雖然陣斬賊首神一魁暫解了西安府之圍，但陝西的局勢遠未到可以高枕無憂的地步。混世王、曹操羅汝才）、老回回、過天星、上天猴、獨行狼、二郎神、踏天虎、大梁王、趙四……大大小小的股匪頭目名號，李邦華的奏報中列了一長串，聽得朱由檢頭皮發麻。
他深知，想要一舉平定陝西，根本是癡人說夢。眼下能穩住局麵，逐步恢複生產，剿撫並用，已是最好的結果。因此，他壓下心中的焦慮，親自擬旨，對李邦華、孫元化、周文鬱、馬祥麟等人予以嘉獎，肯定其西安城下的戰功，並勉勵他們“再接再厲，徐圖恢複”，給予了充分的信任和耐心。
然而，放下陝西的軍務奏疏，朱由檢的目光轉回自己眼皮底下的事務時，一股更深的無力感和焦躁瞬間湧上心頭——他看到了內官監呈報的皇莊收支賬目。
那白紙黑字的數據，簡直讓他心態崩裂！
他名下有多達四萬頃的皇莊田地，遍布北直隸等地，如此龐大的資產，一年下來，刨去各項開支，淨收入送入內帑的銀兩竟然隻有四萬兩左右？平均一頃地的淨收益還不到一兩銀子？
與此同時，每年理論上應由江南等地解送內庫的一百萬兩“金花銀”，實際能足額、按時收到的往往隻有一半，另外五十萬兩不是拖欠就是根本無從催討，形同虛設！
“四萬頃地……就產出這麼點玩意兒？！”朱由檢簡直難以理解，一股邪火直衝頂門，“這怎麼可能？是地不長莊稼？還是管的都是廢物？！”
他拒絕接受這個現狀。巨大的失落感迅速轉化為強烈的行動欲。他不能再眼睜睜看著自己最大的私人財源如此低效運轉。
隨著朱由檢的一聲令下，一場聲勢浩大的皇莊清查工作在整個北直隸地區迅速展開。從崇禎四年的三月開始，由司禮監、內官監以及戶部官員組成的聯合稽查隊伍便奔赴各處皇莊，丈量田畝、核對賬冊、追查租銀流向……整個過程雷厲風行，頗有一股要徹底挖出蛀蟲、革除積弊的氣勢。
這場清查一直持續到五月中旬，方才塵埃落定。當最終的調查結果報告呈送到朱由檢的禦案上時，他幾乎不敢相信自己的眼睛。
報告用詞恭謹，條理清晰，但核心結論卻荒謬得令人發指：經數月嚴密核查，各皇莊田畝、租銀數額此前確有微小疏漏，實際應繳納內帑之銀應為三萬九千兩。此前賬目所列四萬兩之數，竟是將一些地方衙門的日常支用、雜項開銷錯誤計入所致，現已更正。
換句話說，轟轟烈烈查了三個月，非但沒查出任何貪腐虧空，反而“證明”了之前的管理基本“準確無誤”，甚至還“貼心”地幫他“節省”了一千兩銀子的賬目錯誤！
看著這份堪稱絕世笑話的調查結果，朱由檢隻覺得一股血氣猛地直衝頭頂。他鼻子一酸一抽，眼前驟然一黑，竟一句話也說不出來，身子直挺挺地向後倒去——竟被活活氣暈了過去！
“皇爺！皇爺！”一旁的王承恩嚇得魂飛魄散，一個箭步衝上去扶住癱軟的皇帝，尖著嗓子連聲疾呼：“快傳太醫！快傳太醫啊！”他手忙腳亂地掐著朱由檢的人中，殿內頓時亂作一團。
好不容易，朱由檢才悠悠轉醒，胸口仍劇烈起伏，手指顫抖地指著地上那份奏報。王承恩趕忙撿起來，還想勸慰兩句，卻見皇帝目光再次觸及那“三萬九千兩”的數字，想到自己四萬頃土地竟隻值這點收益，而整個官僚係統竟用如此兒戲的方式敷衍自己，急怒攻心之下，竟又是一口氣沒上來，再次暈厥過去！
