起於己亥年，止於庚子年，一共兩年。
晉安皇帝隆安三年己亥年，公元339年）
春季，正月
辛酉日，朝廷下令大赦天下。
戊辰日，後燕昌黎尹留忠陰謀造反，被處死，這件事牽連到尚書令東陽公慕容根、尚書段成，他們都因此被處死；朝廷派遣中衛將軍衛雙前往凡城，誅殺了留忠的弟弟幽州刺史留誌。任命衛將軍平原公慕容元為司徒、尚書令。
庚午日，北魏國主拓跋珪向北巡視，分彆命令大將軍常山王拓跋遵等率領三軍從東道出長川，鎮北將軍高涼王拓跋樂真等率領七軍從西道出牛川，拓跋珪自己率領主力大軍從中道出駮髯水，去襲擊高車部落。
壬午日，後燕右將軍張真、城門校尉和翰因犯謀反罪被處死。
癸未日，後燕實行大赦，改年號為長樂。後燕國主慕容盛每隔十天親自審理一次案件，不對犯人施加拷打，大多能查明案情真相。
南涼武威王禿發烏孤將都城遷到樂都，派遣他的弟弟西平公禿發利鹿孤鎮守安夷，廣武公禿發傉檀鎮守西平，他的叔父禿發素渥鎮守湟河，禿發若留鎮守澆河，堂弟禿發替引鎮守嶺南，禿發洛回鎮守廉川，堂叔禿發吐若留鎮守浩亹；對於夷族、漢族的豪傑俊傑，都根據他們的才能授予職位，或者在朝中身居顯要官職，或者在地方掌管郡縣事務，都安排得十分得當。
禿發烏孤對大臣們說：“隴右、河西，原本隻是幾個郡的地方，經過戰亂分裂成了十幾個國家，其中呂氏後涼）、乞伏氏西秦）、段氏北涼）最為強大。我打算攻取它們，這三個國家應該先打哪一個？”楊統說：“乞伏氏本來是我們的部落，終究會歸附我們。段氏是個書生，沒有能力製造禍患，而且和我們關係友好，攻打他們不道義。呂光衰老，繼承人呂紹弱小，呂纂、呂弘雖然有才能但內部互相猜忌，如果我們派浩亹、廉川的守軍乘虛輪番出擊，他們一定會疲於奔命，不超過兩年，就會軍隊疲勞、百姓困苦，那麼姑臧就可以謀取了。攻下姑臧，其他兩個敵人不用攻打就會臣服了。”禿發烏孤說：“好！”
二月
丁亥朔日初一），北魏軍隊大敗高車部落三十多個部族，俘獲七萬多人，三十多萬匹馬，一百四十多萬頭牛羊。衛王拓跋儀另外率領三萬騎兵穿越沙漠一千多裡，擊敗高車七個部族，俘獲兩萬多人，五萬多匹馬，兩萬多頭牛羊。高車各部落大為震驚。
林邑王範達攻陷日南、九真，於是進犯交趾，太守杜瑗率軍擊敗了他。
庚戌日，北魏征虜將軍庾嶽在勃海擊敗張超，並將其斬首。
段業即北涼王位，改年號為天璽。任命沮渠蒙遜為尚書左丞，梁中庸為尚書右丞。
北魏國主拓跋珪在牛川以南舉行大規模狩獵，用高車人組成包圍圈，周長七百多裡；於是把圈內的野獸驅趕向南，一直到平城，讓高車人修築鹿苑，苑廣數十裡。三月，己未日，拓跋珪返回平城。
甲子日，拓跋珪將尚書省原有的三十六曹以及外署指尚書省以外的中央機構），總共設置了三百六十曹，命令八部大夫主管。吏部尚書崔宏統管三十六曹，如同尚書令、仆射掌管事務一樣。設置五經博士，增加國子太學的學生名額，合計達三千人。
拓跋珪問博士李先說：“天下什麼東西最好，可以增益人的精神智慧？”李先回答說：“沒有什麼比得上書籍。”拓跋珪問：“書籍總共有多少，怎麼才能收集起來？”李先回答說：“自從有文字以來，世代都有增加，一直到今天，數量已經無法計算。如果君主喜歡，何必擔心收集不到！”拓跋珪聽從了他的建議，命令各郡縣大力搜求書籍，全部送到平城。
