朱載坖隨後在武英殿召見了在京的軍機大臣們，對於此事，朱載坖是極為憤怒的，他將方逢時和劉綎的奏疏給軍籍大臣們的傳閱，其實方逢時也在事情發生之後緊急調查了事情的情況，其實事情的原因並不複雜，朱應楨奉詔抵達倭國之後，就向倭王傳達了朝廷的命令，同時開始調查倭國內部的情況。
在朱應楨和他麾下的錦衣校尉們在調查之後發現，這些倭國內部反抗大明的勢力，是和倭國朝廷有很深的關係，所以朱應楨準備尋求安東都護府的幫助，而就在方逢時準備調集兵馬的時候，一夥浪人襲擊了朱應楨的住所，幸得隨行的錦衣校尉0拚死保護，才逃得一死。
現在情況已經是非常之明白了，襲擊朱應楨肯定是和倭國朝廷內部對大明不滿的人脫不了乾係，這點是很清楚明白的，現在大明必須要處理此事，朱載坖之前已經命令軍機處調發援軍，馳援安東都護府了，倭國現在是大明重要的原料來源，倭國所出產的金銀、銅料、硫磺等物對於大明來說還是極為重要的，在這種情況之下，朝廷對於倭國自然是十分重視的。
朱載坖召集軍機大臣們，主要就是商量應該怎麼處理現在的情況，襲殺朝廷欽差、大明國公和天子親兵，隨便哪一條都是彌天大罪，這點不管是朱載坖還是軍機大臣們都是很清楚的，如果大明不對這種情況嚴加打擊的話，天子的威嚴何在？大明的國威何在？
所以軍機大臣的門意見都是嚴辦此案，必須將幕後主使揪出，抄家滅族，這點朱載坖是讚成的，如果這樣性質惡劣的事情大明朝廷都無動於衷的話，那倭國恐怕就翻天了，這點朱載坖還是很清楚的，但是對於具體應該怎麼處置此事，軍機大臣們的看法是不相同的。
徐渭、俞谘皋等人的建議是大動乾戈，派遣重兵到倭國彈壓，對於倭國朝廷和所謂的公卿進行毀滅性的打擊，徐渭甚至還提出建議，乾脆借此機會將倭國加以郡縣算了，對於徐渭等人的這個想法，朱載坖不置可否，郡縣倭國，看起來是開疆拓土，但是會衝擊大明的宗藩體製，這其中的利弊是需要仔細權衡的。
而申時行等人就相對保守的多了，申時行他們對於郡縣倭國持反對意見，認為現在時機還不成熟，但是應該僅此機會儘可能的消滅倭國境內反對大明的勢力，消弭倭國的禍亂，為郡縣倭國創造條件，這點得到了朱載坖的支持，現在大明的重點不在倭國，西域和安南的戰事仍在繼續，儘管安南的禍亂已經被平定的差不多了，但是西域的戰事規模卻在擴大，在這種情況之下，朱載坖必須控製戰事規模，保證朝廷擁有足夠的機動力量，這點其實是非常之重要的。
但是朱載坖也部分支持了徐渭等人的觀點，就是必須嚴懲倭國，尤其是倭國朝廷，這點是極為重要的，朱載坖認為這次的事情大明必須做出最強烈的反應，也就是對於倭國的這些反抗勢力予以清剿，同時對於倭國朝廷的地方勢力進行整頓，加以威懾。
而領班軍機大臣俞谘皋也向朱載坖和其餘的軍機大臣介紹現在軍機處的應對方略，為了增援倭國，朝廷從京營、親軍諸衛和薊鎮、昌平鎮、真保鎮調發援兵五萬，從天津前往倭國，從遼東鎮、遼東都司、大寧鎮、大寧都司調發援軍三萬，走陸路過鴨綠江經朝鮮前往倭國增援。北洋水師的艦隊也前往倭國，加強在倭國的水師存在。
從兵力上來說這次大明所動員的兵力確實是非常之龐大的，絕對能夠說的上是強大了，接下來的事情就是應該怎麼收拾倭國人了，大明這次要嚴厲整頓倭國，將大明在倭國的權威再次強化，上一次大明打擊的是倭國境內的地方豪強勢力，而這一次，大明針對的將會是倭國的朝廷的公卿階層。
朱應楨的遇刺說明在倭國朝廷內部還是存在反對大明的力量，這點朱載坖並不感到意外，據錦衣親軍的密報，現在的倭國國王野心頗大，對於大明管理倭國的方式頗為不滿，同時還有一些地方勢力，被打散的浪人等，他們都對於大明控製倭國極為不滿，所以才會有這次的事情，朱載坖很清楚，這是對大明的嚴重挑釁，必須要嚴厲懲罰，同時還要有人為此承擔責任。
對於此事，朱載坖的看法是很簡單必須有人為此承擔責任，不僅僅是有人被官軍收拾，同時就是對於倭國和倭國朝廷的政治地位予以打擊，朱載坖下達詔令，命令安東都護府徹查本案，同時將倭國國王解送京師交三法司會審議處，降封倭國的等級，之前倭國和朝鮮、琉球、暹羅等藩國一樣，倭國國王是郡王，但是賞親王服色，但是現在看來，倭人是給臉不要臉了。
朱載坖在和禮部以及理藩總署商量之後決定，降倭國及倭王等級，革除倭王王號，對倭國予以除國處分，也就是將倭國的地位從屬官降為屬夷，這是有很大的區彆的，屬國是有獨立權力的，如朝鮮、琉球等屬國，雖然是大明的屬國，但是在自己的國土內享有獨立的行政權，在外交上服從大明，更加類似於諸侯國的性質，有在土地上獨立發展的權力，可以適應發展需要，製定相關的經濟、政治、文化、外交政策等。當然，他們也有服從命令、鎮守疆域、為大明作戰、納稅交貢、朝見大明天子五大義務。
而屬夷則沒有獨立地位了，屬夷是要接受大明派駐的官署的管理的，同時也沒有獨立的內政權力，如女真等屬夷就是最典型的例子，儘管朝廷承認屬夷酋長世襲，但是屬夷要接受督撫的管理，同時屬夷的領土也是大明的國土，這點是很重要的。
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