從癸卯年公元403年）到甲辰年公元404年），共兩年時間。
晉安帝司馬德宗元興二年癸卯，公元403年）
春季，正月
盧循派司馬徐道覆侵犯東陽今浙江金華）；二月，辛醜日初八），建武將軍劉裕擊敗徐道覆。徐道覆，是盧循的姊夫。
乙卯日二十二日），朝廷任命太尉桓玄為大將軍。
丁巳日二十四日），桓玄殺害冀州刺史孫無終。
桓玄上奏表請求率領各路軍隊平定關中、洛陽地區，隨後又暗示朝廷下詔不準，接著就說：“遵奉詔令，所以停止出兵。”桓玄起初想要整治行裝，先下令製作輕便的小船，用來裝載服飾玩物、書法繪畫。有人問他原因，桓玄說：“打仗凶險，萬一發生意外，這些東西輕便容易搬運。”眾人都嘲笑他。
夏季，四月，癸巳朔日初一）
發生日食。
南燕君主慕容備德的舊部下趙融從長安來，慕容備德才得知母親和兄長的死訊，他痛哭不止，甚至吐血，因此病倒。
司隸校尉慕容達謀反，派牙門皇璆率領部眾攻打端門，殿中帥侯赤眉打開城門接應；中黃門孫進攙扶慕容備德翻牆逃出，藏在孫進家中。段宏等人聽說皇宮內發生變故，率領士兵駐守四麵城門。慕容備德回到皇宮，處死侯赤眉等人。慕容達逃奔北魏。
慕容備德優待從外地遷徙來的百姓，讓他們長期免除徭役；百姓因此互相包庇隱瞞，有的上百戶合為一戶，有的上千個壯丁共用一個戶籍，以此逃避賦稅徭役。尚書韓訁卓請求加以核查，慕容備德聽從了他的建議，派韓訁卓巡視各郡縣，查出被包庇隱瞞的戶口五萬八千戶。
泰山叛賊王始聚集數萬人，自稱“太平皇帝”，設置公卿百官；南燕桂林王慕容鎮率軍討伐，活捉王始。臨刑前，有人問他的父親和兄弟在哪裡，王始說：“太上皇指父親）流亡在外，征東將軍、征西將軍指兄弟）被亂兵殺害。”他的妻子生氣地說：“你就是因為這張嘴惹禍，怎麼到現在還這樣！”王始說：“皇後不懂，自古以來哪有不滅亡的國家！朕就算死了，國號也絕不更改！”
五月
後燕王慕容熙修建龍騰苑，方圓十多裡，征發民夫兩萬人。在苑內修築景雲山，地基寬五百步，山峰高十七丈。
秋季，七月，戊子日二十七日）
北魏君主拓跋珪向北巡視，在豺山修建行宮。
平原太守和跋奢侈豪縱，喜好名聲，拓跋珪厭惡他，將他處死，讓他的弟弟和毗等人去和他訣彆。和跋說：“a212水今桑乾河支流）以北土地貧瘠，可遷到水南居住，努力治理家業。”又讓和毗等人轉過身去，說：“你們怎麼忍心看著我死！”和毗等人明白他的意思，假稱是朝廷使者，逃入後秦。拓跋珪大怒，誅滅和跋全家。中壘將軍鄧淵的堂弟、尚書鄧暉與和跋交好，有人向拓跋珪誣陷說：“和毗出逃，其實是鄧暉送他走的。”拓跋珪懷疑鄧淵知道他們的密謀，賜鄧淵死。
涼州局勢）
