庚寅日，隋文帝前往仁壽宮。
桂州俚人首領李光仕發動叛亂，隋文帝派遣上柱國王世積和前桂州總管周法尚率軍討伐。周法尚調發嶺南的軍隊，王世積調發嶺北的軍隊，約定在尹州會師。王世積率領的部隊遭遇瘴氣，無法前進，停留在衡州，隻有周法尚獨自率軍討伐李光仕。李光仕戰敗，率領精銳士兵退守白石洞。周法尚俘獲了李光仕的許多家眷，對那些前來歸降的黨羽，總是把他們的妻子兒女歸還。過了十天，歸降的人有幾千名。李光仕的部眾潰散逃跑，周法尚追擊並斬殺了他。
隋文帝又派遣員外散騎侍郎何稠招募士兵討伐李光仕，何稠勸降了李光仕的黨羽莫崇等人，並秉承皇帝旨意任命部落首領為州縣官員。何稠是何妥哥哥的兒子。
隋文帝因嶺南夷人、越人多次反叛，任命汴州刺史令狐熙為桂州總管，掌管十七州軍事，允許他根據實際情況自行處理事務，刺史以下的官員可以由他秉承旨意補任。令狐熙到任後，大力推行恩德信義，當地溪洞的首領們相互說道：“以前的總管都用武力威脅我們，如今的總管卻用親筆書信開導我們，我們怎能違背他呢！”於是相繼歸附。此前，嶺南的州縣局勢混亂，官吏大多無法到任，隻能把政務委托給總管府。令狐熙將官吏全部派遣到任，為當地修建城邑，開辦學校，漢人和夷人都受到感化。俚人首領寧猛力，在南陳時就已占據南海，隋朝因此對他采取安撫政策，任命他為安州刺史。寧猛力憑借地勢險要傲慢不順，從未參拜過朝廷官員。令狐熙用恩德信義開導他，寧猛力深受感動，前往總管府參拜，不敢再做違法之事。令狐熙上奏朝廷，請求將安州改為欽州。
隋文帝因地方所屬官員不敬畏上司，事務難以推行，三月丙辰日，下詔：“各部門審議下屬官員的罪行時，若出現法律條文量刑較輕但情節嚴重的情況，允許在法律規定之外酌情處以杖刑。”於是上下級相互逼迫，不斷施行杖刑，把殘暴當作能乾，把守法當作懦弱。
隋文帝因盜賊眾多，下令盜竊一文錢以上的人都要被處死，有時三人共同盜竊一個瓜，事情敗露後也被處死。於是趕路的人都很晚起床、很早住宿，天下人都惶恐不安。有幾個人劫持了執法官員，對他們說：“我們難道是求財的人嗎！隻是為被冤枉的人而來。替我們上奏陛下：自古以來，治理國家製定法律，從未有過盜竊一文錢就被處死的情況。如果不把我們的話傳達給陛下，我們還會再來，到時候你們就會被殺光！”隋文帝聽說後，廢除了這一法令。
隋文帝曾在盛怒之下，想在六月杖殺犯人，大理少卿河東人趙綽堅決勸諫說：“夏季六月，天地萬物都在生長繁育，不能在這個時候殺人。”隋文帝答複說：“六月雖然是萬物生長的季節，但這時也一定會有雷霆；我效法上天行事，有什麼不可以的！”最終還是殺了犯人。
大理寺掌固來曠上奏說大理寺官員執法過於寬鬆，隋文帝認為來曠忠誠正直，讓他每天早晨在五品官員的行列中參見。來曠又告發大理少卿趙綽濫用職權赦免囚徒，隋文帝派親信大臣調查驗證，發現根本沒有徇私枉法的情況，隋文帝大怒，下令斬殺來曠。趙綽堅決勸諫，認為來曠罪不至死，隋文帝氣得拂袖進入內殿。趙綽謊稱：“我不再管來曠的事，還有其他事情，沒來得及上奏。”隋文帝讓他進入內殿，趙綽跪拜後請求說：“我有三項死罪：我擔任大理少卿，不能約束掌固，讓來曠觸犯了死罪，這是第一項；囚徒罪不至死，我卻不能以死相爭，這是第二項；我本來沒有其他事情，卻謊稱有事情求見，這是第三項。”隋文帝聽後臉色緩和。當時獨孤皇後也在座，下令賞賜趙綽兩杯金杯酒，連杯子一起賞賜給他。來曠因此免於一死，被流放到廣州。
