第二階段的行動在綠星人首領的親自指揮下展開。突擊組由五十艘綠星人最先進的隱形突擊艦組成，每艘艦上搭載著十名來自同盟各成員星係的精英戰士，共計五百人。他們的任務是潛入暗影聯盟的核心區域——“暗能星係”，找到並摧毀超級人造黑洞研發基地。暗能星係是暗影聯盟的發源地，周圍環繞著三層能量防禦圈，配備了最先進的暗物質探測器和防禦武器，潛入難度極大。
綠星人的隱形突擊艦采用了最新的量子隱形技術，能完全屏蔽自身的能量信號和物理特征，在常規探測設備上如同不存在一般。突擊組利用龍軒提供的暗影聯盟防禦部署圖，小心翼翼地避開巡邏艦隊和防禦節點，從能量防禦圈的薄弱環節潛入。當突擊艦穿過最後一層防禦圈，進入暗能星係時，所有隊員都鬆了一口氣，但隨即又繃緊了神經，因為真正的挑戰才剛剛開始。
暗能星係的主星是一顆巨大的黑色行星，表麵覆蓋著暗物質能量晶體，散發著令人窒息的威壓。超級人造黑洞研發基地就建在這顆行星的北極區域，被一座巨大的暗物質能量罩保護著，能量罩表麵流淌著黑色的能量流，不斷吸收著周圍的恒星能量。基地周圍部署了大量的防禦機器人和暗物質炮塔，戒備森嚴。
“根據衛星圖像，研發基地的能量核心位於基地中央的主塔內。”綠星人首領通過通訊器向突擊組下達命令，“我們需要先摧毀能量罩的發生器，打開缺口，然後分三路進攻：東路小隊負責摧毀防禦機器人控製中心，西路小隊負責破壞暗物質炮塔能源供應，中路小隊隨我直接進攻主塔，摧毀能量核心！”
突擊組在距離研發基地五十公裡的一處峽穀中降落，隊員們穿上隱形作戰服，徒步向基地潛行。隱形作戰服能根據周圍環境改變顏色，配合量子隱形技術，讓隊員們在敵人眼皮底下行動而不被發現。但基地周圍的暗物質能量濃度極高，乾擾了隱形作戰服的能量供應，隊員們必須儘快行動，否則隱形效果會消失。
東路小隊首先抵達防禦機器人控製中心外圍。控製中心是一座圓形建築，周圍有二十名機器人守衛，它們的眼睛能發射暗物質探測射線，任何能量波動都逃不過它們的監測。“用電磁脈衝手雷！”東路小隊隊長低聲下令，兩名隊員悄悄繞到守衛後方，扔出兩枚電磁脈衝手雷。手雷無聲爆炸，釋放出強烈的電磁脈衝，機器人的電路瞬間被燒毀，失去了行動能力。
隊員們迅速進入控製中心，用定向炸藥炸毀了中央的主控電腦。隨著主控電腦的爆炸，基地內的防禦機器人紛紛癱瘓，東路小隊圓滿完成任務，開始向中路小隊靠攏。
西路小隊的任務更加艱巨，暗物質炮塔的能源供應來自基地下方的地熱能源站，需要穿過一條布滿暗物質陷阱的通道才能到達。隊員們小心翼翼地避開通道內的能量感應裝置，用激光切割器打開能源站的大門。能源站內布滿了複雜的管道和線路，隊員們按照綠星人提供的圖紙，找到了主能源管道，安裝了定時炸彈。設定好時間後，西路小隊迅速撤離，在他們離開通道的瞬間，炸彈爆炸，地熱能源站被摧毀，基地周圍的暗物質炮塔全部失去了動力。
中路小隊在東路和西路小隊的掩護下，順利抵達能量罩發生器附近。發生器是三座高聳的黑色尖塔，不斷向能量罩輸送能量。“放置高爆炸彈，同時引爆！”綠星人首領下令，隊員們在三座尖塔底部安裝了足量的高爆炸彈。隨著一聲令下，炸彈同時爆炸，尖塔轟然倒塌，研發基地的能量罩失去了能量供應，化作無數黑色碎片消散。
“能量罩已摧毀！各小隊按計劃進攻！”綠星人首領大喊著，帶領中路小隊向主塔發起衝鋒。基地內的暗影聯盟士兵發現了突擊組，立刻發起反擊，暗物質能量槍的光束如雨點般射來。隊員們依靠隱形作戰服的掩護，躲避攻擊的同時進行反擊，激光步槍的光束與暗物質能量束在基地內交織，戰鬥異常激烈。
中路小隊一路衝殺，突破敵人的層層防線，終於抵達主塔底部。主塔高達百米，由暗物質合金建造，大門緊閉，上麵刻著複雜的能量符文。“用等離子切割器！”綠星人首領喊道，隊員們立刻上前，用等離子切割器切割大門。但大門的硬度遠超想象，切割器隻能在上麵留下淺淺的痕跡。
“他們在啟動自毀程序！”一名隊員發現主塔頂部的能量指示燈開始閃爍紅色，大喊道，“我們必須儘快進去！”綠星人首領當機立斷，取出一枚綠星人的終極武器——“空間坍縮彈”：“這是我們最後的希望，能在局部空間產生坍縮，打開缺口！”