南涼王禿發傉檀和沮渠蒙遜互相出兵攻打呂隆，呂隆對此深感憂慮。後秦的謀臣對後秦王姚興說：“呂隆憑借祖先的基業，獨占黃河以西地區，如今雖然饑餓窘迫，還能勉強支撐，如果將來物資豐足，終究不會歸我們所有。涼州地勢險要隔絕，土地肥沃，不如趁他危難時奪取。”姚興於是派使者征召呂超到朝廷任職。呂隆考慮到姑臧最終無法保全，就通過呂超請求歸降後秦。姚興派尚書左仆射齊難、鎮西將軍姚詰、左王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜率領四萬步兵、騎兵，到河西迎接呂隆，南涼王禿發傉檀撤出昌鬆、魏安兩處戍守的軍隊，避讓後秦軍。八月，齊難等人抵達姑臧，呂隆乘坐素車白馬，在路邊迎接。呂隆勸說齊難攻打沮渠蒙遜，沮渠蒙遜派臧莫孩抵抗，擊敗後秦軍的前鋒。齊難於是和沮渠蒙遜結盟，沮渠蒙遜派弟弟沮渠挐到後秦進貢。齊難任命司馬王尚代理涼州刺史，配給三千士兵鎮守姑臧，任命將軍閻鬆為倉鬆太守，郭將為番禾太守，分彆駐守兩城；將呂隆的宗族、僚屬以及一萬戶百姓遷徙到長安，姚興任命呂隆為散騎常侍，呂超為安定太守，其餘文武官員根據才能提拔任用。
當初，郭黁常說“取代呂氏的是姓王的人”，所以他起兵時，先推舉王詳，後推舉王乞基；等到呂隆向東遷徙，王尚最終取代了呂氏在涼州的地位。郭黁跟隨乞伏乾歸投降後秦，又說“消滅後秦的是晉朝”，於是逃奔晉朝，後秦人追上他，將他殺死。
沮渠蒙遜的伯父、中田護軍沮渠親信，以及臨鬆太守沮渠孔篤，都驕橫放縱，成為百姓的禍患。沮渠蒙遜說：“擾亂我的法令的，是這兩位伯父。”逼迫他們自殺。
後秦派使者梁構抵達張掖，沮渠蒙遜問：“禿發傉檀被封為公，而我卻隻是侯，為什麼？”梁構說：“禿發傉檀凶惡狡詐，忠誠的心意還不明顯，所以朝廷用尊貴的爵位、虛假的名聲籠絡他。將軍您的忠誠可昭日月，應當入朝輔佐皇室，朝廷怎麼會用不信任的態度對待您呢！聖朝封爵必定依據功勞，比如尹緯、姚晃，是輔佐先帝的重臣；齊難、徐洛，是一時的猛將，他們的爵位都不過是侯伯，將軍您為什麼要比他們先受更高爵位呢！從前竇融懇切地堅決辭讓，不願位居舊臣之上，沒想到將軍您會突然提出這樣的疑問！”沮渠蒙遜又問：“朝廷為什麼不就近封我為張掖侯，卻要遠封西海侯呢？”梁構說：“張掖，將軍您已經自己占據了，之所以遠封西海，是想擴大將軍您的國土啊。”沮渠蒙遜很高興，於是接受任命。
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桓玄勢力調整）
荊州刺史桓偉去世，大將軍桓玄任命桓修接替他。從事中郎曹靖之勸桓玄說：“桓謙、桓修兄弟分彆控製朝廷內外，權勢太重了。”桓玄於是任命南郡相桓石康為荊州刺史。桓石康，是桓豁的兒子。
劉裕在永嘉擊敗盧循，追擊到晉安今福建福州），多次擊敗他，盧循乘船向南逃走。
何無忌暗中去見劉裕，勸劉裕在山陰今浙江紹興）起兵討伐桓玄。劉裕和當地豪強孔靖商議，孔靖說：“山陰距離京城路途遙遠，起兵難以成功；而且桓玄還沒篡位，不如等他篡位之後，在京口今江蘇鎮江）圖謀他。”劉裕聽從了孔靖的建議。孔靖，是孔愉的孫子。
九月
北魏君主拓跋珪前往南平城，規劃測量a212水以南地區，準備修建新都。
侍中殷仲文、散騎常侍卞範之勸大將軍桓玄早日接受禪讓，暗中撰寫加授九錫的文書和冊命。桓玄任命桓謙為侍中、開府、錄尚書事，王謐為中書監、兼任司徒，桓胤為中書令，加授桓修撫軍大將軍。桓胤，是桓衝的孫子。丙子日十六日），朝廷冊命桓玄為相國，總攬朝政總百揆），封給他十個郡，封為楚王，加授九錫，楚國內可以設置丞相以下的官員。
