孔家主要人員既被處決，其家產亦遭抄沒。
抄得之資產，除卻用以補償受害百姓，竟仍餘甚多，足有千萬兩白銀之巨！
由此可見，孔家這些年所作所為，不知有多少惡行。
自此之後，儒家士林之地位，一落千丈。
往昔朝廷所頒諸多優待政策，亦皆被取消。
往昔備受尊崇、優渥有加之士林眾人，如今行事諸多受限，不複往日風光。
往日裡憑借優待而得之便利，如今儘皆化為烏有。
眾儒生求學、入仕之路，也因之陡添波折，一時之間，士林上下人心惶惶，皆感大勢已去，前途未卜。
朱元璋遂命群臣共議，孔家所遺田地當如何處置。
朝堂之上，一時議論紛紛。
有大臣奏曰：“孔家田地，可充公入官，以增國庫之資，用於興修水利、賑濟災民，如此可惠澤萬民，彰顯聖上仁德。”
又有大臣諫道：“孔家之地，多在膏腴之處，不如分與無地之農戶，令其耕種，一則可安民生，二則能增賦稅，於國於民皆為有利。”
另有大臣進言：“孔家雖犯重罪，然孔聖之道，教化千年，其地或可留少許，用以修繕孔廟，維係斯文，以表朝廷崇儒重道之心。”
眾說紛紜，各執一詞，皆候聖上定奪。
禮部官員亦上前奏道：“聖上明鑒，雖說這一代孔家子弟多行不軌，德行敗壞，犯下諸多罪孽。
然孔聖先賢，創儒家學說，教化萬民，恩澤千年，其功至偉，實無過錯。
孔廟乃儒教聖地，承載天下讀書人之信仰，凝聚斯文教化之根本。
若因這一代孔家之過，而毀棄孔廟，恐天下讀書人寒心，於我朝文治教化不利。
依臣之見，孔廟務必保留，且當妥善修繕維護，以彰我朝尊崇聖賢、弘揚教化之意。
至於孔家田地，可酌留部分，以供孔廟日常用度及祭祀之需。”
對此提議，諸多朝臣皆無異議。
畢竟眾人皆由誦讀聖賢書晉身朝堂，深知孔聖之道於教化人心、穩固社稷之重。
孔廟乃儒道象征，維係天下讀書人心誌，若貿然毀棄，實非明智之舉。
故眾人皆覺禮部官員所言在理，紛紛頷首讚同。
朱元璋亦覺此議有理，行事不可過絕，以免損及朝廷尊崇儒道之形象，遂頷首允之。
然對於山東諸多士紳豪族與孔家土地之事，朱元璋意使山東官府效仿遼東所行之土地改革政策，推行承包責任製。
浙東集團官員聽聞此議，當即出列反對。為首一官員躬身奏道：“陛下，遼東與山東情形大不相同。遼東地處邊陲，地廣人稀，推行承包責任製或可激發墾荒之效，以固邊疆。
然山東乃腹心之地，人口稠密，士紳豪族根基深厚。
驟然行此政策，恐生諸多事端。士紳豪族向來為地方之梁柱，若貿然變革其土地所屬，彼等或心生不滿，擾亂地方安穩，於社稷不利。還望陛下三思。”