蕭摩訶的兒子蕭世略在江南發動叛亂，蕭摩訶應當受牽連治罪，隋文帝說：“蕭世略年紀還不到二十歲，能有什麼作為？不過是因為他是名將的兒子，被彆人逼迫罷了。”於是赦免了蕭摩訶。趙綽堅決勸諫，認為不能赦免，隋文帝無法說服他，想等趙綽離開後再赦免蕭摩訶，於是讓趙綽退下吃飯。趙綽說：“我上奏的案件還沒有判決，不敢退下。”隋文帝說：“大理寺就為朕特彆赦免蕭摩訶吧。”於是命令侍從釋放了蕭摩訶。
刑部侍郎辛亶曾穿紅色的褲子，民間傳說這樣穿有利於升官；隋文帝認為這是用邪術害人，準備斬殺他。趙綽說：“按照法律，辛亶罪不至死，我不敢遵奉詔令。”隋文帝非常憤怒，說：“你憐惜辛亶，卻不憐惜自己！”下令把趙綽拉出去斬首。趙綽說：“陛下寧可殺我，也不能殺辛亶。”到了朝堂上，趙綽被脫下衣服準備處斬，隋文帝派人對他說：“你終究還是不肯讓步嗎？”趙綽回答說：“我一心執法，不敢吝惜性命！”隋文帝拂袖進入內殿，過了很久，才下令釋放趙綽。第二天，隋文帝向趙綽道歉，慰問勉勵他，賞賜他三百段布帛。
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當時隋文帝禁止使用劣質錢幣，有兩個人在集市上用劣質錢幣兌換好錢幣，武侯負責治安的官員）把他們抓起來上報，隋文帝下令將兩人全部斬首。趙綽進諫說：“這兩個人的罪行應當處以杖刑，殺死他們不符合法律。”隋文帝說：“這事與你無關。”趙綽說：“陛下不認為我愚昧，讓我擔任司法官員，卻要隨意殺人，怎麼能與我無關！”隋文帝說：“搖動大樹，搖不動就該退下。”趙綽回答說：“我希望能感動上天，何況是搖動大樹。”隋文帝又說：“喝湯的人覺得燙就會放下，你是想挫敗天子的威嚴嗎！”趙綽跪拜後更加向前，隋文帝嗬斥他，他也不肯退下，隋文帝最終進入內殿。治書侍禦史柳彧又上奏懇切勸諫，隋文帝才停止行刑。
隋文帝因趙綽忠誠正直，常常把他召進內殿，有時遇上隋文帝和皇後同坐，就叫趙綽坐下，和他討論朝政得失，前後賞賜的財物數以萬計。趙綽和大理卿薛胄同時任職，都以公平寬恕聞名；但薛胄判案注重情理，趙綽則嚴格守法，兩人都很稱職。薛胄是薛端的兒子。
隋文帝晚年用法越發嚴厲，禦史在元旦朝會時沒有彈劾武官衣服、佩劍不整齊的人，隋文帝說：“你作為禦史，卻縱容放任下屬。”下令殺死禦史，諫議大夫毛思祖勸諫，也被殺死。將作寺丞因征收麥子延誤，武庫令因官署庭院荒蕪，侍從出使時，有人接受地方官員贈送的馬鞭、鸚鵡，隋文帝察覺後，都親自下令將他們斬首。
隋文帝已經喜怒無常，不再依據法律條文量刑。他信任楊素，楊素又肆意偏袒，與鴻臚少卿陳延有矛盾。楊素曾路過蕃客館，看到庭院中有馬糞，還看到陳延的手下在毛氈上賭博，就把這些事報告給隋文帝。隋文帝大怒，將主客令和賭博的人都用杖打死，把陳延打得幾乎喪命。
隋文帝派遣新衛大都督長安人屈突通前往隴西核查各地牧場，查出隱瞞的馬匹兩萬多匹，隋文帝大怒，準備斬殺太仆卿慕容悉達和各牧場官員一千五百人。屈突通勸諫說：“人命至關重要，陛下怎能因牲畜的緣故殺死一千多人！我冒昧地以死請求陛下赦免他們！”隋文帝怒目嗬斥他，屈突通又叩頭說：“我甘願一死，隻求陛下赦免這一千多人的性命。”隋文帝醒悟過來，說：“我不明事理，竟到了這種地步！幸好有你忠誠進言。”於是慕容悉達等人都被免去死罪，屈突通被提拔為右武候將軍。
