不僅僅如此，佛郎機的各殖民地和其本土的關係也是十分之緊張的，殖民地的貿易與財富無限增長，與佛郎機本土的貿易也以人眼看得到的速度改善，卻仍受宗主國的限製，引起殖民地土生白人的普遍不滿，使殖民地和佛郎機本土政治關係更加緊張。
說白了，也就是佛郎機王室不會玩，建議他們從大明翻譯一套資治通鑒去好好學學，這其實就是藩鎮罷了，在大明是絕對不會允許這種事情發生的，當然雖然佛郎機有各種各樣的問題，但是畢竟還是西洋強國，大明還是需要謹慎對待，朱載坖命令羅萬化先和這些佛郎機使臣拖時間，然後采取各種措施，做好相應準備。
其中最重要的自然是有關貨幣的問題了，這點是對於大明影響最大的問題，也是佛郎機認為能夠拿捏大明的問題，朱載坖召集太子、皇太孫和內閣以及相關部院的重臣們，商量相應的問題，朱載坖首先讓太子就相關的問題加以闡述，太子對於有關貨幣的問題已經研究的很透徹了。
太子說道：“今天下之民愁居懾處，不勝其束濕之慘；司計者日夜憂煩，惶惶以匱乏為慮者，豈布帛五穀不足之謂哉？謂銀兩不足耳，今我大明之銀兩，皆自海外而來，故可憂危者。向來錢鋪所發之錢票，雖有便利，然其奪朝廷之利，故不得不以重法禁之。”
太子認為，白銀不足對於大明的經濟來說確實是極為嚴重的問題，所以之前這些銀錢鋪所發行的銀錢票確實是一個可以解決這個問題的辦法，原因很簡單：“竊以人人皆有日用，既不便專使銀兩故以易換錢文，而錢文又不便攜持，故不得不受彼紙票。”
金屬貨幣最大的問題是不方便攜帶，不管是製錢還是銀元，在大宗交易的時候都是極為不方便的，這點其實是大明君臣都知道的事情，在貿易中尤其是大宗貿易中這是極為不便利的，同時長途貿易攜帶大額的金屬貨幣也是很不方便的。
現在大明的長途貿易市場的主要商品有糧食、棉花和棉布、絲和絲織品、鐵器、木材、茶葉、陶瓷、紙、糖、水果、雜貨等。其中有些屬於原始資源，有些則是手工業製成品，但不論是哪種都存在相應的產地和季節性周期。這點是極為重要的，這種季節性周期既受各地地形地貌、水文氣候等因素的影響，也與農作物的品種和栽培技術、積肥周期、畜牧周期、勞動力狀況等息息相關。
對於商人們而言，這就要求這些商人們在合適的季節奔赴相關的產地購買相應的貨物，然後進行轉運，而長途貿易往往是大宗商品交易，在各個環節都需要大量的資金支持，自然也麵臨頻繁的貨幣結算。這些商人攜帶大量的金屬貨幣到處奔走，顯然是極為不便的，所以各種票據和彙兌支付手段是很重要的，這點不光是太子很清楚，重臣們也都很清楚。
太子認為，在這些大宗貿易中，如果能夠用票據取代貨幣的話，可以極大的緩解朝廷的錢荒，因為這樣的話，商人的手中就不必隨時囤積巨額的貨幣了，太子指出了一個很關鍵的問題，就是為什麼大明的錢荒問題始終難以緩解，經濟的發展固然是其中的一個原因，但是更深層次的問題還是豪商壟斷資本的問題。
大明的這個豪商、工場主們所擁有的財富，是極為驚人的，尤其是這些商人，他們手中所握有的貨幣數量肯定是極為龐大，並非是因為朝廷所鑄造的貨幣不足，而且市麵上的貨幣不足，這完全是兩個問題，當然造成這種問題的原因也是很多樣的，首先就是在現在的情況下，朝廷嚴厲禁止各種錢票等物，導致商人必須以實物貨幣進行貿易，這樣的話，商人們必然囤積足夠的貨幣來應對貿易。
而除此之外，就是一些商人，囤積貨幣，有意製造錢荒，從而使得自己從中獲利，這點也確實是存在的，所以太子認為朝廷的重點不是還要鑄造多少貨幣，而是要讓更多貨幣流通在市場上，才能夠解決錢荒的問題，否則的話，朝廷無論鑄造多少貨幣，市麵上還是會缺少銀錢了。
對於太子的這個看法，朱載坖認為是很正確的，太子在這個方麵的表現甚至出乎了朱載坖的料想，這麼多年的政務鍛煉還是使得太子有了很大的長進，朱載坖當即說道：“朕看太子之言甚是，爾各部院要商量一個可行的辦法，先上疏太子，由太子裁斷之後再報朕知。”
朱載坖將此事交給了太子處理，自己則是要去處理和佛郎機等歐洲各國的關係了，朱載坖將利瑪竇叫來，要求他回到歐洲，作為朱載坖的特使，前往教廷，向所謂的教宗說明大明的立場，佛郎機這是明白的在威脅大明，如果教會在這個問題上不給大明一個交代或者是繼續和佛郎機沆瀣一氣的，朱載坖作為大明皇帝是絕對不會坐視的，針對教會，朱載坖一樣也要進行報複。
朱載坖很清楚，佛郎機是教會的忠實信徒，教會對於佛郎機王室是有很大的影響力的，朱載坖現在就是明著威脅教會，因為像尼德蘭等大明在西洋的盟友，要麼清教徒，要麼是新教，他們和教會的關係是很惡劣的，但是朱載坖之前在宗教問題上一向是不表態的，從未在教會和新教之間選邊站，但是這次朱載坖準備給教宗上點強度了，要是佛郎機仍舊堅持這個態度，大明就認為教宗在其中發揮了某種作用，大明不但要報複佛郎機，順帶也會報複教宗，同時支持尼德蘭等地的新教，和羅馬教廷對抗。
除此之外就是官員的調動，朱載坖任命李化龍為中南總督兼安南都護府大都護，負責統籌防備佛郎機的相關事宜，同時將南洋水師和緬甸水師前出到各藩屬國的港口中，做好相應的準備。
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