“陛下此乃憂勞國事過甚，心神耗損，又驟逢急怒，致氣血逆上，衝犯清竅。”太醫診脈完畢，撚須沉吟片刻，方才緩緩對圍在一旁、麵色焦急的王承恩等內侍說道，“開幾副安神清心、調和氣血的方子，仔細調養，靜臥幾日，便可無大礙了。”
聽到太醫說陛下身體並無根本大礙，幾日便能好轉，王承恩等人懸著的心總算稍稍放下，長籲了一口氣。
然而，太醫話鋒一轉，麵色極為嚴肅地叮囑道：“然，藥石之力終歸有限。最關鍵的是，這幾日陛下務必靜養，萬萬、萬萬不可再動怒，再受刺激！切記，切記！若再怒氣攻心，恐於龍體危害極深！”
剛放下的心瞬間又被這番話提到了嗓子眼，王承恩那張臉頓時垮了下來，哭喪得像剛丟了全部家當。不讓陛下動怒？在這內憂外患、處處是坑的時候？這簡直比讓他徒手去摘月亮還難！他仿佛已經預見到未來幾日自己將如何提心吊膽、如履薄冰。
可他能說什麼呢？隻得苦著臉，對著太醫連連躬身，聲音都帶上了幾分哭腔：“是，是，老奴記下了……定然萬分小心，不敢讓陛下再動肝火……”
送走太醫後，王承恩望著龍榻上臉色依舊蒼白的皇帝，又想想那堆積如山的煩心奏本和宮廷內外數不清的糟心事，隻覺得自己的小心肝一陣陣發緊，未來的日子，注定是難熬了。
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太醫剛走不久，龍榻之上的朱由檢悠悠轉醒，眼神初時還有些渙散，隨即被那難以遏製的怒火再次點燃。他根本不顧太醫“靜養忌怒”的叮囑，醒來的第一件事，便是用略帶沙啞卻異常堅決的聲音對守在一旁、心驚膽戰的王承恩道：“快！傳孫傳庭！立刻來見朕！”
王承恩聞言，魂都快嚇飛了，卻又不敢違逆，隻得一邊派人火速去傳，一邊暗自祈禱孫大人能勸住陛下。
孫傳庭匆匆趕至寢殿，隻見皇帝麵色蒼白卻目光灼灼地靠在榻上，不待他行禮，朱由檢便猛地撐起身子，指著殿外，聲音因激動而微微發顫：“伯雅！你即刻點齊你麾下軍屯兵士，去！給朕把……把戶部上下，除了尚書以外，所有經手皇莊賬目的胥吏、主事、郎中……有一個算一個，全都給朕拿了！查實之後，儘數處決！一個不留！”
這道充滿血腥味的命令，如同晴天霹靂，直接把孫傳庭嚇出了一身冷汗。皇帝是盛怒之下要大開殺戒，而且針對的是龐大的戶部官僚係統！這豈是能輕易動手的？一旦處理不當，必將引發朝野震蕩，甚至官場癱瘓！
孫傳庭慌忙跪倒在地，急聲勸諫：“陛下！陛下息怒！龍體要緊啊！此事萬萬不可如此操切！”他額頭沁出冷汗，大腦飛速運轉，試圖平息皇帝的雷霆之怒，“戶部盤根錯節，牽一發而動全身。陛下縱然要整頓，也需有真憑實據，循序漸進。如此驟下殺手，非但難以根除積弊，恐反生大變！”
見皇帝胸膛仍在劇烈起伏，顯然怒氣未平，孫傳庭把心一橫，主動請纓：“陛下若信得過臣，臣願親自帶隊，重新徹查所有皇莊田畝賬目！一畝一地、一文一錢皆重新勘核！必刨根問底，將其中蠹蟲、貪墨、欺瞞之處查個水落石出，給陛下一個清清楚楚、明明白白的交代！”