朱載坖將此事交給太子負責，命令太子和總理學政蔡國熙、協理學政王家屏負責處理此事，以人口總數確定生員的基準數量，同時有所損益，對於朝廷朝廷，對於一些特殊的地方，朝廷還需要的予以照顧，對於朝廷來說，東南各省畢竟文教發達，必須要予以照顧，所以以朱載坖特旨加恩的方式，給南直、浙江、江西、福建、廣東、遼東、吉林、寧夏、緬甸、交州等地增加基準數量之外的生員，不為例。
朱載坖的聖諭算是解決朝廷之上有關於此的爭論，一方麵這次對於生員數量的確定，大體上是按照人口的總數來規定的，體現了朝廷南北一視同仁的態度，另一方麵，對於南方各省的特殊情況還有新收複地區，朱載坖也以特旨的形式予以了照顧，算是權衡了各方麵的利益。
而新上任的吏部尚書宋纁則是上疏朱載坖，要求恢複南人官北，北人官南的政策，這是大明初年的一項製度，目的就在於防範地方勢力的做大，這一製度旨在打破官員在本籍任職的潛在利益關聯，避免地方保護主義和裙帶關係影響政務公正性。例如，南方官員到北方任職、北方官員到南方任職，可減少官員利用地域關係徇私舞弊的可能性，促進不同地域文化的交流與融合。
在大明初年，吏部銓選基本上都是按照這一規則來辦理的，但是隨著綱紀廢弛，南北更調製度難以實施下去，現在大明一般是一般隻用回避本省，和大明初年的情況已經是大不相同了，所以宋纁上疏，請求恢複南北更調製度。
按照太祖當年的詔令：“命吏部以北平、山西、陝西、河南、四川之人，於浙江、江西、湖廣、直隸有司用之。浙江、江西、湖廣、直隸之人於北平、山西、陝西、河南、四川有司用之。廣西、廣東、福建之人，亦於山東、山西、陝西、河南、四川有司用之。”
也就是說將大明全國分為三個大的地域，按照地域對於這些官員實施回避製度，但是隨著朝廷的綱紀日漸廢弛，同時這種回避製度在實際執行的過程中也確實是出現了各種問題，所以現在回避製度確實是執行的不好，朱載坖當即禦批宋纁的奏疏道：“國家用人，不得官於本省。蓋以親族所在，難以行法，身家相關，易於為奸。此太祖之深意，當行之！”
朱載坖將宋纁的奏疏明發朝廷予以討論，商量恢複回避製度的問題，宋纁的這一份奏疏可謂當即在朝廷之中激起了千層浪，大明的回避製度還是相對比較完善的，朝廷製定回避製度的直接目的是防範官員利用親屬及相關便利條件結黨營私和徇私枉法。其主要包括親族回避、地區回避、職務回避。
但是像大明初年那樣實施南北更調，很多官員們已經不習慣了，不少人援引嘉靖時期的吏部規定：“在外知府、知州、知縣與凡方麵有司等官升選，俱合注於原籍相近地方。廣西、雲貴有司尤宜查照弘治以前事例，隻於本省人員內升選，庶免其水土不服，且得到任便宜，不致地方曠官日久。”認為隻用回避本省即可，南北更調，太過於麻煩了。
同時一些官員還指出了在官員回避過程中出現了問題，最主要的就是官吏之間的矛盾，官與吏雖然分屬兩個係統，但是他們二者之間也存在相互利用的關係，官既能奪吏之產，定吏之罪，與此同時吏也能掌握著官的隱私，並有能力在分贓不均導致矛盾激化的情況下伺機報複。這就意味著，地方避籍主官與當地胥吏之間存在著諸多局限性關係，主官可以依托權勢欺淩手下胥吏，胥吏也可利用自己優勢操縱主官，官吏之間的矛盾和勾結，始終是朝廷地方官府的一大問題。
對於現在的大明地方官府來說，由於朱載坖即位以來，增加地方正印的權力，防止出現官弱吏強的局麵，在朝廷的支持之下，正印官的權力得以增加，同時對於吏員製度予以改革，在朝廷的種種措施之下，現在官員們權力得以增加，但是新的弊端又出現了，就是官員欺淩吏員的事情頻發。
因為現在官場之上對於這些吏員其實是看不起的，就如同現在官員說的：“人有恒言，遇吏如役，豎房固堤，猶恐或窬。”對於這些吏員，官員們是看不起的，官員往往將胥吏等當作奴仆來對待，並且要時刻加以提防，不給他們留下任何可鑽的漏洞。因此現在大明的胥吏的政治地位十分低下，“時以狗吏呼之，賤之也。”雖然可以參加吏員考選，但是官員們根本不把這些吏員當人看。
而且由於地方正印的權力極重，地方正印對他們責罰打罵是尋常事，輕則叱責辱罵，重則施加刑杖，而胥吏在挨打之後還要匍匐謝恩，裝出滿麵羞愧無地自容的樣子。為了加強對於這些吏員的管理，朝廷規定吏員犯下死罪後，地方主官可以根據法令處決後再向刑部報告，這也就在法律上規定了地方正印官對胥吏的處置權，因此不少地方官以此為借口，欺壓手下胥吏，更有甚者對於忤逆自己的書吏更是狠下毒手。
正印欺壓吏員，在大明已經不是什麼稀奇的事情了，尤其是在縣一級，因為現在知縣的地位上升，科道官采用行取的方式，使得知縣的地位驟然變得強勢，因為知縣行取科道官之後，其地位扶搖直上，很快便會超過原先的上司，成為都察院的高級言官，或者外放成為其原來上司的上司。而胥吏作為雜途出身，本來就不甚受到尊重，因此胥吏哪怕是蒙受冤屈也隻能忍受，並且不敢鳴冤，因為一旦鳴冤，還有更為嚴重的後果，有些官員們擔心，南北更調之後，這些正印官更加強勢。
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