醫正堂的招生持續了十日，報名者絡繹不絕。有寒門學子，有藥鋪學徒，甚至還有幾個被太醫院拒之門外的女子。淩雲一一麵試，最終選定十二人，其中三個最特彆：
陸明遠，陸文昭之子，因父親被誣而自卑，卻偷偷抄錄了父親所有的醫案；
李文軒，鐵匠之子，天生巧手，能盲拆複雜機關，曾用廢鐵打造出能精準切割藥材的；
阿芷，藥童出身，識百草，懂藥性，因女子身份被太醫院拒之門外，卻能在暴雨天冒死采回稀缺的七葉一枝花。
拜師禮那天，太醫院空無一人。楊院判稱病不出，老禦醫們也集體告假。淩雲卻不以為意，隻讓弟子們在醫正堂的院子裡種下十二棵銀杏樹，寓意杏林春暖。
從今日起，你們不再是寒門子弟、鐵匠之子、藥童阿芷。淩雲指著院中的《醫訓碑》，你們是醫正堂的弟子，是未來的。記住八個字——醫者仁心，實事求是
弟子們齊聲應諾。陸明遠卻注意到，淩雲腰間斷劍的劍穗上，掛著一枚小小的銀質十字架——那是西洋之物。他心中一動：先生遊曆西洋，究竟看到了怎樣的醫道？
當晚，陸明遠在藏書閣翻閱醫書時，發現一本用羊皮紙裝訂的《西洋解剖圖》。翻開第一頁，便是一幅人體骨骼圖，標注著等名稱，與中醫的五臟六腑完全不同。
你看這個做什麼？阿芷端著藥膳進來，見他盯著圖譜發呆，好奇道。
陸明遠指著圖譜：中醫說心主神明，西洋人說腦主思慮。到底哪個對？
阿芷想了想：先生說過，醫道要實事求是。或許……兩者都對？
陸明遠若有所思。他想起父親臨終前的話：醫道如行路，前人指的方向未必對，要自己走一遍才知道。
窗外，月光灑在十二棵銀杏樹上，枝葉婆娑。醫正堂的故事，才剛剛開始。
醫正堂的教學，從洗手消毒開始。
醫者術前不洗手，與屠夫何異？淩雲站在講台上，將一碗渾濁的水潑在地上，這水是你們剛才摸過藥材後沒洗手的，裡麵有看不見的，會讓傷口潰爛。
弟子們麵麵相覷。李文軒舉手：先生，何為？
淩雲取出一個西洋顯微鏡——那是他用三箱藥材從西洋傳教士手中換來的。他將一片發黴的饅頭放在載玻片上，對著光源。
弟子們湊過去，隻見一片模糊的視野中，有無數細小的在蠕動。
這就是。淩雲解釋道，它們藏在臟水、腐肉、病人的膿血中，進入人體就會生病。所以，每次看病前後，必須用皂角水洗三遍手，再用酒擦拭。
阿芷皺眉：先生，這……這會不會太麻煩？
嫌麻煩，就彆當大夫。淩雲語氣嚴厲，你們手中的銀針、藥刀，是救命的工具，不是害人的凶器。若因懶怠讓病人染病，與庸醫何異？
弟子們不敢再言。陸明遠卻在筆記本上寫下：洗手三遍，皂角+酒，防腐蟲。
第一課結束，淩雲帶著弟子們去了義莊。
義莊內陰氣森森，停著幾具無人認領的屍體。淩雲指著一具溺亡的農婦屍體：今日教你們臟腑如輪，氣血為軸。先看這心肺，如同風箱，推動氣血運行；再看這脾胃，如同磨盤，消化水穀精微。
他取出手術刀，在農婦腹部劃開一道口子。弟子們嚇得後退，隻有李文軒湊上前：先生，我能摸摸這心臟嗎？
淩雲點頭。李文軒伸手探入屍體胸腔，觸到那顆冰冷的心臟。好硬……他喃喃道，像塊石頭。
溺水時，冷水刺激心臟驟停，氣血凝滯，故僵硬。淩雲一邊講解，一邊用豬羊內臟演示，你們看，這豬心與人心結構相似，都有四個腔室，負責泵血。
阿芷突然指著農婦的胃部：先生，她的胃上有個洞！