如今，長安朝廷的朝政和軍權已儘在劉昆掌握之中，沿用少帝劉辯登基時189年8月）用的“光熹”年號，如今正是光熹三年。
他也不再像過去那樣在暗處行事，而是光明正大地走上前台，自然不能再用過去管理種花部落的方式治理如今的大漢朝廷。
經過多日來與軍機處三巨頭戲誌才、賈詡、黃玄的反複商討、論證，劉昆終於製定出一套完整的朝廷新政。
在朝廷架構方麵，劉昆借鑒了隋唐時期的三省六部製度。
他為官員們製定了九品十八級的品級體係。
隋唐時期的三省分彆為尚書省、中書省、門下省。
尚書省是長安朝廷的行政核心機構，下設六部二十四司，類似於後世的國務院，其職能與東漢朝廷的尚書台基本一致。
中書省負責秉承皇帝的旨意，掌管機要事務，是發布皇帝詔書和中央政令的最高機構。
門下省則掌管皇帝命令的傳達，負責禮儀事務，國家的各項政務，與中書令共同商議，獨自裁決省內事務。
由於劉昆尚未稱帝，所以並未設立中書省和門下省這兩個機構，而是將它們的職能合並到了六部之中。
劉昆親自擔任尚書台錄尚書事，品級為正一品。
尚書台設有兩名副長官，即尚書左仆射和尚書右仆射。
左仆射由戲誌才擔任，右仆射是王允，兩人都是正二品大員。
實際上，以左仆射戲誌才為主，他成為了尚書台的實際主官。
畢竟劉昆不可能每天都待在尚書省處理政務，尚書台的大小事務隻能辛苦戲誌才操勞。
劉昆征辟了素有“王佐之才”之稱的荀彧，讓他擔任尚書左丞，這個職位正四品上，對初入仕途的荀彧來說，已是極為重用了。
尚書右丞掌管錢糧等事務，劉昆選擇了雁門郡丞陳端。
陳端能力出眾，跟隨劉昆多年，一直兢兢業業、恪儘職守。
如今能進入尚書台擔任正四品下的尚書右丞，也算是多年的努力得到了回報。
吏部相當於後世的中央組織部，負責掌管天下文官的任免、考課、升降、勳封、調動等事務。
吏部尚書由楊彪擔任，他同樣是四世三公，門生故吏遍布天下。
有楊彪這樣的人物坐鎮吏部，相信會吸引不少人才前來投奔長安朝廷。
吏部侍郎一職，劉昆征辟了陳群。
潁川之地人才濟濟，陳群便是其中的佼佼者。
戶部掌管戶籍和財經，負責天下土地、人民、錢穀等政務，以及貢賦的分配，相當於後世的民政部和財政部。
戶部尚書由黃玄擔任，他在種花部落擔任大管家多年，對這方麵的事務早已輕車熟路。
兵部相當於國防部，掌管武官的選用、兵籍、兵械、軍令等事務，兵部尚書由荀攸擔任。
禮部掌管五禮的儀製以及學校貢舉的法規，負責天下禮儀、祭享、貢舉等政令，禮部尚書由德高望重的老臣馬日磾擔任。
工部掌管營造工程相關事務，負責山澤、屯田、工匠以及各司公廨的紙筆墨等物資，工部尚書由黃琬擔任。
刑部掌管刑罰，負責律令、刑法、徒隸、按覆讞禁等政務，不過其權限僅限於平民及七品以下官員。
刑部尚書由剛正不阿的盧植擔任，這也是楊彪舉薦的人選。
禦史台的第一任禦史大夫由馬日磾舉薦的華歆擔任，劉昆同意了這一任命。
禦史台負責糾察、彈劾官員，肅正綱紀，反貪反腐，相當於後世的最高檢察院。
此外，李儒為董卓出的絕戶計，雖然看似陰險，但卻無形之中為劉昆掃清了不少障礙。
像董璜以“通敵賣國”之罪抄家滅族，不少朝廷官員因此倒台。
而王允、楊彪、馬日磾等人，表麵上與董卓關係密切，卻意外地幸免於難。
對於種花部落治下的並州、涼州以及新得的司隸地區，不再實行都護府獨攬軍政大權的方式，而是實行軍政分家的製度。