當初，前秦王苻登的弟弟苻廣率領部眾三千人投靠南燕王慕容德，慕容德任命他為冠軍將軍，安置在乞活堡。恰逢火星停留在東井星附近，有人說這預示秦國應當複興，苻廣於是自稱秦王，率軍進攻南燕北地王慕容鐘，並打敗了他。這時，南燕的滑台勢單力薄，統治區域不到十個城，軍隊不過一萬人，慕容鐘被打敗後，依附慕容德的人很多都離開慕容德去依附苻廣。慕容德於是留下魯陽王慕容和守衛滑台，自己率領部隊討伐苻廣，並殺了他。
當初，後燕國主慕容寶逃到黎陽時，魯陽王慕容和的長史李辨勸說慕容和接納慕容寶，慕容和沒有聽從。李辨害怕，所以暗中招引東晉軍隊到達管城，想趁慕容德出戰的時候作亂。後來慕容德沒有出兵，李辨心裡更加不安。等到慕容德出兵討伐苻廣，李辨又勸說慕容和反叛。慕容和不肯聽從，李辨便殺了慕容和，獻出滑台投降了北魏。北魏行台尚書和跋當時在鄴城，率領輕裝騎兵從鄴城趕往滑台。到達後，李辨又後悔了，緊閉城門抵抗。和跋派尚書郎鄧暉前去勸說，李辨才開門讓和跋進城，和跋收繳了慕容德所有的宮女和府庫藏品。慕容德派兵攻打和跋，和跋迎擊，打敗了慕容德，又擊敗了慕容德的部將桂陽王慕容鎮，俘虜了一千多人。陳郡、潁川郡的百姓大多歸附了北魏。
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南燕右衛將軍慕容雲斬殺了李辨，率領將士家屬兩萬多人離開滑台去投奔慕容德。慕容德打算攻打滑台，韓範說：“從前魏軍是客軍，我們是主人；現在我們是客軍，魏軍是主人。我軍人心恐懼，不能再戰了，不如先占據一個地方，自立根基，然後再圖謀進取。”張華說：“彭城是西楚的舊都，可以攻打並占據它。”北地王慕容鐘等人都勸慕容德攻打滑台。尚書潘聰說：“滑台是四通八達的地方，北有魏國，南有晉朝，西有秦國，居住在那裡沒有一天安寧。彭城地廣人稀，地勢平坦無險可守，而且是晉朝的舊有重鎮，不容易攻取。又靠近長江、淮河，夏秋兩季雨水很多。乘船在水上作戰，是吳地人的長處，卻是我們的短處。青州沃野兩千裡，精兵十多萬，左邊有背靠大海的富饒，右邊有山河的堅固，廣固城是曹嶷修築的，地勢險峻，足以作為帝王的都城。三齊地區的英雄豪傑，盼望得到賢明的君主以便在世上建立功業已經很久了。辟閭渾過去曾是燕國的臣子，現在應該派能言善辯的使者快馬前去遊說，大軍緊隨其後，如果他不服從，攻取他就如同拾起小草一樣容易。得到那塊土地之後，然後關閉關隘，養精蓄銳，等待時機再行動，這就是陛下的關中、河內啊。”慕容德猶豫不決。僧人竺朗一向善於占卜，慕容德派牙門蘇撫去詢問他，竺朗說：“我恭敬地拜讀了這三條策略，潘尚書的建議，是興邦立國的言論。而且今年年初，彗星從奎宿、婁宿出現，掃過虛宿、危宿；彗星，是除舊布新的征兆，奎宿、婁宿對應魯地，虛宿、危宿對應齊地。應該先攻取兗州，巡視安撫琅邪，等到秋天再向北攻取齊地，這是上天的旨意。”蘇撫又偷偷詢問慕容德的氣運和世數，竺朗用《周易》占卜後說：“燕國在庚戌年衰亡，年數是一紀十二年），世數則傳到兒子一代。”蘇撫回去向慕容德報告，慕容德於是率領軍隊向南進發，兗州北部邊境的郡縣都向他投降了。慕容德設置地方官員來安撫百姓，嚴禁軍隊士兵搶劫掠奪。百姓非常高興，沿途擠滿了牽牛擔酒前來犒勞的人。