上柱國彭公劉昶與隋文帝有舊交，隋文帝對他十分親近；劉昶的兒子劉居士，行俠仗義卻不遵守法度，多次犯罪，隋文帝因劉昶的緣故，每次都寬恕他。劉居士變得更加驕橫放縱，挑選公卿子弟中強壯勇猛的人，把他們帶到家裡，用車輪套住他們的脖子再用棍棒毆打，那些差點被打死卻仍不屈服的人，被他稱為壯士，釋放後與他們交往。劉居士的黨羽有三百人，經常毆打路人，掠奪財物，甚至公卿妃嬪公主，都不敢與他們計較。有人告發劉居士圖謀不軌，隋文帝大怒，將他斬首，公卿子弟因受劉居士牽連被削除官籍的人很多。
楊素、牛弘等人再次推薦張胄玄的曆法。隋文帝讓楊素和懂術數的人提出六十一個問題，都是舊曆法長期難以解釋的，讓劉暉等人與張胄玄等人辯論分析。劉暉啞口無言，一個問題也答不上來，張胄玄卻解釋通了五十四個問題，隋文帝於是任命張胄玄為員外散騎侍郎兼太史令，賞賜他一千段布帛，讓他參與製定新曆法。到這時，張胄玄的曆法編製完成。夏季，四月戊寅日，隋文帝下詔頒布新曆法；此前編製曆法的劉暉等四人都被削除官籍。秋季，七月，桂州人李世賢發動叛亂，隋文帝商議討伐之事。有幾位將領請求出征，隋文帝不同意，回頭對右武候大將軍虞慶則說：“你位居宰相，爵位是上公，國家有叛亂，卻沒有出征的想法，為什麼？”虞慶則叩頭謝罪，心中恐懼，隋文帝於是任命虞慶則為桂州道行軍總管，平定了叛亂。
秦王楊俊，年幼時仁愛寬厚，喜好佛教，曾請求出家為僧，隋文帝沒有同意。等到他擔任並州總管後，逐漸變得奢侈，違反製度，大規模修建宮殿。楊俊喜好女色，他的妃子崔氏是崔弘度的妹妹，生性嫉妒，在瓜中放毒，楊俊因此中毒生病，被召回京城。隋文帝認為楊俊奢侈放縱，丁亥日，免去他的官職，讓他以王爺的身份回到府第。崔妃因毒害秦王，被廢除封號，賜死在家中。左武衛將軍劉升勸諫說：“秦王沒有其他過錯，隻是耗費官府財物修建官署住宅罷了，我認為可以寬容他。”隋文帝說：“法律不能違背。”楊素勸諫說：“秦王的過錯，不該受到這樣的處罰，希望陛下仔細考慮！”隋文帝說：“我是五個兒子的父親，難道就不是天下百姓的父親嗎？如果按照你的意思，為什麼不另外製定一部‘天子兒子律’！以周公的為人，尚且誅殺管叔、蔡叔，我確實遠遠比不上周公，怎能破壞法律呢！”最終沒有同意赦免楊俊。
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戊戌日，突厥突利可汗前來迎娶公主，隋文帝讓他住在太常寺，學習六禮古代婚禮的六個步驟），將宗室女子安義公主嫁給她。隋文帝想離間突利可汗與都藍可汗的關係，因此對突利可汗的禮遇特彆優厚，派遣太常卿牛弘、納言蘇威、民部尚書斛律孝卿相繼擔任使者護送公主。
突利可汗原本居住在突厥北部，娶了安義公主後，長孫晟勸說他率領部眾南遷，居住在度斤山舊鎮，隋朝對他的賞賜十分優厚。都藍可汗憤怒地說：“我是大可汗，反而比不上染乾突利可汗的名字）！”於是停止向隋朝朝貢，多次派兵劫掠隋朝邊境。突利可汗偵察到都藍的動靜，就派人上奏隋朝，因此隋朝邊境每次都能提前做好防備。
九月甲申日，隋文帝從仁壽宮返回京城。
