41，
隨著卡迪亞之戰落下帷幕，一場聲勢浩大的清剿行動開始進行，麵對強大對手，不同種族可以拋棄成見，隻為證明自己的存在。
可當黑色守望的畸變體大軍徹底消失，沒了共同敵人的聯軍則立刻開始了內戰。
整個戰場之中，隻有沒納投名狀的綠皮獸人成為了眾矢之的，沒有任何宣告，第二次野獸戰爭瞬間打響。
而這一次，綠皮獸人們將會麵對由人類19個軍團，夥同太空死靈與靈族鈦星人，乃至黑光蟲群的全麵夾擊。
41，
第二次野獸戰爭結束，
綠皮獸人被趕回了亞空間，火龍果之主伏爾甘與科拉克斯率領兩支軍團進行追擊。
望著徹底被打成殘骸，大半星係都沒入亞空間的卡迪亞星區，在馬卡多發來急電，得知帝皇消失無蹤後，帝國第一順位繼承人聖吉列斯宣布：
卡迪亞周邊，乃至其所屬亞空間範圍都是帝國神聖而不可分割的疆域，任何異族都不可以隨意進入。
而在同一時刻，代理帝皇聖吉列斯同帝國戰帥莊森，攝政王基裡曼在卡迪亞戰場，簽署了帝國第四份最終契約，認定鈦星人為帝國合法亞人種族，同犬人，瑞克，黑光靈族一起，享受帝國公民權利。
19支軍團各派一個連隊駐守卡迪亞星區進行戰後重建，力求恢複卡迪亞主要星門節點。
全體軍團前往朦朧星域，對帝國暗麵進行第二次異形清剿，馬卡多執掌神聖泰拉，皇宮關閉，禁軍開始在銀河各地出現搜尋帝皇。
41，
暗麵遠征徹底結束，神皇之子齊聚神聖泰拉商討帝國重建方案。
帝國攝政基裡曼，命令帝國之拳與鋼鐵勇士前往往朦朧星域，在極限戰士統籌下，對已經收複的帝國暗麵進行災後重建，並由白色疤痕暫代黑色守望履行帝國物流運輸任務。
可汗不語，鐵之主則當眾駁斥了基裡曼任命，怒噴其野心勃勃，遂率領全體鋼鐵勇士離開神聖泰拉。
同年，在犬人首領哥達、瑞克之主斯紮拉克、燃燒軍團軍團長塞班，靈族先知雅克，邪獸人大統領墨菲特陪同下，鐵之主配圖拉博擁立霍格長女歌莉婭與次女讓娜為王。
黑色守望舉行勝利大遊行，無數身穿黑甲的高大星際戰士駛入閱兵會場，領著一群怪模怪樣，含人量幾乎等於零的亞人軍團走過廣場，
如此豪華陣容，讓民風彪悍的艾麗西亞人相信，在兩位王女的帶領下，整個星區必將再度繁榮，甚至攻下神聖泰拉也指日可待呀！
據小道消息傳言，遊行會場上的黑色守望身形高大，全然不似黑光之主子嗣般矮小，真正的黑色守望已經全部陣亡了。
但很快這些謠言就瞬間消失，艾麗西亞周邊出現了多起自殺案件，一些人聲稱自己看見了身披兜帽的高大身影，也有人聲稱自己看見了什麼夜間出沒的四足野狼，這是兩位王女用來清除異己的手段。
對於這種謠言，黎曼魯斯堅決否認，狼王表示歌莉婭體內同樣流淌著他的血，也是他的女兒，我給好大兒養點寵物怎麼了？。
而莊森沒有反駁，隻是站在了王女讓娜身後，同站在歌莉婭身後的魯斯一起，親自把這兩位後輩扶上了王座。
至於佩圖拉博就比較親民了，反手就記下了所有言語不當的亂臣賊子，一手十十抽殺傾情奉獻。
有這三位“愛民如子”的半神坐鎮，艾麗西亞人是有福了！
917.&bp;M41，
神皇再臨：科莫羅使團前往神聖泰拉，並帶來了一個層層密封的巨型收容箱，希望麵見帝國皇帝聖吉列斯，簽署第五份永世契約。
當收容箱打開後，太陽星域在不到30分鐘內瞬間戒嚴，一則通訊從神聖泰拉發出，所有得到消息的原體飛速回歸。
而與此同時，四個殘破不堪的亞空間實體也從沉眠中蘇醒，回到了祂們應在的各自領地。
同年，大賢者坎蒂斯奉命從黑暗之門回歸，並和禁軍首領瓦爾多帶來的塞拉一起進入泰拉皇宮。
望著那閃爍著五色靈光的半拉帝皇，被請來的兩位科研強者沉默不語，在仔細檢查一個月後，塞拉提出了自己的治理方案。
“截肢，必須截肢，這已經不是一般傷勢了，必須下猛藥，隻有截肢才能讓帝皇削除汙染。”
“沒錯，截肢療法在我們黑色守望曆史悠久，哪裡壞了切哪裡，凡是用過的都說好，你們就放心吧！”
雖然黃皮子不做人，但他好歹是原體們的父親，當聽說必須截肢後，所有人都泛起了難，大天使更是出聲問道：
“要截多少？”
“脖子以下。”
“……”
次年，皇宮再次開放，消失14年之久的人類之主再度回歸了他忠誠的神聖泰拉，隻不過相比於13年前的人類之主，此時的帝皇脖子以下截肢，隻能在帝皇騎士中進行緩慢恢複。
為了聊表孝心，所有原體齊聚皇宮，對帝皇進行看望，一時之間，帝國民眾無不為原體孝心而感動。
而神皇也聖心大悅，在眾原體的強烈請求下，不顧身體安危，再次承擔了執掌帝國的宏偉大任。
或許是公務繁忙，帝皇一心處理政務，馬拉陛下再次現身，同神皇之子一起，在神聖泰拉舉辦了一場勝利大遊行，並親手為暗麵遠征與卡迪亞之戰中的立功者頒授勳章。