丙子日，北魏國主拓跋珪派遣建義將軍庾真、越騎校尉奚斤進攻庫狄、宥連、侯莫陳三個部落，全部擊敗了他們，追擊逃敵直到大峨穀，在那裡設置了守衛部隊後返回。
己卯日，東晉追尊皇帝的生母陳夫人為德皇太後。
夏季，四月
鮮卑部落首領疊掘河內率領五千戶部落民向西秦投降。西秦王乞伏乾歸任命疊掘河內為疊掘都統，並把宗族的一個女兒嫁給他做妻子。
甲午日，後燕實行大赦。
東晉會稽王司馬道子有病，而且沒有一天不喝得大醉。他的兒子司馬元顯知道父親的權勢已經失去，便暗示朝廷解除司馬道子的司徒、揚州刺史職務。乙未日，朝廷任命司馬元顯為揚州刺史。司馬道子酒醒之後才知道這件事，勃然大怒，但也沒有辦法。司馬元顯任用廬江太守、會稽人張法順為主要謀士，大量引進和培植親信黨羽，朝中顯貴都畏懼並且事奉他。
後燕散騎常侍餘超、左將軍高和等人，因犯謀反罪被處死。
後涼太子呂紹、太原公呂纂率軍討伐北涼，北涼王段業向南涼武威王禿發烏孤求救，禿發烏孤派遣驃騎大將軍禿發利鹿孤以及楊軌率軍救援。段業準備出戰，沮渠蒙遜勸諫說：“楊軌仗著鮮卑人的強大，有窺伺我們內部的意圖，呂紹、呂纂孤軍深入，將軍隊置於死地，銳不可當。現在我們不出戰就有像泰山那樣的安穩，出戰就有累卵那樣的危險。”段業聽從了他的建議，按兵不動。呂紹、呂纂隻好率軍返回。
六月
南涼武威王禿發烏孤任命禿發利鹿孤為涼州牧，鎮守西平，征召車騎大將軍禿發傉檀入朝總管朝廷和軍國大事。
東晉會稽王世子司馬元顯知道自己年紀還輕，不想馬上承擔重任；戊子日，朝廷任命琅邪王司馬德文為司徒。
北魏前河間太守、範陽人盧溥率領他的部眾幾千家，到漁陽謀生，於是占據了幾個郡。秋季，七月，己未日，後燕國主慕容盛派遣使者任命盧溥為幽州刺史。
辛酉日，後燕國主慕容盛下達詔書說：“依照法令條例，公侯犯了罪，可以用金錢布帛來贖罪，這不足以懲罰罪惡而有利於王府，很沒有意義。從今以後，都讓他們立功來自我贖罪。不要再讓他們繳納金錢布帛。”
西秦丞相、南川宣公出連乞都去世。
後秦齊公姚崇、鎮東將軍楊佛嵩進犯東晉的洛陽，河南太守隴西人辛恭靖環城固守。雍州刺史楊佺期派遣使者向北魏常山王拓跋遵求救，北魏國主拓跋珪派散騎侍郎西河人張濟作為拓跋遵的從事中郎前去答複。楊佺期問張濟：“魏國攻打中山時，出兵多少？”張濟說：“四十多萬。”楊佺期說：“憑魏國的強大，小小的羌人指後秦）不足以消滅。而且晉朝與魏國，本來是一家人，現在既然結好，按理不應該有所隱瞞。我這裡兵力弱小糧食缺乏，洛陽的救援，就依靠魏國了。如果能夠保全，一定有厚報；如果守不住，與其讓羌人得到，不如讓魏國得到。”張濟回去報告。八月，拓跋珪派遣太尉穆崇率領六萬騎兵前往救援。