桓謙私下問彭城內史劉裕：“楚王功勳德行卓著，朝廷上下的心意，都認為應當舉行禪讓大典，您覺得怎麼樣？”劉裕說：“楚王是宣武公桓溫）的兒子，功勳德行蓋世。晉朝皇室衰弱，民心早已轉移，順應天命舉行禪讓，有什麼不可以的？”桓謙高興地說：“您說可以，那就可以了。”
新野人庾仄，是殷仲堪的黨羽，聽說桓偉去世、桓石康還沒到荊州，就起兵在襄陽襲擊雍州刺史馮該，趕走了他。庾仄擁有七千部眾，設置祭壇，祭祀晉朝七代祖廟，聲稱要討伐桓玄，江陵地區震動。桓石康抵達荊州後，發兵攻打襄陽，庾仄戰敗，逃奔後秦。
南燕的決策）
高雅之上表給南燕君主慕容備德，請求討伐桓玄，說：“即使不能平定吳郡、會稽地區，也能奪取長江以北的土地。”中書侍郎韓範也上奏說：“如今晉朝皇室衰敗混亂，長江、淮河南北地區，戶口沒剩下多少，軍隊薄弱。再加上桓玄叛逆，朝廷上下離心離德；憑陛下的神威武勇，出動一萬步兵、騎兵逼近他們，晉朝必定土崩瓦解，軍隊不用滯留就能取勝。奪取晉朝領土後，後秦、北魏都不值得對抗了。開拓疆土、建立功勳，就在今天。錯過時機不奪取，等晉朝的豪傑誅殺桓玄，再推行德政，到那時不僅建康得不到，長江以北也沒希望了。”慕容備德說：“朕因為舊有的國土淪陷，想先平定中原，再掃蕩荊州、揚州，所以還沒向南進軍。現在就召集公卿大臣商議這件事。”於是在城西舉行軍事演習，展示兵力：步兵三十七萬人，騎兵五萬三千匹，戰車一萬七千輛。公卿大臣都認為桓玄剛得勢，不可圖謀，這件事就擱置了。
冬季，十月
楚王桓玄上奏表請求返回封地，又讓安帝親手寫下詔書堅決挽留他。他還謊稱錢塘臨平湖今浙江杭州臨平）湖水開通古代認為是祥瑞）、江州降下甘露，讓文武百官聚集慶賀，以此作為自己接受天命的征兆。又因為前代都有隱士，他恥於自己在位時沒有，就找到西晉隱士安定人皇甫謐的六世孫皇甫希之，供給他財物用度，讓他隱居在山林中；然後征召皇甫希之為著作郎，讓他堅決推辭不接受，之後朝廷下詔表彰禮遇他，稱他為“高士”。當時的人都稱皇甫希之為“充隱”湊數的隱士）。桓玄又想廢除錢幣，改用糧食、布帛作為貨幣，還想恢複肉刑砍腳、割鼻等刑罰），製度變革雜亂無章，沒有固定的想法，反複更改，最終都沒有施行。他生性還貪婪鄙陋，士人百姓有珍貴的書法、好的繪畫以及精美的宅院，他必定通過賭博的方式奪取；尤其喜愛珍珠寶玉，手不離珠玉。
乙卯日二十六日），北魏君主拓跋珪立兒子拓跋嗣為齊王，加授相國之位；立拓跋紹為清河王，加授征南大將軍；拓跋熙為陽平王；拓跋曜為河南王。
丁巳日二十八日），北魏將軍伊謂率領兩萬騎兵襲擊高車族殘餘部落袁紇、烏頻；十一月，庚午日十一日），大敗這兩個部落。
桓玄禪讓稱帝）
