其架構可與天庭媲美，卻又更加隱秘高效。
萬古樓樓主是這個殺手組織的最高權力，身份成謎，萬古樓唯一的道祖，亦是創始人，自萬古樓立派以來從未更替，姓名與樣貌為禁忌，僅以“樓主”為稱。
傳聞其修為早已突破太清境桎梏，臻至“道祖”這一修仙界的終極境界，可定界域興衰，可逆時光流轉。
已有一紀元未現真身，唯有在組織麵臨存亡之際，才會通過“萬古鏡”降下法旨。
執掌萬古道璽，此物據說是先天至寶，可在一定範圍內改寫天道規則。
這位樓主製定萬古樓的“樓規”，掌握“絕殺令”的最終簽發權，此令一出，即便目標是太清境大能，亦會被全樓追殺。
樓主常年閉關，僅通過“十二閣主”傳遞意誌，百萬年間現身次數不超過三次。
樓主之下是十二閣主。
這些閣主都是太清境修士。
這十二位太清境大能組成的核心長老議會，分管三千界域的十二大區如東玄域、西荒域、南溟域等。
每位閣主各掌一域生殺大權，修為均在太清境中階以上，其中資曆最老者已半步道祖。
閣主的職責是審核跨域級彆的高難度任務，一般目標為太一境及以上修士，製定區域內的懸賞價格，以“玄金令”為交易貨幣。
閣主們監督下轄勢力的運轉，定期向樓主彙報。
若遇重大危機如目標聯合正道宗門反撲，可調動本域所有萬古樓資源，甚至請求其他樓主支援。
同時閣主們還掌管“樓規”的解釋權，例如對“中立地”的界定、“魂誓令”的執行細則等。
十二擱主每百年在總壇召開“萬殺會”，以樓主令牌表決重大事務，若意見分歧，則以“登仙台”決鬥定勝負。
萬古樓還有獨特的執行與監察體係，那就是執法長老與傳訊使。
萬古樓的恐怖之處，在於其規則的絕對執行力。
這一體係由太一境修士主導，以鐵腕維護樓內秩序。
執法長老，有太清境，也有太一境
每閣都設三位執法長老，直屬於該域閣主，修為均為太一境高階，擅長追蹤與禁製之術。
他們的職責是追查違反“樓規”者，例如在“萬古驛”內動手、拒絕履行“魂誓令”、泄露樓內機密等。
執行十二閣主的裁決，如廢去違規殺手的修為、抹除其在樓內的所有記錄。
鎮壓附庸勢力的叛亂，例如“千眼閣”若私藏情報，執法長老可直接屠閣。
執法長老標誌腰間懸掛“執法令”，見令如見樓主，即便是太一境級殺手亦需跪拜。
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