回到過往的時間，似乎並不令超界神滿意，那個時空還在為生存而戰鬥，人類的對手依舊是支配者。
超界神——上帝在宇宙空間觀望著這些人類。
人類沉睡的太空軍在末日中甦醒，一批批戰士奔向未來。迎接準備已久的千年之戰。
上千萬士兵如同甦醒的文明，彷彿秦始皇帶領下龐大軍隊一般，氣勢磅礴，陣容震撼威武。他們整裝待發，視死如歸，各個猶如天空中的蛟龍。他們乘坐最先進的太空軍艦，一批又一批撲向戰場。天空佈滿整齊有陣列的方隊一一出發了，它們隸屬於倆個龐大的軍事實力雄厚的軍團，也有特殊軍種。前排太陽系艦隊——太陽系帝國，後排地球艦隊——人類之光。
在火星天文臺前，經歷幾個世紀的潘教授潛伏了幾個世紀的驚人計劃在這一刻開始做足了準備，他正在一次太空輻射觀測中，他發現外星系空間出現一百七十道微弱的光正向著太陽系趕來。潘教授感到一絲震驚，姜寧把資料和訊號調製最大，才發現那些真的是一艏艏外太空飛船在宇宙中航行，這些飛船飛行的速度大都是以光速的百分之八十前進，而他們的方向便是太陽系！在瞭解情況的潘姜二人，翻閱大量資料，潘教授看著恐怖排列規則陣列流星體驚歎道：“沒錯！它們就是尼比魯斯人！準備戰鬥。”他們謀劃了幾個世紀等待的就是決戰的這一刻，二人沒料到尼比魯斯人已經透過空間裂縫到達了太陽系附近，它們顯然已經掃除了障礙，正向太陽系加速前進。在隨後的幾秒時間裡，他們立刻於星際聯邦太空部隊聯絡，同時部署整個戰局的工作，終極AI“超體”也開始了真實的預測，真正的作戰開始了，一切有準備的軍事力量都是可靠的，這些他們都提起做了準備，計劃沒有錯，只是太空戰爭顯然是複製多變的。
人類的太空軍部隊一批一批的飛出地球，各大太空港的戰略飛船也開始奔往前線，飛往在木衛二攔截前來的外星太空飛船。整整齊齊的做戰爭補給工作，戰爭的行動開始了，AI也同時開始了它的作戰運算，大批作戰部隊都在緊張認真的忙碌著，不敢一絲的怠慢和猶豫。
與此同時，優先到達太陽系的便是尼比魯斯人的艦隊探測器，已經越過柯伊伯帶，它秘密在緩慢的遊走，像一條等待獵物的眼鏡蛇。這種極不顯眼的一條訊息引起了雷政委的注意，報告顯示在外太空柯伊伯帶發現這塊有規則異樣的“石頭”，但是這種規則展現出很普通的立方體，但又像人工加工過的一樣，於是潘教授派往少數智慧機器人前去捕獲，以保持整體軍事實力，防止所謂聲東擊西。
透過太空機器人的捕捉，很快便找到了這塊規則立方體的石頭。
這種有規則的立方體，它像一塊不起眼的石頭，與其說是石頭，更像一個太空丟掉的垃圾，極為普通甚至不起眼。
研究人員無趣的將它帶入到太空艙進行研究，在用水分子切割切去破損外殼後，一塊簡陋的黑色金字塔探測器顯現了出來，它和人類的探測器並不一樣，更像是遠古文明的一個藝術品，它的大小如同一間房間，但紋路卻是詭異般的複雜，研究人員認為它是古文明的一個垃圾品製品而已，透過掃描器顯示，而裡面的結構也只是普通的岩石結構，像只是第一次進入太陽系的宇宙隕石，潘教授對他們說這是外星探測器，一定要認真觀察它，一旁的工作人員對這種簡陋的“工藝品”金子塔般的東西並未引起研究人員的興趣，認為就是低等文明的一個殘次品，如今太陽系艦隊已經發現許多了。而工藝和功能也只是人類歷史的中世紀階段，研究人員還發現，這種東西幾乎遍佈整個宇宙，外太空的垃圾探測器幾乎無處不在，大都毫無價值可言，而人類依靠這種垃圾也都未能收穫，也見怪不怪了，但能證明這些飛型物的外星文明都已經死去，留下的都只是一個垃圾。但科學家們覺得這種相對其他低價文明探測器，應該是比較高階的了。有的人認為對人類毫無威脅，只有收藏價值，有的則認為它是埋藏太空的史前**……然而野獸的獠牙確是在做著狡猾的偽裝。