朝廷下詔，允許楚王桓玄使用天子的禮儀音樂，他的王妃為王後，世子為太子。丁醜日十八日），卞範之撰寫禪讓詔書，讓臨川王司馬寶逼迫安帝親筆書寫。司馬寶，是司馬曦的曾孫。庚辰日二十一日），安帝親臨殿前，派兼太保、兼任司徒的王謐捧著傳國玉璽和綬帶，將皇位禪讓給楚王桓玄。壬午日二十三日），安帝搬出皇宮，居住在永安宮。癸未日二十四日），將太廟的神主遷到琅邪國司馬德文的封國），穆章何皇後和琅邪王司馬德文都遷居到司徒府。文武百官前往姑孰桓玄的駐地）勸桓玄登基。十二月，庚寅朔日初一），桓玄在九井山以北修築祭壇，壬辰日初三），正式登基稱帝。禪讓冊文中有很多貶低晉朝皇室的內容，有人勸諫他不要這樣，桓玄說：“禪讓的文書，正是要向百姓說明真相，怎麼能欺騙上天呢！”宣布大赦，改年號為永始。將南康郡的平固縣今江西吉安永豐）封給安帝，稱平固王；降封何皇後為零陵縣君，琅邪王司馬德文為石陽縣公，武陵王司馬遵為彭澤縣侯。追尊父親桓溫為宣武皇帝，廟號太祖，追尊南康公主為宣皇後，封兒子桓昇為豫章王。任命會稽內史王愉為尚書仆射，王愉的兒子、相國左長史王綏為中書令。王綏，是桓氏的外甥。戊戌日初九），桓玄進入建康皇宮，登上皇帝寶座時，禦床突然塌陷，文武百官大驚失色。殷仲文說：“這是因為陛下聖德深厚，大地都承載不住。”桓玄非常高興。梁王司馬珍之的屬官孔樸護送司馬珍之逃奔壽陽今安徽淮南壽縣）。司馬珍之，是司馬曦的曾孫。
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戊申日十九日），後燕王慕容熙尊奉後燕主慕容垂的貴嬪段氏為皇太後。段氏，是慕容熙的養母。己酉日二十日），慕容熙立苻貴嬪為皇後，宣布大赦。
辛亥日二十二日），桓玄將安帝遷到尋陽今江西九江）。
後燕任命衛尉悅真為青州刺史，鎮守新城；任命光祿大夫衛駒為並州刺史，鎮守凡城今河北承德平泉）。
癸醜日二十四日），桓玄將桓溫的神主遷入太廟。桓玄親臨聽訟觀朝廷審案的地方）審查囚徒，無論罪行輕重，大多被赦免釋放；有攔路乞討的人，有時也會體恤救濟。他就是這樣喜歡施行小恩小惠。
這一年
北魏君主拓跋珪開始命令有關部門製定官員的冠服製度，根據官階品級區分等級。但製度剛剛創立，大多沒有依據古代禮法。
晉安帝元興三年甲辰，公元404年）
春季，正月
桓玄立妻子劉氏為皇後。劉氏，是劉喬的曾孫女。桓玄因為祖父桓彝以上的祖先名聲地位不顯赫，就不再追尊立廟。散騎常侍徐廣說：“敬重父親，兒子才會愉悅，請依照舊例建立七代祖廟。”桓玄說：“按照禮儀，太祖廟應當居中向東，子孫廟分列左右左昭右穆）。晉朝建立七代祖廟，宣帝司馬懿卻不能處在居中向東的太祖之位，有什麼值得效仿的！”秘書監卞承之對徐廣說：“如果宗廟祭祀竟然連祖先都顧不上，由此可以知道楚朝的國運不會長久了。”徐廣，是徐邈的弟弟。
桓玄自從登基後，內心常常不安。二月，己醜朔日初一）夜裡，江水暴漲，湧入石頭城今江蘇南京城西），淹死很多人，喧嘩聲震動天地。桓玄聽到後，害怕地說：“奴才們要造反了！”
桓玄統治的危機）
