藥王穀的戰後重建，是在一片悲愴與堅韌交織的氣氛中開始的。
昔日仙氣縹緲、藥香彌漫的靈山福地，如今觸目皆是斷壁殘垣、焦土溝壑。護山大陣徹底崩毀，主峰大殿坍塌過半，丹房藥圃損毀無數，護山靈獸多有死傷。空氣中彌漫著經久不散的血腥、硝煙與淡淡的“暗影”汙染殘留氣息。
更沉重的，是人的傷亡。初步統計，此役戰死、失蹤、或因“暗影詛咒”徹底異變而被處決的弟子、執事、長老，超過三成。另有大量弟子身負重傷，道基受損，或被“暗影”汙染後雖然保住性命，但修為倒退，神魂萎靡，需要漫長的淨化與調養。整個藥王穀，籠罩在一片壓抑的哀慟之中。
藥塵真人強撐著傷勢與悲痛，主持大局。三位太上長老也顧不得閉關恢複，與淩霄、赤陽真人、鐵骨真人等人一起，日夜不休地投入到善後工作中。
首要任務是清除殘留的“暗影”汙染。雖然“歸墟之門”的威脅被轉移，但那些侵入地脈、靈植、甚至弟子體內的“暗影”能量，依舊頑固。三位太上長老聯合藥塵真人，以殘存的“淨世青蓮大陣”核心為基，結合“生生造化泉”泉眼，布設了一座覆蓋全穀的“清濁分化大陣”，緩慢而堅定地淨化著汙染，修複著受損的地脈。
其次是救治傷員。藥王穀本就是以丹道醫術立宗，此時更是傾儘所有庫藏，煉製各類療傷、淨魂、固本的丹藥。赤陽真人與鐵骨真人也傳訊各自宗門，請求調撥更多療傷資源與擅長治療的長老前來援助。玄天盟與萬獸山在這次並肩作戰中，與藥王穀結下了深厚的生死情誼，對此自是義不容辭。
至於重建山門、修複陣法、整頓內部，則是更加浩大漫長的工程。幸存的弟子們在長老帶領下，強忍悲痛，清理廢墟，搬運建材，修複破損的洞府與靈田。所有人的眼中，都帶著劫後餘生的慶幸，以及一抹化不開的悲憤與堅定。家園被毀，同門罹難，這份血仇與傷痛，將永遠烙印在藥王穀的記憶中。
而雲芷，則成了整個藥王穀最深的牽掛與擔憂。
她被安置在主峰地底最深處、靈力最為精純溫和、且布設了重重保護禁製的“養魂玉室”中。三位太上長老輪流以自身精純的靈力與道意為她溫養經脈，穩固道基，滌蕩識海中因強行篡改“歸墟之門”而殘留的規則反噬與混亂意念。
雲芷的狀態極其糟糕。肉身瀕臨崩潰，經脈寸斷後又勉強續接，如同布滿裂痕的瓷器。識海更是如同經曆了一場浩劫，若非混沌靈根堅韌無匹，以及心口那點魂印星光始終護持著最後一點真靈不滅，恐怕早已魂飛魄散。她的意識陷入深度沉眠，對外界幾乎毫無反應，隻有極其微弱的生命氣息，證明她還活著。
藥塵真人每日都會來探望，看著玉台上氣息微弱、麵色蒼白的弟子，這位曆經風浪的穀主眼中，充滿了痛惜、自責與無儘的期盼。他知道，雲芷能否醒來，何時醒來，醒來後又能恢複幾分，都是未知之數。她的傷勢，早已超出了尋常丹藥與醫術的範疇，涉及到了最本源的規則反噬與神魂損耗。
“或許……隻有時間，以及她自身血脈與那神秘魂印的力量，才能讓她慢慢恢複。”青木太上長老探查良久，最終喟然長歎，“我們能做的，隻是為她提供最好的環境，穩住傷勢不惡化，等待奇跡。”
“奇跡……”藥塵真人望著雲芷心口那點即便在沉睡中也微弱閃爍的星光，喃喃道，“她已經創造了太多奇跡。這一次，我相信她也能。”
時間，在藥王穀艱難的重建與雲芷的漫長沉睡中，悄然流逝。
一月過去，穀內汙染基本清除，傷員情況趨於穩定，山門開始有了簡單的輪廓。
兩月過去，第一座修複的丹房重新升起丹火，新的靈藥嫩苗在淨化的靈田中破土而出。
三月過去，護山大陣的基礎陣基開始重建，雖然遠未恢複往日威能，但總算有了初步的防護。
而雲芷，依舊沉睡。
她的氣息在這三個月中，有過數次極其微弱的起伏波動，但始終未曾真正醒來。心口那點魂印星光，也一直保持著那種微弱的、卻頑強不滅的狀態，仿佛在默默滋養、守護著她破碎的一切。
就在藥王穀眾人漸漸適應這艱難的重建生活，將希望寄托於時間之時——
外界，因藥王穀一戰引發的波瀾，正以遠超他們想象的速度，擴散開來。
首先做出反應的，是“仙界巡天司”。
藥王穀之戰結束半月後，一道由巡天司正式簽發的“諸天通告”，便通過特定的渠道，傳達到了與仙界有聯係的諸多中千、大千世界，以及一些強大的修真勢力耳中。
通告內容措辭嚴厲，直指“九霄靈界”藥王穀所在世界）因“監管不力”、“私藏禁忌”、“擅動歸墟”，導致“虛空裂隙異常劇變”、“諸天秩序受擾”，造成“惡劣影響”。巡天司將“九霄靈界”列入“觀察名單”，並要求該界所有“歸墟相關”人員、物品、遺跡信息，需即刻向巡天司駐該界“觀察使”即將派遣）報備，接受監管。同時，“嚴厲譴責”藥王穀“魯莽行事”，並保留“進一步追究責任”的權力。
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這通告，無異於將藥王穀推上了風口浪尖，也給整個九霄靈界帶來了巨大的壓力與不確定性。一時間，修真界暗流湧動，各方勢力對藥王穀的態度變得微妙複雜起來。有同情其遭遇的，有畏懼仙界威勢而急於劃清界限的，也有暗中覬覦那“禁忌”與“歸墟”秘密，蠢蠢欲動的。
緊接著，是關於“虛空裂隙”異變的傳聞開始流傳。
據一些擅長觀測星象、或往來於諸天邊緣的商隊、探險者傳回的消息，在距離九霄靈界極其遙遠的某片古老虛空區域，原本相對穩定的一片“混沌迷霧區”，近期發生了極其恐怖的規則風暴與能量噴發，疑似有“世界碎片”被撕裂、湮滅。那片區域的空間變得極度不穩定，甚至開始向外擴散某種混亂的“漣漪”，影響了附近一些小型世界與虛空航路的安全。
這傳聞與藥王穀之戰中，那道射向虛空的“毀滅光柱”隱隱對應，更是坐實了仙界通告的部分內容。一時間，“歸墟之禍”、“虛空災變”的恐慌，開始在修真界高層小範圍蔓延。
而作為始作俑者在很多人看來）的藥王穀，尤其是雲芷，自然也成為了這些傳聞與恐慌情緒的中心焦點之一。