正當直播討論的紛紛揚揚的時候，黑色金字塔（尼比魯斯人的探測器）周圍的空間發生畸變，它開始靜悄悄地震動，而那廢舊的外表即刻變得黑亮光滑，像一把鋒利的尖刀，那油光四射的黝黑表面像塊一個隱形殺手，顯然它已經在給人以顯示它是高度文明的武器裝備。周圍人開始走向它，靠近圍觀這個大傢伙，極度發達的外宇宙科技，研究人員看著這東西外形沉迷了好久，地球所有的科技水平跟這種東西相比，簡直小巫見大巫，在未了解清楚其原理的時刻，它周圍的空間已經開始了形變，形成強烈的空間震動波，而周圍彎曲的空間是呈現黑**域，無法再次看清它整個形體的形狀，內艙的飛船也隨之跟著發生嚴重的變形，飛船的機體遭到嚴重損壞，隨後裡面的研究人員各個都開始吐血，頭痛…這顆探測器顯然是在發出一種神秘的震動波，讓靠近它的人失去行動和判斷，在空間發生彎曲後這神秘物體開始急速旋轉，在倆種不明的技術導致船體嚴重損壞，裡面的研究人員也全部遇難，他們的身體由內向外發生炸裂。這時，探測器開始以難以想象的速度進行衝擊，在未加速的情況下，直接以超光速進行打擊，大肆攻擊人類的重要設施，許許多多的雷達似乎都捕捉不到它的身影，它與宇宙空間的黑暗完全融合，這種偽裝的能力使技術人員一時頭疼不已，所以的先進技術雷達完全看不到這種東西，探測到的只是一排排飛船被輪番炸飛，人類所建設的防禦圈完全起不到作用，那些堅如磐石的管道被一一戳穿，大量氧氣外洩，與燃燒的太空站發生劇烈的大爆炸，而且是接二連三發生聚變，最後形成量變，整個太空站發生了大火！
這只是在一剎那的時間，顯然它已經學會了偽裝攻擊太空的重要戰略設施，顯然這種技術不是這個宇宙中所存在的物質，因為地球文明已經將它的材料發展到極致，但外太空顯然不是相同的物質……那被摧毀的設施，及耀眼的白光充斥整個天空，太空軍看到前所未有的威脅力，感到震驚。這種探測器顯然是一種極具殺傷力的武器。戰爭就在人們還沒反應過來就已經開始了。
發現情況不對勁的戰士們並不畏懼，在約翰的指揮下，各大空間站港口的武裝軍事設施從地底對準了這種探測器，在彙集了宇宙許多暗物質能量，湮滅武器跟蹤了那幽靈一般的探測器，太空艦隊透過空間震動的引力波，發現這隱形的怪獸，人類研究的秘密武器反物質**對著了那四處衝撞的幽靈金字塔，艦隊在悄悄彙集大量能量後，一粟黑色鐳射擊穿了冥王星，冥王星的一處被瞬間擊成碎片，接著更多缺口被撕開，噴射出熾熱的岩漿，短短不到十分鐘冥王星徹底消失了，而冥王星後的那一小塊探測器，在擊中探測器的同時劇烈的大爆炸出現了，爆炸後的空間被完全吸進了小型黑洞中，人們沒有想到小小的探測器竟然爆發如此大的威力，周圍的一千多敵方艏戰艦都被波及，產生的衝擊波及空間擾動，讓整個太空站全部震碎，所有的飛行器全部吸進了黑色能量塊中……
在地球太空層的人們望了天空凝視許久，安靜了，一分鐘過去了，又一分鐘過去了，人們呆呆地望著巨大顯示器看了許久，當許多人以為戰爭勝利了，各個都歡呼雀躍，載歌載舞。然而意想不到的是，士兵們卻看到令人瞠目結舌的場景，被擊潰的探測器卻重新組合在了一起，時間也被重置，就連被摧毀的冥王星也再次浮現出原來的模樣，時間被倒流了！，探測器又“復活”了！而罪魁禍首明顯就是這些超體們，難道它們被支配了？這些超級人類是人類中最後的希望，但沒想到他們背叛了人類。
