皇太孫畢竟也已經接受了這麼多年的儲君教育了，對於朝堂之事並不陌生，在朱載坖的一番解釋之下，他也算是明白了朱載坖對於朝廷的安排，但是他也是有些疑問的，按照朱載坖所設計的這套製度，皇帝在決策和行政過程中的作用是在降低的，在這種情況之下，怎麼保證皇帝的權柄不丟呢？這確實是一個極為重要的問題。
朱載坖看著皇太孫，老懷大慰，說道：“記得朕剛剛說過的天子最重要的是什麼嗎？”
這點皇太孫自然是很清楚，朱載坖認為，天子最重要的就是要控製官軍和錢糧，這點確實是最重要的事情，這是天子最後的手段，天子六軍和內承運庫是天子最後的保障，是皇帝掀桌子的底牌，朱載坖看著靜靜放在朱載坖案頭的成祖寶劍和金令箭，幽幽的說道：“若是真的國有奸邪，你能持此劍斬之否？”
皇太孫向著朱載坖叩頭說道：“皇爺爺，孫兒不孝，願持成祖之劍，斷佞臣之頭！”
朱載坖高興的說道：“如此便好！”
雖然官軍和內承運庫的錢糧是皇帝最後的保障，但是皇帝也不能老掀桌子啊，不到萬不得已，是不能夠這麼做的，所以除了這種壓箱底的手段之外，皇帝也需要有其他的手段在製衡內閣和部院。
朱載坖向皇太孫的仔細介紹了應該怎麼處理這些事情，第一個手段就是密疏，密疏是從世宗皇帝起就開始使用的製度，最開始隻是親近臣子，但是朱載坖將密疏製度予以擴大，不僅僅是內閣輔臣，還有信重的部院大臣，地方督撫、提督、總兵甚至是重要府州的知府等，都有密疏上陳的權力。
密疏是臣下向皇帝進言奏事的機密文書，撰寫後不經任何機構直達禦前，由皇帝親閱親批。保密性極強，也是皇帝離間群臣的重要手段，這點是非常之重要的，通過密疏大大提高了行政效率，皇帝對密疏的重視程度高，有著優先禦覽的特權，真正實現了及時的下情上達。
而同時，密疏也是皇帝控製臣子的一個重要手段，實行密疏製，等同於廣開言路，群臣可以直言進諫，使大臣們相互牽製，加強了皇權。密疏起到了使官員、尤其是同僚，相互告密的作用。比如一省之內，督撫、布政使、按察使都可以獨自上疏密奏，那麼誰還有膽量背著皇帝做不臣之事?密疏製度使得同僚變成了“特務”，誰都有打小報告的可能，自然是防不勝防，於是隻好老老實實。
當然，朱載坖也要向皇太孫說明白密疏的危害以及應對的辦法，密疏是皇帝離間群臣的一個工具，但是臣子們也通過密疏，有可能把皇帝當槍使，這點是絕對要加以防範的，對於這些科舉卷王搞事情的能力，朱載坖是很清楚的，眾多臣僚用密疏言事,所言內容彼此都不得而知,某人即使被誣陷也無處申訴,再加上皇帝與眾臣僚的關係親疏不一,有人自恃與皇帝關係較親密,借以挾持上司或他人。這種事情是極有可能存在的。
所以朱載坖認為密疏所言之事，不可不信，亦不可全信，要多方查證屬實之後再予以處理，密疏是皇帝的耳目，但是不能偏聽偏信，這點是朱載坖警告皇太孫的，密疏隻是皇帝控製朝廷和臣下的一種工具，不是搞特務政治和告密政治的工具，相反，要對於在密疏中搬弄是非的人予以嚴懲才行。
除了密疏之後，第二個武器就是科道，一直以來，科道和皇帝的關係都十分緊張，似乎科道官員和官員對著乾已經是常態了，尤其是朱載坖即位之後，其實對於科道的打擊是很重的，朱載坖對於利用科道，乾涉朝廷大政，結黨亂政，扇惑人心的言官，都予以了嚴懲，似乎朱載坖對於科道是和世宗皇帝一樣的態度，就是極為討厭。
但是實際上，朱載坖很明確的告訴皇太孫，科道是皇帝手中的利劍，之前為什麼朱載坖嚴懲科道，就是因為科道已經成為黨爭的工具，權臣的走狗，所以朱載坖對於這些人予以嚴厲打擊，但是對於科道的作用，朱載坖還是極為重視的，之前的六科已經擴充為諸科了，由翰林院官員輪流前往諸科擔任給事中。
朱載坖將科道分流，諸科回歸近侍衙門的職責之中，成為皇帝的近臣，真正做到天子耳目，而都察院則是朝廷重要的監察機關和法司之一，之前這些重臣們經常利用科道互相攻訐，這是朱載坖所知道，所以朱載坖對於可到動輒嚴懲，多次大規模的外放禦史，就是為了更換新鮮血液，保證禦史是朝廷的禦史，而不是權門走狗。
都察院作為部院之一，負責監察內閣和各部以及地方各級官府的行政，而諸科作為專門監察機關，直接受皇帝的指揮，對於專門的領域或者是事項進行監察，完全按照皇帝的旨意辦事，同時負責文書審核甚至是封駁等事項，是皇帝在近侍機構中對於內閣進行製約的部門。
經過朱載坖改革之後的諸科，無專官，無專事，奉聖諭糾劾，是皇帝的耳目，同時也是對於翰林官員們進行選拔的一種途徑。通過科道的監察，對於朝廷的各級衙門加強控製，防止出現貪墨等事項。
其三就是國務會議，這也是朱載坖想出的一個辦法，在朱載坖對於內閣製度化了之後，看似內閣從品級上權壓各部院，但是朱載坖還是為各部院流出了一條道路，就是國務會議，是由皇帝主持的對於朝廷重大事項予以討論的會議，看起來類似於之前的廷議，但是實則完全不同。
國務會議最大的特點是權威性，在國務會議上所作出的決定，是要被當即禦批明發實施的，這樣就使得內閣的決策權力收到限製，平衡內閣和部院之間的權力。
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