岡山的扶桑軍正式向唐軍投降，其他地區的扶桑勢力則處於觀望狀態，暫時接受新天皇的統治。唐軍經過連續戰鬥，終於取得了對扶桑作戰的勝利，完成了占據扶桑的目標。
至此，唐軍先後擊敗契丹、渤海、新羅、扶桑等國，完成了第三階段戰事的目標，唐軍上下洋溢著勝利的喜悅。但是唐軍在扶桑取得的夾生飯式勝利，以及唐軍簡單的處置方式，為後麵發生的變局，埋下了隱患。
扶桑軍投降後，平東軍決定和興中軍分開駐守，平東軍轉移到北九州，守住扶桑通向新羅和唐朝的門戶，並負責九州島的管理。興中軍留在岡山，負責本州島西部和四國島的管理，並監視軟禁的天皇。
平海軍分成兩半，一半由副將孟慶宇率領，駐紮大阪，一半由李元奕率領，駐紮奈良，監視和指導扶桑新朝廷的運轉。
李元奕駐守奈良，享受扶桑都城的貢賦，可以對扶桑新天皇指手畫腳，乾預政務，儼然就是扶桑的太上皇，過得是好不愜意。
田弘正帶領平東軍轉移到北九州後，派人乘船攜帶信函，將扶桑的戰事和處置情況送到登州。
此時，田弘正想起李純曾經給過他一個密函，說到了扶桑以後再打開，前麵一直打仗沒來得及看，這時急忙打開來看，隻見上麵寫著“扶桑人生性狡詐，要嚴厲打擊，如降而複叛，殺無赦！”
田弘正趕忙把這個密函的內容傳達給興中軍、平海軍，此時已處於隆冬，扶桑到處下雪，大家都龜縮起來，到處都很安靜，根本沒有叛亂的跡象，興中軍、平海軍也就沒有引起足夠的重視。
田弘正仔細分析了李純的旨意，認為扶桑還有大量殘餘勢力，複叛的可能性很大，而且唐軍還有一個弱點，就是人數少。
雖然唐軍憑借火器強大的優勢，可以以少勝多，但是占領地方，加強末端統治有點力不從心，如果發生叛亂的話，到處分兵鎮壓，也會捉襟見肘。
為了穩妥起見，田弘正派副將吳元濟到新羅，招募一批新羅軍，到時可以用新羅軍作為仆從軍，用來幫助唐軍對付扶桑人。
平東軍派人送出的報告到達到登州後，武元衡就覺得前線將領的意見和李純的意圖不合，怎麼能貿然扶持什麼傀儡政權呢？
唐軍要的是儘收其地，最後要搞直接統治，扶桑天皇也應該像渤海國王、新羅國王一樣，送到唐朝來軟禁，把這些重要人物抓到自己手裡才穩妥。
但是一想這些將領也是事急從權，畢竟是立了功，後麵還有轉圜的餘地，就不便過於追究。為了穩妥起見，武元衡還是決定將此事上報朝廷，由李純決定如何處置。
自開戰以來，李純也在密切關注戰局，定期都有快馬報送前方戰事的進展情況，李純也會給前線下達重要指示，派人及時向前方運送糧草彈藥，保證戰事的順利進行。
12月份，李純收到關於扶桑戰事的處置情況，李純認真閱看了以後，能夠理解前方將領為了快速戰鬥采取的一些懷柔措施，但是第三次大戰和前兩次不同，以占地為主要目的，不適合繼續搞羈縻政策，不宜再委任當地首領搞傀儡政權，後麵還是要由朝廷派去官員進行直接統治。
綜合考慮一番後，李純決定采取漸進式改變對新征服區的統治模式，首先肢解各國的中央政權，分裂成幾個小的羈縻州，由朝廷派出大員治理，而後逐漸再把各小政權的權力收上來，再繼續往下拓展，完成對新征服地區的全麵統治。
李純正式下達旨意，要求將扶桑天皇及家人全部押送到長安，由外事部進行統一供養。
授予李聽安北都護一職，暫時管理渤海國及其以北所征服的土地，認可其對契丹、渤海等地肢解成羈縻州的管理模式。遼河以東、浿江以北的土地仍由安東都護府管理，徹底清理高句麗殘餘勢力。
授予劉光顏新羅都護一職，將新羅肢解為10個羈縻州，不設傀儡朝廷，新羅暫由新羅都護統一管理。
扶桑肢解為12個羈縻州，解散新成立的傀儡政權，新老兩個天皇均要送到長安。授予李元奕扶桑都護一職，實際上管理大阪以東的區域，九州島由田弘正管理，本州島西部和四國島由嚴秦管理。
五個將領臨時管理所占之地，後續朝廷將正式委派官員赴任，管理這些地區。
元和十年正月，各地陸續接到聖旨，但是各地反應不一。契丹、渤海、室韋等地原本就已經肢解成幾個小國，直接把國王、可汗改成州刺史即可，執行難度不大。
新羅那邊，國王已經送到長安了，新羅的朝廷已經處於瓦解狀態，僅留了幾個朝臣幫助唐軍進行統治，可以直接把新羅的10個州直接歸新羅都護府管理。
扶桑這邊，就有點尷尬了，新的扶桑朝廷已經運轉了，低三下四聽從唐軍的指令，突然又要解散，由唐朝派人直接統治，等於徹底斷掉扶桑皇室的傳承，扶桑人心理上接受不了。
更氣人的是兩個天皇都要送到唐朝軟禁，與前麵達成的投降條件完全不符，扶桑人都快氣炸了。
在扶桑的唐軍隻能按照李純的意見辦事，由平海軍和興中軍先後將兩個天皇及家人送到北九州，由田弘正派人乘船將兩人押送到登州，再由武元衡派人送到長安。
扶桑各地，除了九州島的戰事進行的比較徹底，算是唐軍完全占領，本州島奈良以西算是勉強占領，四國島和本州島中東部唐軍尚未占領。
那些未被占領的地區，本來就是依靠扶桑的原傀儡政權代為管理，天皇政權一旦垮台，這些地方就成了割據勢力。
扶桑人本來就性格強硬、崇尚武力，被唐軍打敗後本來就心懷怨恨，這次又把他們的兩個天皇送到唐朝軟禁，就相當於點燃了火藥桶。
扶桑各地的勢力開始秘密串聯，籌劃發起一場大型叛亂，趕走唐軍，重建扶桑國。
天皇政權倒台後，扶桑境內林立著很多謀求反唐的勢力，實力最強的是江戶藩主北條政康。
江戶（今日本東京）位於本州島東部，擁有扶桑最大的關東平原，境內人口眾多，實力雄厚。當地原本就駐軍兩萬，北條政康又積極招徠戰敗的散兵遊勇，還吸納了很多浪人武士，將軍隊擴充到了四萬。