而此時，朱由校早已帶領羽林精銳悄然撤離，藏身於距離重慶近百裡外的虎峰山下。
秦良玉帶領的白杆兵，以及苗族和壯族的六千土司兵，全都撤離了城池。
按照朱由校的部署，他們將沿著來時的水路，順長江而下，在黃泥嘴重新登陸。
朱由校有意將重慶作為誘餌，牽製奢崇明的注意力。
而秦良玉則從叛軍主力的側翼包抄，實施大範圍的合圍。一旦時機成熟，便將這近十萬叛軍徹底殲滅。
事情正如預料般發展。
奢崇明果然中計，他一包圍重慶，便迅速調集五千人馬，展開試探性的攻城行動。
當他看到城牆上防守的明軍時，心裡才算安定下來。那支裝備精良、戰力強悍的邊軍，並未出現在城中。
從這次的攻防情況來看，重慶守軍數量似乎不多，隻有一萬餘人。
古書有言，以五倍兵力圍困，十倍兵力進攻。在奢崇明看來，自己擁有近十萬大軍，無論如何也能拿下兵力遠遜於己的重慶。
但他心中仍有一絲疑慮未解。那支曾伏擊自己部隊的敵軍，究竟去了哪裡？
他並不天真地認為是遇上了靈異之事，那些死去的士兵可是實實在在的。這樣一支行蹤莫測、戰力強悍的軍隊，令他極為忌憚。誰也說不準，他們何時會再度發起突襲，到時候自己的損失恐怕會更加慘重。
再三權衡後，他決定采取最穩妥的辦法：圍而不攻，派出重兵清剿重慶周邊的山林地帶。
同時，他還命令女婿樊龍統領一萬後軍，確保後方安全。
整整三日後，派出的部隊悉數返回，並報告周圍一切正常，奢崇明緊繃的神經這才稍稍放鬆。
他開始集中兵力，準備全力攻城。
留守城中的明軍，全部為重慶本地營兵。雖然比不上羽林軍或白杆兵那樣精銳，但守城作戰對他們來說並不困難，畢竟奢崇明的部隊也不算強。
為了儘可能消耗敵軍兵力、拖延時間，朱由校在撤離前便已下令加強城防，並儲備大量箭矢、石塊、滾木，以及成千上萬的“萬人敵”。
這場攻防戰持續了整整五日，叛軍發起攻勢多達數十次，雖付出巨大傷亡，卻始終未能登上重慶城頭半步。
奢崇明因此大為震怒，這一切與他的預想完全不符。
他坐擁十萬大軍，苦戰五日竟無法破城，實在說不過去。
第六日，為激勵士氣，奢崇明親自率領親兵，衝鋒在前，身先士卒地發起攻城，但結果仍是被明軍擊退。
麵對久攻不下的困境，奢崇明隻能下令暫停進攻，全軍休整，繼續圍困城池。
在這六日裡，明軍始終處於守勢，未見任何援軍出動，這為奢崇明攻城提供了極為有利的條件。
他未曾察覺，秦良玉麾下一萬餘名精銳部隊，早已悄然繞行遠途，如今正埋伏在其背後，隨時可發動奇襲。
與此同時，朱由校命陳廣率領神機營四千將士，攜帶大量青銅火炮，駐守於長江最狹窄的一段水域，意圖切斷瀘州與叛軍主力之間的聯絡通道。