何稠從嶺南返回時，寧猛力請求跟隨他入朝。何稠見寧猛力病重，讓他返回欽州，和他約定：“八九月間，你可以到京城相見。”何稠回京後，向隋文帝上奏此事，隋文帝心中不滿。冬季十月，寧猛力病逝。隋文帝對何稠說：“你之前不把寧猛力帶來，現在他竟然死了！”何稠說：“寧猛力和我約定，即便他去世，也會派兒子入朝侍奉。越人性格耿直，他的兒子一定會來。”寧猛力臨終前，果然告誡兒子寧長真：“我和隋朝大使有約定，不能失信，你安葬我後，就立刻上路去京城。”寧長真繼承刺史之職後，遵照父親的遺言入朝。隋文帝十分高興，說：“何稠在蠻夷中樹立信義，竟到了這種地步！”
魯公虞慶則討伐李世賢時，任命妻弟趙什住為隨府長史。趙什住與虞慶則的愛妾私通，擔心事情敗露，就散布謠言說虞慶則不願出征。隋文帝聽到後，對虞慶則的禮遇和賞賜變得十分微薄。虞慶則回京途中，到達潭州臨桂嶺，眺望山川地勢，說：“這裡確實險要堅固，再加上糧食充足，若有合適的人駐守，就難以攻破。”他派趙什住快馬前往京城奏事，觀察隋文帝的態度，趙什住卻趁機告發虞慶則謀反，隋文帝下令有關部門調查核實。十二月壬子日，虞慶則因罪被處死，趙什住被任命為柱國。
高麗王高湯聽說陳朝滅亡，非常恐懼，於是整訓軍隊、囤積糧食，製定抵禦隋朝的策略。這一年，隋文帝賜給高湯璽書，指責他“雖然名義上歸附隋朝，但忠誠的氣節還不夠”，並且說：“你所在的高麗，雖然地狹人少，但若現在廢黜你的王位，不能讓這個職位空缺，最終還是要另選官員，到那裡安撫百姓。你若能洗心革麵、改變行為，遵守隋朝的法令，就是我的良臣，何必勞煩我另外派遣賢才！你認為遼水寬廣，能比得上長江嗎？高麗的人口，能比得過陳朝嗎？我若不是心存包容，追究你過去的過失，隻派一位將軍出征，又何需動用太多兵力！我懇切地告知你，是允許你改過自新啊。”高湯收到璽書後，十分惶恐，準備上表謝罪。恰逢他病逝，兒子高元繼位，隋文帝派遣使者任命高元為上開府儀同三司，承襲遼東公的爵位。高元上表謝恩，並請求封王，隋文帝同意了。
吐穀渾發生大亂，國人殺死世伏可汗，擁立他的弟弟伏允為可汗。伏允派遣使者向隋朝陳述廢立可汗的事情，承認擅自廢立的罪過，並請求依照吐穀渾習俗娶隋朝公主；隋文帝同意了。從此，吐穀渾每年都向隋朝朝貢。
開皇十八年戊午年，公元598年）
春季二月甲辰日，隋文帝前往仁壽宮。
高麗王高元率領靺鞨部眾一萬多人侵犯遼西，營州總管韋衝擊退了他們。隋文帝聽說後大怒，乙巳日，任命漢王楊諒、王世積同為行軍元帥，率領水陸大軍三十萬討伐高麗，任命尚書左仆射高熲為漢王長史，周羅睺為水軍總管。
延州刺史獨孤陀有個婢女叫徐阿尼，信奉貓鬼，能驅使貓鬼殺人，據說每次殺人後，死者家中的財物會暗中轉移到養貓鬼的人家裡。恰逢獨孤皇後和楊素的妻子鄭氏都生病，醫生都說：“這是貓鬼作祟引發的疾病。”隋文帝因獨孤陀是獨孤皇後的異母弟，獨孤陀的妻子是楊素的異母妹，因此懷疑是獨孤陀所為。下令高熲等人共同審理此案，查明了全部實情。隋文帝大怒，下令用牛車押解獨孤陀夫婦，準備賜死他們。獨孤皇後三天沒有吃飯，為獨孤陀求情說：“獨孤陀若有敗壞朝政、危害百姓的罪行，我不敢求情；如今他是因我而獲罪，我鬥膽請求陛下饒他性命。”獨孤陀的弟弟、司勳侍郎獨孤整到皇宮求情，隋文帝於是免去獨孤陀的死罪，將他削除官籍貶為平民，把他的妻子楊氏罰為尼姑。此前，有人控告自己的母親被貓鬼殺死，隋文帝認為這是妖言妄語，憤怒地趕走了控告者。到這時，隋文帝下詔誅殺被控告養貓鬼的人家。
