對於內閣的大權，自然是獻可替否這四個字了，所謂獻可就引申為擬票，各地奏本經通政司轉呈內閣後，閣臣需用墨筆在小幅票簽即浮票）上擬定處理意見，貼於奏疏表麵進呈禦覽。這種墨批預擬朱批定奪相結合的政務流程，構成了大明的中樞政務決策程序。
而在內閣，現在則是以分票的形式由各位輔臣分掌某一方麵的政務，所以朱載坖在禦批中指出的獻可在諸輔臣即是這個意思。
而內閣的另外一個重要權力就是替否，也就是所謂的封駁大權，原本這些權力是六科專屬的，六科掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事。凡製敕宣行，大事覆奏，小事署而頒之；有失，封還執奏。凡內外所上章疏下，分類抄出，參署付部，駁正其違誤。
行使封駁權的主體是在六科，內閣的封駁權是沒有法律保障的，所謂內閣的封駁權，實際上是通過內閣的建議權和密疏製度實現的，一來是皇帝如遇有大事大疑，可隨時召對閣臣，以麵陳的形式聽取不同的見解和意見；二是密揭式獻替，此亦內閣奏事進言的典型方式之一。內閣輔臣遇有不宜公開諫言之事，便可書密揭進呈皇帝，這其實是皇帝對內閣的一種特殊禮遇。
但是從法律地位上來說，真正有權力實施封駁權是六科，但是朱載坖認為六科行使封駁權，還是有很大的問題的，在前唐，能夠行使封駁權的也是給事中，但是前唐的給事中是門下省的高官，權力極重，當時給事中的職權為：“凡製敕有不便於時者，得封奏之；刑獄有未合於理者，得駁正之；天下冤滯無告者，得與禦史糾理之；有司選補不當者，得與侍中裁退之。”
實際上封駁大權是由門下省來執行的，給事中隻不過是門下省中實際執行封駁權力的官員，但是本朝的給事中品級太低，朱載坖認為由他們行使封駁權可能會導致封駁權的濫用，所以朱載坖在調整內閣和各近侍官署執掌的時候，重新規定了封駁權的使用。
朱載坖將封駁權分為兩部分，其中一部分仍舊保留在諸科之中，對各種上諭、製誥、詔書等，給事中們擁有形式審查權，主要是對上述文書的規範性及完整性進行審查，不涉及實質內容評判。
而實質審查權則在內閣，內閣輔臣們形式封駁權中的實質審查權力，但是在之前的改革中，朱載坖隻是將實質審查權力給了內閣，但是內閣具體怎麼行使，由誰行使，並沒有予以規定，因為封駁權是一項鮮少動用的權力，內閣行使封駁權會極大的破壞皇帝和內閣的關係，閣臣是不敢輕易使用的，而且一般情況上，皇帝作出決定之前，還是會和內閣充分商量的，內閣一般在這個階段通過麵陳和密疏等形式向皇帝闡述自己的意見。
所以封駁權看起來是沒有什麼大用的，但是這次朱載坖在禦批中明確的將替否也就是封駁的權力給了首輔申時行，也就是說首輔將負責對於皇帝的決定進行實質審查，這點是極為重要的，朱載坖將這些權力賦予首輔，第一就是加強首輔的權力，明確首輔百僚之長的權力，另外一個事情就是賦予內閣首輔對抗司禮監的責任。
在嘉靖和朱載坖的時代，司禮監是毫無存在感的，因為他們父子兩人對於太監的約束都是很強的，儘管有批紅，甚至在朱載坖有時候不方便時司禮監會負責向朱載坖讀奏疏，由朱載坖口授之後代批，但是總體上的權力都牢牢的掌握在皇帝手中，對於太監的權力控製的是很強的，但是朱載坖也必須承認，一旦皇帝出現怠政的情況，司禮監就很容易竊據政權，所以朱載坖要明確賦予內閣首輔對於上諭、批紅等的實質審查權力，使得內閣能夠能夠對於司禮監形成製約，防止出現權宦的情況。
太子將朱載坖的禦批送達文淵閣之後，申時行領命說道：“陛下聖明，臣等不勝感戴之至！”
朱載坖很顯然是看懂了申時行的意圖，一方麵同意了內閣的分票決議，另一方麵又將封駁大權授予申時行，加重首輔的權力，這點是極為重要的，在朱載坖的平衡之下，內閣就形成的新的平衡。
同時對於朝廷各部院予以調整，之前原學部尚書王世貞卒於任上，朱載坖贈太子少師兼太子少保，予諡端簡，同時以蔡國熙任學部尚書，任命原右副都禦史，巡撫山東李戴威戶部左侍郎提督度支總署，任命原左副都禦史蔡國珍為戶部左侍郎提督海關總署，任命原右僉都禦史、巡撫江西陳有年為吏部左侍郎提督流外銓選總署，將一批考績優良的官員，提拔進入朝廷各部院，一來是為朝廷更換新鮮血液，二來也是更好的平衡朝廷。
而在西北的李成梁收到朱載坖的上諭之後，當即整頓兵馬，準備突襲伊犁河穀，就此事李成梁和吳兌爆發了激烈的衝突，李成梁認為儘管現在天氣寒冷，官家糧秣不足，但是自己之率精銳輕騎，偃旗息鼓，閃擊伊犁河穀，準噶爾部新敗，士氣不振，必然大敗退卻，可以在今年就將準噶爾部逐出天山。
但是吳兌還是認為要謹慎從事，等到明年天氣轉暖，朝廷的糧秣轉運來了之後在大局進兵，戰勝的機會極大，不必承擔任何風險，所以李成梁和吳兌在此事上爆發了衝突，他們兩人分彆以密疏的形式向朱載坖奏報此事，請求朱載坖聖裁，同時吳兌還寫信給內閣，陳述此事，請求內閣在其中發揮作用。
在他們兩人的密疏抵京之後，朱載坖首先召見了軍機大臣們，詢問軍機大臣們的意見，李成梁的主張是揀選精銳輕騎萬餘，從瑪納斯直撲伊犁河穀，於寒冬戰勝準噶爾部。
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