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後燕遼西太守李朗在郡任職十年，威信行於境內，他害怕後燕國主慕容盛懷疑他，多次被征召都不去赴任。因為他的家人在龍城，不敢公開叛變，暗中招引北魏軍隊，答應獻出郡城投降北魏；他派遣使者騎馬疾馳到龍城，誇大北魏寇賊的聲勢。慕容盛說：“這一定是騙局。”召見使者盤問，果然沒有其事。慕容盛將李朗全族處死。丁酉日，派遣輔國將軍李旱前去討伐他。
當初，北魏奮武將軍張袞因為才乾謀略被北魏國主拓跋珪所信任和重用，把他當作心腹。拓跋珪向張袞詢問中原的士人，張袞推薦了盧溥和崔逞，拓跋珪都任用了他們。
拓跋珪圍攻中山時，長期不能攻克，軍隊糧食缺乏，向群臣詢問對策。崔逞當時是禦史中丞，他回答說：“桑葚可以輔助糧食。貓頭鷹吃了桑葚而改變了叫聲，這是《詩經》裡稱讚過的。”拓跋珪雖然采納了他的意見，允許百姓用桑葚抵租稅，但認為崔逞態度輕慢，心裡記恨他。後來後秦進犯襄陽，東晉雍州刺史郗恢寫信向北魏常山王拓跋遵求救，信中說：“賢兄像猛虎一樣縱橫中原。”拓跋珪認為郗恢沒有君臣的禮節，命令張袞和崔逞代拓跋遵回信，一定要貶低東晉皇帝。張袞、崔逞在信中稱東晉皇帝為“貴主”。拓跋珪大怒說：“命令你們貶低他，卻稱他為‘貴主’，這比‘賢兄’好到哪裡去！”崔逞投降北魏時，因為天下正亂，擔心家族滅亡，讓妻子張氏和四個兒子留在冀州，崔逞隻與最小的兒子崔賾來到平城，他所留下的妻子兒女於是就投奔了南燕。拓跋珪一並因為這些事斥責崔逞，下令讓他自殺。盧溥接受後燕的官爵和任命，侵犯掠奪北魏的郡縣，殺了北魏幽州刺史封遝乾。拓跋珪認為張袞所推薦的人都不合適，將張袞貶為尚書令史。張袞於是閉門不出，不與外人交往，隻是親手校勘經籍，一年多後去世。
後燕國主慕容寶敗亡的時候，中書令、民部尚書封懿向北魏投降。拓跋珪任命封懿為給事黃門侍郎、都坐大官。拓跋珪向封懿詢問後燕的舊事，封懿回答疏略而且傲慢，也因此被免官在家。
南涼武威王禿發烏孤醉酒後，騎馬摔傷了肋骨而去世，遺命立年長的君主。國人擁立他的弟弟禿發利鹿孤為王，追諡禿發烏孤為武王，廟號列祖。禿發利鹿孤下令大赦，將都城遷到西平。
南燕王慕容德派遣使者去勸說東晉幽州刺史辟閭渾，想讓他歸降，辟閭渾不聽從。慕容德派遣北地王慕容鐘率領步、騎兵兩萬人進攻辟閭渾，慕容德進軍占據琅邪，徐州、兗州的百姓歸附的有十多萬人。慕容德從琅邪率軍北上，任命南海王慕容法為兗州刺史，鎮守梁父。又進攻莒城，東晉守將任安放棄城池逃走。慕容德任命潘聰為徐州刺史，鎮守莒城。當年蘭汗之亂時，後燕吏部尚書封孚向南投奔辟閭渾，辟閭渾上表朝廷任命他為勃海太守；等到慕容德大軍到來，封孚出城投降，慕容德非常高興地說：“我得到青州不覺得高興，高興的是得到了您！”於是把機要事務委托給他。北地王慕容鐘向青州各郡傳布檄文，向他們分析禍福利害。辟閭渾遷徙八千多戶居民進入廣固守城，派遣司馬崔誕戍守薄荀固，平原太守張豁戍守柳泉；崔誕、張豁接到檄文後都向慕容德投降。辟閭渾害怕了，帶著妻子兒女投奔北魏，慕容德派遣射聲校尉劉綱追趕他，在莒城追上，將他斬首。辟閭渾的兒子辟閭道秀自己前去見慕容德，請求和父親一起死。慕容德說：“父親雖然不忠，但兒子能夠儘孝。”特意赦免了他。辟閭渾的參軍張瑛為辟閭渾起草檄文，文辭中有很多不恭敬的話，慕容德把他抓起來責備他。張瑛神色自然，慢慢地說：“辟閭渾有我，就好像韓信有蒯通。蒯通遇到了漢高祖劉邦而能生存，我遇到了陛下卻要死。和古人相比，我私下裡覺得不幸罷了！”慕容德殺了他。於是定都廣固。