夏季四月辛亥日，隋文帝下詔：“飼養貓鬼、施行蠱毒、用邪術害人的人家，一律流放到四方邊遠地區。”
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六月丙寅日，隋文帝下詔廢黜高麗王高元的官爵。漢王楊諒的軍隊從臨渝關出發，恰逢雨季，糧草運輸跟不上，軍中缺糧，又遭遇瘟疫。周羅睺從東萊渡海前往平壤城，也遭遇大風，很多船隻沉沒。秋季九月己醜日，隋朝大軍返回，死亡的士兵占了十分之八九。高麗王高元也很惶恐，派遣使者謝罪，上表自稱“遼東糞土臣高元”，隋文帝於是停止用兵，對待高元像以前一樣。
百濟王餘昌派遣使者上表，請求擔任隋朝討伐高麗的向導，隋文帝下詔告知他“高麗已經服罪，我已赦免了他們，不能再討伐了”，並厚待百濟使者後遣送回國。高麗得知此事後，派兵侵犯百濟邊境。
辛卯日，隋文帝從仁壽宮返回京城。
冬季十一月癸未日，隋文帝在南郊舉行祭天典禮。
十二月，隋朝從京城到仁壽宮，設置了十二所行宮。
南寧夷人爨玩再次反叛。蜀王楊秀上奏說“史萬歲接受賄賂、放走叛賊，導致邊境又生禍患”。隋文帝斥責史萬歲，史萬歲極力辯解、拒不認錯；隋文帝大怒，下令將他斬首。高熲和左衛大將軍元旻等人堅決求情說：“史萬歲雄才大略超過常人，將士們都願意為他效力，即使是古代名將，也比不上他。”隋文帝的怒氣稍有緩解，於是將史萬歲削除官籍貶為平民。
開皇十九年己未年，公元599年）
春季正月癸酉日，隋文帝大赦天下。二月甲寅日，隋文帝前往仁壽宮。
突厥突利可汗通過長孫晟上奏，說都藍可汗正在製造攻城器械，準備攻打大同城。隋文帝下詔任命漢王楊諒為元帥，尚書左仆射高熲從朔州道出兵，右仆射楊素從靈州道出兵，上柱國燕榮從幽州道出兵，攻打都藍可汗，軍隊都受漢王楊諒調度；但漢王最終沒有親臨戰場。
都藍可汗聽說隋朝出兵，與達頭可汗結盟，聯合兵力突襲突利可汗，在長城下展開大戰，突利可汗大敗。都藍可汗殺死突利的兄弟子侄，然後渡過黃河進入蔚州。突利可汗的部落潰散逃亡，夜裡，突利和長孫晟率領五名騎兵向南逃跑，到天亮時，已行進一百多裡，收編了幾百名騎兵。突利和他的部眾商議說：“現在兵敗後入朝，隻能算是一個投降的人，大隋天子怎麼會禮遇我呢！玷厥達頭可汗的名字）雖然來攻打我，但我們原本沒有冤仇，若去投奔他，他一定會收留幫助我們。”長孫晟得知後，秘密派遣使者進入伏遠鎮，下令迅速點燃烽火。突利看到四處烽火同時燃起，問長孫晟原因，長孫晟欺騙他說：“伏遠鎮城牆高、地勢開闊，一定是遠遠看到賊兵來了。我國的製度是，若賊兵人少，點燃兩堆烽火；賊兵人多，點燃三堆；賊兵逼近，點燃四堆。他們這是看到賊兵又多又近啊。”突利非常恐懼，對部眾說：“追兵已經逼近，暫且先去伏遠鎮投靠吧。”進入伏遠鎮後，長孫晟留下突利的高官執室統領他的部眾，自己帶著突利乘驛馬入朝。夏季四月丁酉日，突利到達長安。隋文帝十分高興，任命長孫晟為左勳衛驃騎將軍，持節監護突厥。
隋文帝讓突利可汗與都藍可汗的使者因頭特勒相互對質辯論，突利的言辭有理有據，隋文帝於是厚待他。都藍可汗的弟弟都速六拋棄妻子兒女，與突利一同歸降隋朝，隋文帝嘉獎他，讓突利多送他珍寶來安撫他。
