去睡不著。窗台上的螢火蟲燈籠突然撲棱棱亮起，那是爺爺去年夏天編給她的，此刻每隻紙螢火蟲都閃爍著奇異的光，拚出通往衣櫃的箭頭。
櫃門吱呀自動敞開，掛滿藤蔓的拱門在黑暗中浮現。小滿剛踏進去，腳下的木地板就變成柔軟的苔蘚，頭頂垂下的常春藤瞬間綻放出會唱歌的鈴鐺花。深處傳來叮咚水聲，撥開葉片，她看見銀鱗魚尾在月光下一閃而逝。
\"人類小孩不許偷看！\"濕漉漉的聲音從蘆葦叢傳來。渾身沾滿露珠的綠發少年抱著陶罐探出頭，他的耳朵尖尖的，赤腳踩過的地方立刻長出發光的三葉草，\"我是守泉人阿螢，你怎麼會闖進螢火森林？\"
小滿還沒開口，遠處突然傳來尖嘯。整片森林的螢火蟲同時熄滅，阿螢臉色驟變，陶罐裡的泉水泛起血色漣漪。\"暗影蠑螈又來了！\"他拉起小滿狂奔，樹根自動拱起形成台階，帶他們躍上最高的橡樹。
月光下，沼澤中央翻湧著瀝青般的黑霧，九隻長著尖牙的蠑螈破土而出，鱗片泛著金屬冷光。它們張開巨口，吐出的黏液所到之處，三葉草迅速枯萎成灰燼。阿螢舉起陶罐，泉水化作光刃劈向怪物，卻被黑霧反彈回來。
\"這樣不行！\"小滿發現蠑螈眼睛裡倒映著自己的螢火蟲燈籠，那些被黑暗吞噬的紙螢火蟲突然重新發亮，\"試試用光把它們引到河邊！\"她摘下燈籠拋向空中，所有螢火組成發光的鎖鏈纏住蠑螈的尾巴。
阿螢立刻領悟，將泉水潑向天空。月光與泉水交融，在沼澤上空織出巨大的光網。蠑螈們發出痛苦的嘶吼，黑霧中漸漸顯露出被困住的螢火蟲精靈。原來這些怪物是被汙染的泉水所化，體內囚禁著森林的光明。
戰鬥結束時，黎明的第一縷陽光穿透雲層。阿螢疲憊地癱坐在焦黑的草地上，他的鱗片黯淡無光，耳尖的露珠也失去了光澤。\"暗影蠑螈每百年蘇醒一次，這次要不是你...\"他突然劇烈咳嗽，陶罐裡的泉水徹底變成黑色。
小滿翻開燈籠夾層，那裡藏著爺爺臨終前塞給她的銀哨。當哨聲響起，所有紙螢火蟲化作實體，翅膀上的磷粉飄進陶罐。泉水重新變得清澈，還浮現出爺爺年輕的麵容。\"傻丫頭，螢火蟲燈籠裡藏著守護森林的契約。\"影像中的爺爺眨眨眼，消失前留下一串風鈴草。
阿螢震驚地看著小滿：\"你是初代守泉人的血脈！這些年我們一直在等守護者歸來。\"他帶小滿來到森林深處的許願池，池底沉睡著十二座水晶雕像——正是被汙染的泉水侵蝕前的守泉人模樣。
突然，最後一座雕像閃過紅光。一隻斷尾的蠑螈從池底浮起，它眼中的黑霧正在消散，露出和阿螢相似的綠眼睛。\"哥哥！\"阿螢顫抖著伸手，小滿將發光的風鈴草放在蠑螈額頭。黑霧徹底褪去，恢複成少年模樣的守泉人虛弱地說：\"暗影之源...在舊礦井...\"
三人循著線索來到廢棄的礦洞。深處的地下湖漂浮著巨大的汙染核心，像顆跳動的黑色心臟。阿螢的哥哥突然攔住他們：\"太危險，這是我當初沒完成的任務。\"但小滿注意到核心表麵布滿蛛網般的裂痕，和自己燈籠上爺爺修補的痕跡一模一樣。
\"讓我試試！\"小滿取出銀哨，螢火蟲們銜來發光的絲線。她模仿著爺爺縫補燈籠的手法，將光明一點點織進汙染核心的裂痕。阿螢兄弟用泉水清洗傷口，十二座水晶雕像同時蘇醒，將最後的力量注入絲線。
當第一百隻螢火蟲落在核心上時，黑色心臟轟然炸裂。純淨的泉水噴湧而出，淹沒整個礦洞。逃出生天時，晨光正溫柔地撫摸每一片新生的三葉草。阿螢的哥哥重新獲得了魚尾，十二位守泉人圍著許願池跳起古老的舞蹈。
離彆時，阿螢送給小滿一串螢火項鏈：\"隻要森林需要，它就會指引你回來。\"小滿把項鏈和燈籠放進衣櫃，發現櫃門內側浮現出新的藤蔓花紋。當月光再次爬上窗台，那些花紋就會變成會動的故事，講述著螢火森林永遠講不完的傳說。