後燕將領李旱行軍到建安時，後燕國主慕容盛緊急將他召回，大臣們都不明白是什麼緣故。九月，辛未日，又派他出發。李朗聽說他的家族被誅殺，便聚集二千多戶居民來自保；等到聽說李旱突然返回，認為後燕國內部發生了變故，不再設防，留下他的兒子李養守衛令支，自己到北平去迎接北魏軍隊。壬子日，李旱襲擊並攻克了令支，派遣廣威將軍孟廣平在無終追上李朗，將他斬首。
後秦國主姚興因為天災異象多次出現，降低名號，改稱王，下詔命令群公、卿士、將帥、地方長官各降一級；大赦天下，改年號為弘始。撫恤孤寡貧困百姓，選拔舉薦賢能英才，簡化法令，清明審察訴訟案件，地方長官有政績的給予獎賞，貪婪殘暴的加以誅殺，遠近秩序井然。
冬季，十月
甲午日，後燕中衛將軍衛雙有罪，被賜死。李旱返回後，聽說衛雙死了，非常害怕，便扔下軍隊隻身逃亡，到了板陘，又回去認罪。後燕國主慕容德恢複了他的爵位和職位，對侍中孫勍說：“李旱作為將領而拋棄軍隊，罪過是不可赦免的。但是過去先帝慕容寶）遭受挫折逃亡，骨肉至親離心離德，公卿喪失節操，隻有李旱作為宦官，忠誠勤勉，毫不懈怠，始終如一，所以我念及他的功勞而赦免了他啊。”
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東晉辛恭靖堅守了一百多天，北魏的救兵沒有到來，後秦軍隊攻下了洛陽，抓獲了辛恭靖。辛恭靖見到後秦王姚興，不肯跪拜，說：“我不會做羌賊的臣子！”姚興把他囚禁起來，辛恭靖後來逃了回去。從淮河、漢水以北，許多城郭都請求投降，並向後秦送來人質表示歸附。
北魏國主拓跋珪任命穆崇為豫州刺史，鎮守野王。
東晉會稽王世子司馬元顯，生性苛刻，任意決定他人的生死；他征發東部各郡由奴隸身份獲得解放的客戶，稱為“樂屬”，將他們遷移到京城，用來充任兵役，東部各郡群情騷動，深受其苦。
孫恩趁著民心騷動，從海島率領他的黨徒殺死了上虞縣令，於是進攻會稽。會稽內史王凝之，是王羲之的兒子，世代信奉天師道，他既不出兵，也不設防戒備，整天在道室裡磕頭跪拜念咒語。下屬官員請求出兵討伐孫恩，王凝之說：“我已經請來了大道，借來了鬼兵守衛各個險要關口，每個地方都有幾萬鬼兵，盜賊不值得擔憂。”等到孫恩逐漸逼近，才允許出兵，但孫恩已經到了郡城之下。甲寅日，孫恩攻陷會稽，王凝之逃走，被孫恩抓住殺死，同時還殺了他的幾個兒子。王凝之的妻子謝道韞，是謝奕的女兒，聽說強盜來到，舉止自如，命令婢女抬著轎子，拔出佩刀出門，親手殺了幾個人，才被抓住。吳國內史桓謙、臨海太守新秦王司馬崇、義興太守魏隱都棄郡逃走。於是會稽人謝鍼、吳郡人陸瑰、吳興人丘尪、義興人許充之、臨海人周胄、永嘉人張永等，以及東陽、新安共八個郡的百姓，同時起兵，殺死本地長官來響應孫恩，十天之內，部眾達幾十萬人。