桓玄生性苛刻瑣碎，喜歡自誇自耀。主管官員上奏事情，有時一個字書寫不規範，有時一句話有差錯，他必定加以指責糾正，以此顯示自己聰明。尚書省回複詔書時，誤把“春蒐”春季狩獵）寫成“春菟”，從左丞王納之以下，所有參與簽署的官員，都被降職罷免。他有時還親手批注任免官吏，有時親自選用令史低級官吏），詔令雜亂繁多，主管部門來不及處理回複，而朝廷法度混亂，奏章案卷堆積如山，他卻無法了解實情。他又生性喜歡遊樂打獵，有時一天出去好幾次。他遷居到東宮，又修繕宮殿房屋，土木工程同時興起，督促進度非常緊迫，朝廷內外騷動不安，想要作亂的人很多。
桓玄派使者加授益州刺史毛璩為散騎常侍、左將軍。毛璩扣留桓玄的使者，不接受他的任命。毛璩，是毛寶的孫子。桓玄任命桓希為梁州刺史，分彆命令將領駐守三巴地區巴郡、巴東、巴西，今重慶、四川東部）防備毛璩。毛璩向遠近地區傳遞檄文，列舉桓玄的罪狀，派巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊敗桓希等人，隨後率領部眾進軍駐守白帝城今重慶奉節）。
劉裕密謀起兵）
劉裕跟隨徐、兗二州刺史、安成王桓修入朝。桓玄對王謐說：“劉裕風骨不凡，是人才中的豪傑啊。”每次遊樂聚會，必定殷勤接待劉裕，賞賜非常豐厚。桓玄的皇後劉氏，有見識和洞察力，對桓玄說：“劉裕走路如龍似虎，目光不凡，恐怕最終不會屈居人下，不如早點除掉他。”桓玄說：“我正要平定中原，除了劉裕沒有可用的人；等平定關中、黃河地區後，再另作打算吧。”
桓玄任命桓弘為青州刺史，鎮守廣陵今江蘇揚州）；任命刁逵為豫州刺史，鎮守曆陽今安徽馬鞍山和縣）。桓弘，是桓修的弟弟；刁逵，是刁彝的兒子。
劉裕和何無忌同乘一條船返回京口，秘密謀劃恢複晉朝皇室。劉毅的家在京口，也和何無忌謀劃討伐桓玄。何無忌說：“桓氏勢力強盛，能圖謀他們嗎？”劉毅說：“天下之事本來就有強弱變化，如果行事違背道義，即使強大也會變弱，隻擔心找不到主持大事的人罷了。”何無忌說：“天下民間並非沒有英雄。”劉毅說：“我所看到的，隻有下邳太守劉裕。”何無忌笑著不回答，回去後把劉毅的話告訴劉裕，於是和劉毅確定謀反計劃。
當初，太原人王元德和弟弟王仲德曾為前秦苻氏起兵攻打後燕主慕容垂，失敗後逃奔晉朝，朝廷任命王元德為弘農太守。王仲德看到桓玄稱帝，對人說：“自古以來改朝換代，確實不止一個家族，但如今起兵的人，恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶擔任青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄見到孟昶後很喜歡他，對劉邁說：“在出身寒微的士人裡找到一個可做尚書郎的人，你和他是同鄉，難道不認識嗎？”劉邁一向和孟昶關係不好，回答說：“我在京口時，沒聽說孟昶有什麼特殊才能，隻聽說他們父子之間常常互相贈送詩歌罷了。”桓玄笑著不再提這件事。孟昶聽說後，對劉邁心懷怨恨。孟昶回到京口後，劉裕對他說：“民間應當會有英雄崛起，你聽說過嗎？”孟昶說：“如今的英雄還能有誰，正是您啊！”