隊員們迅速撤離到安全距離，綠星人首領啟動空間坍縮彈，將其扔向主塔大門。炸彈在接觸大門的瞬間爆炸，產生強烈的空間坍縮效應，大門被撕開一道巨大的缺口。“衝進去！”綠星人首領帶領隊員們衝進主塔，沿著螺旋樓梯向頂層的能量核心衝去。
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主塔內的守衛更加精銳，他們穿著重型暗物質戰甲，手持大型暗物質武器，戰鬥力極強。隊員們依靠靈活的戰術和默契的配合，與守衛展開激戰。綠星人的空間法師釋放空間禁錮術，限製守衛的行動；七域的龍族戰士用龍晶能量攻擊戰甲的弱點；星塵精靈的弓箭手發射帶有生命能量的箭矢，穿透暗物質防禦。經過半個小時的血戰，隊員們終於殺到了頂層，來到能量核心所在的房間。
房間中央是一個巨大的球形能量核心，直徑約十米，表麵覆蓋著無數暗物質能量線，連接著周圍的儀器。核心內部閃爍著黑色的光芒，散發著令人心悸的能量波動，超級人造黑洞的雛形已經在核心內部形成，不斷吞噬著周圍的能量。幾名暗影聯盟的科學家正在瘋狂地操作儀器，試圖加快超級黑洞的形成。
“阻止他們！”綠星人首領大喊著，隊員們立刻向科學家發起攻擊。科學家們雖然沒有戰鬥力，但他們啟動了核心的防禦係統，房間四周的牆壁上伸出無數暗物質能量炮，向隊員們開火。一名隊員躲閃不及，被能量炮擊中，隱形作戰服瞬間被摧毀，身體被暗物質能量侵蝕，倒在地上失去了生命體征。
“為了宇宙和平！”隊員們怒吼著，不顧傷亡地向能量核心衝去。綠星人首領拿出最後一枚空間坍縮彈，設定好時間後，奮力扔向能量核心。但一名暗影聯盟科學家啟動了能量屏障，擋住了炸彈的去路。“炸開屏障！”綠星人首領大喊，隊員們集中火力攻擊屏障，屏障表麵的光芒不斷閃爍，出現了裂痕。
就在炸彈即將爆炸的瞬間，屏障被炸開一個缺口，炸彈準確地擊中了能量核心。巨大的爆炸產生強烈的空間坍縮效應，能量核心被坍縮成一個小點，然後發生劇烈的能量爆炸，超級人造黑洞的雛形被徹底摧毀。研發基地開始劇烈坍塌，綠星人首領立刻下令：“撤退！通過空間橋梁撤離！”
隊員們迅速向預定的撤離點跑去，星塵精靈的空間法師早已在那裡搭建好了空間橋梁。當最後一名隊員穿過橋梁時，整個研發基地在爆炸中化為灰燼。突擊組成功完成了任務，但也付出了慘重的代價，五十名隊員永遠留在了暗能星係。
與此同時，第三階段的戰鬥在暗能星係外圍激烈進行。淩風帶領的主力艦隊與暗影聯盟的主力艦隊展開了大規模的太空戰。暗影聯盟的艦隊雖然數量少於同盟艦隊，但他們的戰艦配備了先進的暗物質武器，戰鬥力極強。暗物質主炮的光束擊中同盟戰艦的能量護盾，護盾瞬間就會出現裂痕，幾輪攻擊就能摧毀一艘戰艦。
“集中火力攻擊敵艦的引擎！”淩風發現暗影聯盟戰艦的弱點，通過通訊器向各艦隊下達命令，“他們的暗物質武器威力大，但引擎防禦薄弱，是他們的致命傷！”
同盟艦隊立刻調整戰術，集中火力攻擊敵艦的引擎。綠星人的空間艦隊利用空間跳躍技術，不斷在敵艦周圍穿梭，發射空間魚雷；七域的艦隊則組成防禦陣型，用改進後的能量護盾抵擋暗物質主炮的攻擊，同時用反暗物質武器進行反擊；星塵精靈的艦隊釋放出大量的空間無人機，乾擾敵艦的瞄準係統。
戰鬥進行得異常激烈，雙方的戰艦不斷被摧毀，爆炸產生的光芒在星空中此起彼伏。淩風所在的“星塵號”戰艦成為了暗影聯盟的重點攻擊目標，數十艘敵艦圍攻“星塵號”，戰艦的能量護盾在暗物質主炮的攻擊下不斷閃爍，隨時可能崩潰。
“啟動星塵防護罩！”淩風下令，“星塵號”艦身上的能量晶體同時亮起，釋放出一道綠色的能量防護罩，這是結合了星塵精靈生命能量和七域時空能量的新型防護罩，能有效抵禦暗物質能量的侵蝕。星塵防護罩成功擋住了敵艦的攻擊，為“星塵號”爭取了喘息之機。
“反擊！主炮充能，瞄準敵艦指揮艦！”淩風抓住機會，下令“星塵號”主炮充能。主炮聚集起強大的時空能量，發射出一道綠色的能量光束，準確擊中了暗影聯盟指揮艦的引擎。指揮艦失去動力，在星空中漂浮，暗影聯盟的艦隊失去了指揮，陷入了混亂。
“同盟艦隊，全麵反擊！”淩風大喊著，同盟艦隊趁勢發起猛攻，摧毀了大量的敵艦。暗影聯盟艦隊見大勢已去，開始撤退，但同盟艦隊緊追不舍，將大部分撤退的敵艦摧毀在暗能星係外圍。