吳興太守謝邈、永嘉太守司馬逸、嘉興公顧胤、南康公謝明慧、黃門郎謝衝、張琨、中書郎孔道等人都被孫恩的黨徒殺死。謝邈、謝衝，都是謝安的侄子。當時三吳地區太平已久，百姓不熟悉戰事，所以郡縣的軍隊都望風潰逃。孫恩占據會稽，自稱征東將軍，逼迫士人擔任他的屬官，稱他的黨徒為“長生人”，百姓中有不跟隨他的人，連嬰兒都被殺掉，被殺的人十有七八。他們把各縣縣令剁成肉醬給他們的妻子兒女吃，如果不肯吃，就被肢解。孫恩的軍隊所過之處搶劫財物，焚燒房屋，燒毀糧倉，砍伐樹木，填塞水井，百姓相隨聚集到會稽；婦女有嬰兒不能帶走的，就扔到水裡，說：“恭喜你先登仙境天堂，我隨後就來找你。”孫恩上表列舉會稽王司馬道子和世子司馬元顯的罪行，請求誅殺他們。
自從晉安帝即位以來，朝廷內外離心離德，石頭城以南都被荊州、江州刺史占據，以西都被豫州刺史專權，京口及長江以北都被劉牢之和廣陵相高雅之控製，朝廷政令所能達到的，隻有三吳地區而已。等到孫恩作亂，八個郡都被孫恩占有，京城附近幾個縣，盜賊也四處蜂起，孫恩的黨徒也有潛伏在建康城內的，因此人心恐懼，經常擔心會發生意外，於是京城內外戒嚴。朝廷加授司馬道子黃鉞，任命司馬元顯為中軍將軍，命令徐州刺史謝琰兼管吳興、義興軍務以討伐孫恩；劉牢之也發兵討伐孫恩，呈上奏章後立即出發。
西秦任命金城太守辛靜為右丞相。
十二月
甲午日，後燕燕郡太守高湖率領三千戶部落民投降北魏。高湖是高泰的兒子。
丙午日，後燕國主慕容盛封他的弟弟慕容淵為章武公，慕容虔為博陵公，封他的兒子慕容定為遼西公。
丁未日，後燕太後段氏去世，諡號為惠德皇後。
東晉謝琰進攻並斬殺了許允之，迎接魏隱回到郡城，進而進攻丘尪，打敗了他，與劉牢之輾轉戰鬥，向前推進，所向披靡。謝琰留守烏程駐紮，派遣司馬高素協助劉牢之，進軍逼近浙江。朝廷下詔任命劉牢之都督吳郡諸軍事。
當初，彭城人劉裕，生下來母親就死了，父親劉翹寄居在京口，家境貧寒，想把他扔掉。同郡人劉懷敬的母親，是劉裕的姨母，她生下劉懷敬還不到一年，聞訊趕去救劉裕，斷了劉懷敬的奶來給劉裕喂奶。等到劉裕長大，勇猛健壯，有大誌。他僅認識一些文字，以賣鞋子為生，愛好樗蒲這種賭博，被鄉裡人輕視。劉牢之攻打孫恩，引薦劉裕參預軍事，派他帶領幾十個人去偵察賊軍動靜。遇上了幾千名賊兵，劉裕立即迎上去攻擊，跟隨他的人全部戰死，劉裕跌到河岸下。賊兵來到河岸邊想下去，劉裕奮勇舉起長刀仰頭砍殺了數人，才得以登上岸，仍然大聲呼喊著追逐賊兵，賊兵都逃跑，劉裕殺傷的人非常多。劉敬宣奇怪劉裕為什麼這麼久沒回來，帶著兵去尋找他，看見劉裕一個人驅趕著幾千人，大家全都讚歎不已。於是趁機進攻賊兵，將他們打得大敗，斬殺俘獲了一千多人。
當初，孫恩聽說八郡都起兵響應，對他的部下說：“天下不會再有事了，我將和諸位穿著朝廷的官服到達建康。”不久聽說劉牢之率軍抵達長江邊，又說：“我割據浙江以東地區，也不失做一個越王勾踐！”戊申日，劉牢之率領軍隊渡過浙江，孫恩聽說後，說：“我不以逃跑為羞恥。”於是驅趕裹挾了男女二十多萬人向東逃走，一路上丟棄了很多財物和擄掠來的女子，官軍爭相搶奪，孫恩因此得以逃脫，又逃到海島上。高素在山陰擊敗了孫恩的黨羽，斬殺了孫恩任命的吳郡太守陸瑰、吳興太守丘尪、餘姚令吳興人沈穆夫。
