除了主帥的人選之外，接下來就是對於衛拉特部的外交攻勢了，這次官軍對於準噶爾部的奇襲，應該還是對他們構成了很大的威脅，所以朱載坖認為，要繼續給蒙古人世家外交壓力，使得蒙古人退縮，這點是極為重要的，要通過土默特部向衛拉特部傳達明確的信息，就是生存還是毀滅，這是一個問題。如果衛拉特部不向大明臣服的話，大明是必然要對他們用兵的，這點是毋庸置疑的。
同時朱載坖還要求李成梁在條件允許的情況下加大對於準噶爾部的攻勢，以打促談，官軍打的越狠，朝廷在外交上就越主動，不必有所顧慮，對於蒙古人，首先是要將他們打服，這點是最重要的。
而除此之外，就是要保證官軍的各種軍需給養，雖然朱載坖已經在西北準備多年，但是朱載坖對於西北官軍的後勤問題仍然是十分擔心的，朱載坖要求太仆寺給兵站都司增加馬匹和各種馱運牲畜，軍器監也要調撥相應的車輛，同時從京通倉再度調撥糧秣，補充西北的糧食儲備。
而乾糧和應急口糧等物資也要大規模生產，以供應軍需，在朱載坖的支持下，大明這些年對於軍糧的研究還是很深入的，主要是在翰林醫官院和司農院的主持之下，因為這種成品軍糧，還是有很多的好處的，首先就是便於攜帶，這點對於大軍作戰還是有很大的好處的。
這種成品口糧體積小，重量輕，方便運輸，這點是朝廷大軍在征戰時所極為需要的，除此之外，就是在翰林醫官院的指導下，大明的成品軍糧，其品質還是有保障的，軍糧的配方是翰林醫官院經過多次試驗所得出的，對於朝廷來說，這些軍糧能夠滿足士卒的基本生存需求。
當然，在口感上，這個時候的軍糧就不要指望有什麼口感了，這點朱載坖是很清楚的，為了使得軍糧能夠長期保存，軍糧的水分要被壓縮的極低，同時為了防止黴變，添加食鹽和糖，所以其口味確實是不好，前線士卒也曾經反應過這個問題，但是朱載坖認為，這種軍糧本來就是為了在應急的時候食用的，所以口味並不是朝廷所關注的重點，這種口糧也主要是解決官軍在糧秣供應困難時所采取的應急辦法，在平時官軍還是主要以正常的糧秣配給作為飲食標準的。
但是由於西域的情況複雜，所以朱載坖認為必須要提前準備，凡事預則立不預則廢，有備無患總比有患無備強，這點朱載坖還是很清楚的，所以朱載坖命令按照官軍一月之需準備應急口糧，並且發運軍前，同時為了保障官軍的飲水等事情，朱載坖還命令準備大量的水壺、水囊等裝備，保證官軍在西北的飲水問題，之前已經向官軍發運了一批水壺，但是朱載坖仍然認為不足，所以繼續向西北發運這些裝備。
而在朝廷上，在太子的領導之下，針對閩粵兩省的這些豪商，也擬定了一個相應的處理辦法，太子和內閣輔臣、部院重臣以及閩粵等地的督撫們商量了之後，還是決定以整頓吏治作為主要的抓手。
經過太子和大臣們的商量，決定首先補齊廣東道和福建道的禦史，對於這些禦史們加以整肅，同時增加兩省的巡按禦史數量，加強朝廷對於地方的監察，首先將這些貪官汙吏予以罷黜法辦，然後吏部要慎擇良吏，前往閩粵等地，使得閩粵等地的百姓感受到朝廷的關懷。
這就是涉及到吏部文選司了，對於新上任的文選司郎中方從哲來說，現在壓力是很大，整個文選司剛剛被朱載坖團滅，從官員到吏員都是新調任來的，彼此之間並不熟悉，這點對於文選司這樣的衙門來說，是極為要命的。
署部事的左侍郎楊俊民當然知道這種情況，為此他專門將方從哲找來，詢問相關的情況，楊俊民問道：“方銓郎上任，可還順手？”
方從哲對楊俊民說道：“部堂，眼下文選司還是需要時間整頓。”
這點楊俊民當然是知道的，文選司現在剛剛大清洗了，所有的官吏都是從其他衙門調來的，這點楊俊民自然是知曉的，但是朝廷的銓選，這是何等重要的事情，須臾不能停的，所以儘管知道這些難處，楊俊民還是要催促方從哲儘快將銓選恢複正常。
對於這點，方從哲是很清楚的，他詳細擬定了一個對於文選司的改革方案，簡單來說就是分科辦公，在文選司下設各科，將文選司的事務予以分解，使得朝廷的銓選流程更加清晰，方從哲認為在文選司下應設：求賢科：承辦雙月官員注冊，進士、舉人截取，揀選舉人，並恩、拔、副、歲、優貢生就職、就教，考取禦史、謄錄，各省道府以下各官注冊、驗看、分發、引見等事項。
開設科：承辦單月應補官員注冊、驗看、分發、引見。並各省題補、升調、實授、試俸、添設裁汰官缺。各省督撫奏請兼銜，並管各省候補，官員注冊，銷冊，知照官員過班。並選拔人員分赴各省委用，服滿應補人員選補各缺。
升調科：承辦各項議敘，各官添鑄更換印信，各官恩詔加級，頒發奏獎捐生執照。
冊庫：存儲京外各員履曆官冊，承辦大學士以下京堂開列請簡各衙門題補各缺，京外各官升轉諸事之入冊、銷冊。
題稿房：承辦大學士以下翰詹等官升補，查核考試內閣辦事官吏、禦史。
將朝廷各種官員分門彆類予以管理，同時下設勘磨科，專門負責官員檔案的審核，同時對於各種官缺的條件，必須要清楚明白的予以公示，作為朝廷選官的規則，這點確實是極為重要的，以往的文選司選官，往往都是文選司內部操作，選官的原則、標準等一向不對外公布，這就使得存在各種的操作空間了，這點是朝廷最為詬病的事情。
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