高熲派遣上柱國趙仲卿率領三千士兵擔任前鋒，抵達族蠡山，與突厥軍隊遭遇，交戰七天，大敗突厥；追擊到乞伏泊，再次擊敗突厥，俘獲一千多人，各種牲畜數以萬計。突厥又大規模出兵前來，趙仲卿布下方陣，四麵抵抗，共堅守了五天。恰逢高熲率領大軍趕到，兩軍合力夾擊，突厥軍隊戰敗逃跑，高熲等人追擊越過白道，翻過秦山七百多裡後返回。楊素的軍隊與達頭可汗遭遇。此前，將領們與突厥交戰，擔心突厥騎兵衝鋒，都用戰車、步兵和騎兵相互配合，布置鹿角防禦工事）構成方陣，騎兵在方陣內部。楊素說：“這隻是自我保全的方法，不足以取勝。”於是完全廢除舊戰術，命令各軍布下騎兵陣。達頭可汗聽說後，大喜說：“這是上天賜予我的機會！”下馬仰天跪拜，率領十幾萬騎兵直衝隋軍。上儀同三司周羅睺說：“賊兵的陣勢還沒擺好，請允許我率軍攻擊他們。”於是率先率領精銳騎兵迎戰，楊素率領大軍隨後跟進，突厥軍隊大敗，達頭可汗受重傷逃跑，隋軍殺死和殺傷的突厥士兵不計其數，突厥部眾號哭著逃走。
六月丁酉日，隋文帝任命豫章王楊暕為內史令。
宜陽公王世積擔任涼州總管時，他的親信安定人皇甫孝諧犯罪，官吏追捕他，皇甫孝諧逃到王世積那裡，王世積沒有收留他。皇甫孝諧被發配到桂州戍邊，於是上書告發王世積謀反，說“王世積曾讓道士為他看相，問自己是否會富貴，道士回答說：‘您會成為國主，還會前往涼州任職。’王世積的親信對他說：‘河西是天下精兵聚集的地方，可以圖謀大事。’王世積說：‘涼州土地遼闊、人口稀少，不是用兵的地方。’”王世積因罪被處死，皇甫孝諧被任命為上大將軍。
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獨孤皇後生性嫉妒，後宮嬪妃沒有人敢侍奉隋文帝。尉遲迥的孫女容貌美麗，此前被沒入宮中。隋文帝在仁壽宮見到她後十分喜愛，於是寵幸了她。獨孤皇後趁隋文帝上朝的機會，暗中殺死了她。隋文帝因此大怒，獨自騎馬從皇宮園林中逃出，不走正路，進入山穀二十多裡。高熲、楊素等人追上隋文帝，拉住馬韁繩苦苦勸諫。隋文帝歎息說：“我貴為天子，卻不能自由！”高熲說：“陛下怎能因為一個婦人而輕視天下！”隋文帝的怒氣稍有緩解，停馬佇立了很久，直到半夜才返回皇宮。獨孤皇後在宮殿內等候，隋文帝回來後，她流著淚跪拜請罪，高熲、楊素等人從中調解，於是擺酒設宴，君臣妃後儘歡。此前，獨孤皇後因高熲的父親曾是她家的門客，對高熲十分親近禮遇，到這時，聽說高熲稱自己為“一個婦人”，於是心懷怨恨。
當時太子楊勇失去隋文帝的寵愛，隋文帝暗中有廢黜太子的想法，他從容地對高熲說：“有神仙告知晉王妃，說晉王一定會擁有天下，該怎麼辦呢？”高熲長跪不起，說：“長幼有序，太子怎麼能廢黜呢！”隋文帝沉默不語，暫時打消了廢太子的念頭。獨孤皇後知道高熲不會改變立場，暗中想除掉他。
恰逢隋文帝下令挑選東宮的衛士編入皇宮宿衛，高熲上奏說：“如果把東宮的強壯衛士都選走，恐怕東宮的宿衛力量就太薄弱了。”隋文帝臉色一變，說：“我有時出入皇宮，宿衛需要勇猛剛毅的人。太子在東宮修養德行，身邊何須強壯衛士！這是嚴重的弊端。按我的意思，應在衛士輪班交接的日子，分配一部分到東宮，皇宮和東宮的宿衛隊伍不加以區彆，難道不是好事！我清楚地看到前代的教訓，你不必再沿襲舊俗。”高熲的兒子高表仁娶了太子的女兒，因此隋文帝用這番話防備高熲。