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東部地區遭受戰亂，人民盼望官軍的到來，但不久劉牢之等放縱士兵大肆搶掠，士人百姓大失所望，各郡縣城中再也看不到人跡，一個多月後才漸漸有人回來。朝廷擔心孫恩再來，任命謝琰為會稽太守、都督五郡軍事，率領徐州的文武官員戍守海邊。
朝廷任命司馬元顯為錄尚書事。當時的人稱司馬道子為東錄，司馬元顯為西錄；西錄司馬元顯）府前車馬擁擠，而東錄司馬道子）府前卻可張網捕鳥了。司馬元顯沒有良師益友，他所親信的人都是些阿諛奉承之徒，有人吹捧他是一代英傑，有人稱他是風流名士。因此司馬元顯一天比一天驕縱奢侈，暗示禮官提議，認為自己德高望重，既然總管百官，百官都應對他表示無比的尊敬。於是公卿以下的官員，見到司馬元顯都要跪拜。當時戰事頻繁，國家財政空虛耗儘，自司徒以下的官員，每天隻能領到七升糧食，但司馬元顯仍然不停地聚斂財富，其富有超過了皇室。
殷仲堪擔心桓玄專橫跋扈，於是與楊佺期聯姻結為援手。楊佺期多次想攻打桓玄，都被殷仲堪製止。桓玄擔心最終被殷仲堪、楊佺期消滅，於是向朝廷執政者報告，請求擴大自己的轄區；執政者也想在他們之間製造矛盾，使他們互相背離，於是就加任桓玄為都督荊州四郡軍事，同時任命桓玄的哥哥桓偉代替楊佺期的哥哥楊廣為南蠻校尉。楊佺期既氣憤又害怕。楊廣想抗拒桓偉上任，殷仲堪不聽，調任楊廣為宜都、建平二郡太守。楊孜敬原先是江夏相，桓玄派兵襲擊並劫持了他，任命他為谘議參軍。
楊佺期整頓軍隊，樹立帥旗，聲稱要救援洛陽，想與殷仲堪共同襲擊桓玄。殷仲堪雖然外表與楊佺期結盟，內心卻懷疑他的用心，苦苦勸阻他；還擔心不能製止，派堂弟殷遹駐紮在北部邊境，以遏製楊佺期。楊佺期既不能單獨起事，又猜不透殷仲堪的真實意圖，隻好撤兵。
殷仲堪生性多疑，缺乏決斷，他的谘議參軍羅企生對他的弟弟羅遵生說：“殷侯為人仁慈卻不果斷，一定會遭難。我蒙受他的知遇之恩，在道義上不能離開他，一定會為他而死。”
這一年，荊州發生大水災，平地水深三丈，殷仲堪把倉庫的全部存糧拿出來賑濟饑民。桓玄想趁他內部空虛討伐他，於是發兵西上，也聲稱救援洛陽，給殷仲堪寫信說：“楊佺期接受國家的恩惠卻放棄先帝陵墓指不救洛陽），應該共同討伐他。現在我將進入沔水討伐楊佺期，已經駐軍在江口。如果您的看法與我一致，可逮捕楊廣並殺了他；如果不這樣做，我就要率軍進入長江了。”當時巴陵有積存的糧食，桓玄先派兵襲取了。梁州刺史郭銓正要去上任，路上經過夏口，桓玄謊稱朝廷派郭銓做自己的前鋒，於是把江夏的部隊交給他，讓他督促各軍一起進發，又秘密通知哥哥桓偉讓他做內應。桓偉驚慌失措，不知該怎麼辦，後來自己拿著桓玄的密信給殷仲堪看。殷仲堪扣押桓偉作為人質，讓他給桓玄寫信，文辭非常淒苦懇切。桓玄說：“殷仲堪為人沒有決斷，常常抱著成敗兩可的想法，替兒子考慮，我哥哥一定沒有危險。”