軍機房是楊秀清日常辦公之所，位於東王府中軸線東側，是座獨立的院落。
其主體建築為七開五進的硬山頂大殿，台基高約1.5米，象征「天父臨凡」的至高地位。
外圍設有三重圍牆：第一重是夯土包磚牆，高5米，有手持長矛的「聖兵」把守府門；
第二重為木柵欄，掛著「天父護佑」黃綢，由腰配短刀的「參護」核驗身份；
第三重是引秦淮河水環繞的壕溝，設有吊橋，橋兩側立著「斬妖劍」與「天父旗」，有20人的「聖兵」小隊守衛。
這些士兵從東殿「牌刀手」中精選，需通過「天父試心」儀式飲符水、誦聖歌）才可入選。
過了壕溝，便到了大殿前的等待區。
這裡也是分等級的，廊簷下是高階官員等候區，有石凳、茶幾，陳列著《天父詩》《行軍總要》等典籍，供韋昌輝、石達開等諸王暫歇。
殿前的露天石坪廣場則是中下級官員等候區，無座椅，等待的官員需跪聽傳喚，不得交談，以免串通消息，違者處決。
蕭朝富身為東王府屬員，且帶有宣詔腰牌，順利進入了軍機房大殿前等候區。
以他的身份，隻能在露天等候區等待。
他匆匆掃了一眼，見廣場上已稀稀落落，分散跪著二三十人。
他將前來軍機處的緣由，告知出來接待的東王府女承宣官，並遞交了腰牌，挑了處寬敞地麵跪著，等待東王召喚。
此時剛過中秋節，天近中午，南京的天氣依舊頗為悶熱。
蕭朝富不知跪了多久，跪在石磚上的膝蓋已隱隱作痛，額頭上的汗水一滴滴落在麵前的石階上。
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突然大殿大門打開，十幾名衛兵押著兩個身著黃袍、身材魁梧的天國高級官員出來，看樣子都是天國的王爵。
其中一個還在兀自叫嚷：“東王，我不服！我們孤軍深入，後援斷絕，清妖多為騎兵，專門攻擊我們的後勤補給線。”
“我們占上風時追不上，落下風時跑不掉。戰敗的緣由，怎能全在我和老胡身上？我不服！”
那漢子聲音洪亮，在廣場上回蕩。
另一個漢子勸道：“燕王，少說兩句吧。”
此時軍機房走出一隊人，為首的是個身材矮小、瞎了一隻眼的人，正是東王楊秀清。
隻見他身著黃緞團龍袍服，袍服袖口與下擺繡著“水波浪”紋樣，寓意“江山永固”；頭戴金絲鏤空朝冠，冠頂鑲嵌寶石；腰間束著金玉腰帶，懸掛著東王印信及刻有“天父權能”的玉佩。
他身後幾步遠，跟著一個同樣身材矮小、麵白無須、精明乾練模樣的人。
身著黃馬褂，正是天國文官之首、負責天京城戍衛的佐天侯陳承瑢。
兩人身後還跟著以傅善祥為首的12名女官，均穿黃綢寬袖衣，頭戴珠冠，腰間係著紅綢帶。
最後是一二十名官員，是天國的地官、春夏秋冬四官丞相，以及吏、戶、禮、兵、刑、工六部的尚書、侍郎。
此時最開始被押出來的兩人，已被按趴在地上，褪去上衣，露出壯實的脊背。身邊各站著兩個拿木棍的護衛，看樣子正準備行刑。
楊秀清走到剛才還大喊大叫的漢子麵前，抬腳朝他臉上、身上踢去，罵道：
“若你能一鼓作氣，像當初攻擊天京城那樣義無反顧、直衝到底。此時北京城早被我們拿下，鹹豐妖要麼死要麼逃，我們的局勢就截然不同了。”
“而你卻是前怕狼後怕虎、行動遲緩，猶豫不決，給清妖充裕時間聚集兵力，導致功虧一簣。”
“天國三萬多精銳，因你的無能白白折損一萬多。裡麵可有七八千廣西老兄弟！你個柒頭，還有臉不服？”
楊秀清邊踢邊罵，那燕王似要掙紮回嘴，卻被身後的護衛死死按住，動彈不得。
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