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於是劉裕、劉毅、何無忌、王元德、王仲德、孟昶，以及劉裕的弟弟劉道規、任城人魏詠之、高平人檀憑之、琅邪人諸葛長民、河內太守隨西人辛扈興、振威將軍東莞人童厚之，共同謀劃起兵。劉道規擔任桓弘的中兵參軍，劉裕派劉毅到長江以北去找劉道規和孟昶，一起殺死桓弘，占據廣陵；諸葛長民擔任刁逵的參軍，派他殺死刁逵，占據曆陽；王元德、辛扈興、童厚之留在建康，讓他們聚集部眾攻打桓玄，作為內應；約定日期，同時行動。
起兵前的準備）
孟昶的妻子周氏家境富裕，孟昶對她說：“劉邁在桓玄麵前詆毀我，讓我一生都無法得誌，我決定要起兵反桓玄了。你最好早點和我斷絕關係，如果我將來得到富貴，再迎接你也不晚。”周氏說：“您的父母還在世，您要謀劃非凡的大事，豈是婦人能勸阻的！如果事情不成功，我就到宮中奚官署管理宮女、罪人妻子的機構）裡侍奉您的父母，絕沒有回娘家的想法。”孟昶悵然失意，過了很久才起身。周氏叫住孟昶，讓他坐下，說：“看您的舉動，不是要和我商量，不過是想要財物罷了。”於是指著懷裡的兒子說：“這個孩子就算能賣掉換錢，我也不會吝惜。”隨後拿出全部家產資助孟昶。孟昶的弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏騙她說：“昨天夜裡我做了個很不吉利的夢，家裡紅色的東西應該全部取來，用來鎮邪消災。”堂妹相信了她的話，把家裡的紅色物品都給了她，周氏把這些東西全部縫製成士兵的戰袍。
何無忌夜裡在屏風後起草討伐桓玄的檄文，他的母親是劉牢之的姐姐，登上凳子，從縫隙裡偷看他，哭著說：“我比不上東海呂母西漢末年反王莽的女性領袖），這是很明顯的了。你能這樣做，我還有什麼遺憾！”她問何無忌和誰一起謀劃，何無忌說：“劉裕。”母親更加高興，於是向他分析桓玄必定失敗、起兵必定成功的道理，鼓勵他。
乙卯日二月二十七），劉裕借口打獵，和何無忌聚集部眾，共得一百多人。丙辰日二十八日）清晨，京口城門打開，何無忌穿著傳達詔令的官服，自稱是皇帝的使者，走在前麵，部眾跟在後麵一起進城，當即斬殺桓修，並將他的屍體示眾。桓修的司馬刁弘率領文武屬官趕來救援，劉裕登上城牆對他們說：“江州刺史郭昶之已經在尋陽擁戴陛下複位，我們都奉了秘密詔書，誅殺叛逆黨羽，如今逆賊桓玄的頭顱應當已經掛在朱雀航大航）上示眾了。各位難道不是大晉的臣子嗎？現在趕來想做什麼？”刁弘等人相信了他的話，收兵撤退。
劉裕問何無忌：“現在急需一名府中主簿，去哪裡找呢？”何無忌說：“沒人比劉道民更合適。”劉道民，就是東莞人劉穆之。劉裕說：“我也認識他。”立即派人騎馬送信去征召他。當時劉穆之聽到京口傳來喧嘩聲，一早就起身，走到街頭，恰好和劉裕派來的使者相遇。劉穆之盯著使者看了很久，一言不發，隨後回到家中，把粗布衣裳改縫成褲子，前去拜見劉裕。劉裕說：“我們剛發起大義之舉，正處在艱難時刻，急需一名軍吏，您覺得誰能勝任？”劉穆之說：“您的府署剛剛建立，軍吏確實需要有才能的人，倉促之間，大概沒有比我更合適的了。”劉裕笑著說：“您能屈就，我的大事就成了。”當即在座位上任命劉穆之為主簿。