高熲的妻子去世，獨孤皇後對隋文帝說：“高仆射年紀大了，又失去妻子，陛下怎能不為他再娶一位妻子呢！”隋文帝把獨孤皇後的話告訴高熲。高熲流著淚辭謝說：“我現在已經年老，退朝後隻願在家齋戒讀佛經罷了。即使陛下深切關懷我，娶妻子的事，也不是我的願望。”隋文帝於是不再提此事。不久後，高熲的愛妾生下一個兒子，隋文帝聽說後非常高興，獨孤皇後卻很不高興。隋文帝問她原因，獨孤皇後說：“陛下還相信高熲嗎？起初，陛下想為高熲娶妻子，高熲心裡卻想著愛妾，當麵欺騙陛下。現在他的欺詐行為已經暴露，怎麼能再相信他！”隋文帝從此疏遠了高熲。
隋朝討伐高麗的戰役，高熲曾堅決勸諫，隋文帝沒有聽從，等到大軍無功而返，獨孤皇後對隋文帝說：“高熲起初就不願意出征，陛下強行派遣他，我原本就知道他會無功而返！”此外，隋文帝因漢王楊諒年輕，把軍事大權都交給高熲，高熲因身負重任，凡事都以國家為重，沒有避嫌的想法，楊諒的建議大多不被采納。楊諒因此對高熲心懷怨恨，返回京城後，哭著對獨孤皇後說：“我差點被高熲殺死。”隋文帝聽說後，對高熲更加不滿。
等到高熲攻打突厥時，率軍出白道後，計劃進一步深入沙漠，於是派遣使者請求增兵，隋文帝身邊的大臣趁機說高熲想謀反。隋文帝還沒有回應，高熲已經擊敗突厥返回。後來王世積被處死，調查時發現一些宮禁中的事情，據說從高熲那裡得知，隋文帝大為震驚。有關部門又上奏說“高熲和左右衛大將軍元旻、元胄都與王世積有交往，接受過王世積贈送的名馬”。元旻、元胄因此被免去官職。上柱國賀若弼、吳州總管宇文弼、刑部尚書薛胄、民部尚書斛律孝卿、兵部尚書柳述等人證明高熲無罪，隋文帝更加憤怒，把他們都交給有關部門治罪，從此朝臣中沒有人再敢為高熲說話。秋季八月癸卯日，高熲因罪被免去上柱國、左仆射的職務，以齊公的爵位回到府第。
不久後，隋文帝前往秦王楊俊的府第，召高熲陪同宴飲。高熲感慨歎息，悲傷得不能自已，獨孤皇後也對著他流淚。隋文帝對高熲說：“我沒有辜負你，是你自己辜負了自己。”接著對侍從大臣說：“我對高熲，比對兒子還好，即使有時不見麵，也總覺得他就在眼前。自從他被免職後，我就徹底把他忘了，好像原本就沒有高熲這個人。臣子不能用自身的功績要挾君主，自稱是天下第一啊。”
不久後，高熲封國的國令上報高熲的隱秘之事，稱高熲的兒子高表仁對高熲說：“司馬懿當初假裝生病不上朝，最終奪取了天下。您現在遇到這樣的處境，怎知不是福氣呢！”隋文帝大怒，將高熲囚禁在內史省審問。司法部門又上奏，稱僧人真覺曾對高熲說：“明年國家會有大喪事。”尼姑令暉也說：“開皇十七年、十八年，皇帝會有大災厄，十九年恐怕熬不過去。”隋文帝聽後更加憤怒，對群臣說：“帝王之位難道能靠努力爭奪來嗎！孔子憑借大聖之才，尚且不能得到天下。高熲和他兒子的對話，把自己比作司馬懿晉朝的實際開創者），這是什麼居心！”有關部門請求將高熲斬首。隋文帝說：“去年殺了虞慶則，今年又斬了王世積，要是再殺高熲，天下人會怎麼評價我！”於是將高熲削除官籍，貶為平民。
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