而末日審判者在隱蔽空間看了看，在查詢資料後，原來支配者也已經掌握了時間逆轉技術，它們比過往的那些尼比魯斯人更加強大，而戰爭的勝利也在反反覆覆無數次被修改，時間已經被“支配者”掌控操控。他們還是在時空的角落重新復活潘多拉星。努力復原過去的那個屬於他們支配者的宇宙。
觀察到這一切的姜寧立刻就知道其中的緣故，因為他自從中了外星病毒（並不是病毒，只是類似病毒形狀的意識體）後，那些外宇宙的空間技術，他也常常偷聽，他能夠感知這些外星病毒正在與異化者進行傳遞資訊，潛藏在星際部隊人中的埃博病毒悄然甦醒，他們隱藏的很深，同樣是超體的姜寧，在擁有強大的感知能力後，用超感知能力感受到，一陣陣電波正在向部分超體進行操縱，顯然這些超體也是可以控制時間的，有些超體甚至能控制物體的移動軌跡，支配者們正是在利用這些超體人類能力控制未來的走向，他們正在與尼比魯斯人在幻境中控制整個戰局，這種幻境很難被發現，只有第九感知才能感知它們的存在。
而擁有無數超體能力的姜寧此刻也明白了他隱藏的目的和任務，他乘太空艇飛往地下神秘基地，尋找被支配者控制的超級人類，殺掉這些異能者。這些超體被感染後，成立了反叛軍，他們外表與人類無異，但潛伏在人類社會成為最主要的威脅之一，就連秘書長也是感染者之一，他被異化後，吸食史蒂夫超體女兒的血液，成為變異的究極體形態，屠殺破壞宇宙的時空軌跡，其他各個宇宙到處殺害自己的對手，造成時空混亂。他開始了去往平行宇宙屠殺這些反叛者。
為了殺掉這些反叛軍究極體人類，姜寧用無數自己去往不同時空，斬殺不同時空中的藏匿的超體，他的目標明確，就是修復時空中的漏洞，殺掉這些異化超體。
……
在人類的艦隊用人海戰術不斷擊潰這些外星飛船後，時間也在不斷流失，導致時空錯亂，但流失的時間也被一點點修復，最後完全修改正確。姜寧回到他本體中的宇宙得意的大笑，發現超體們已經控制不了整個時間線的正常軌跡局面，導致他們已經失去了時空控制的能力。於是姜寧透過時空錯位進入到異界超體內部，發現了正在控制時空的超體們。於是時空戰爭也在開始虐殺。
另一邊，主宇宙線的時空中，在尼比魯人的幫助下，一些潛在被感染的敵人甦醒被控制，飛船開始叛亂對自己的飛船進行開火射擊，大批航艦在不知情的情況下被**攻擊，大批艦隊被毀。第一批太空艦隊滅亡之後，人類特殊軍種開始對叛軍進行追擊，於是大批人工智慧機器人對叛軍進行自殺式襲擊，人類的叛軍也傷亡過半，顯然已經開始挽回整個戰爭的局面，叛軍還是向著探測器飛去，迎接他們的“主”獲得更加強大的力量，連這些變異的究極體人類也同時迴歸到主宇宙的時空，參與這次最後的末日戰爭。
異變的究極體人類乘坐著太空飛艇，迎接尼比魯斯人的探測器，它們華麗的黑色身軀，流線型的外形套，黑色螞蟻般的頭盔，是太空軍最為科幻級別的武器配置，普通的攻擊是很難對它們有任何傷害。
當這些異化超體越過柯伊伯帶，叛軍部隊第一次見到了尼比魯斯人造的探測器，這也是他們首次接接觸外宇宙文明的探測器，一座黑色金字塔狀，周圍的空間被探測器扭曲成混亂的景象，這小小的探測器，它卻有著宇宙中最先進的技術力量的結合，所以宇宙的科技力量的結晶，這小小的“黑色金字塔”超大質量竟讓空間的扭曲變為多邊形，像一個物體放在扭曲的水裡，形狀無規則，讓外界的人永遠無法摸清它真實的樣子，幽靈來形容它是最恰當不過了，但它的技術卻是整個宇宙的集合，周圍的光也因為它自身強大的質量而被扭曲成彎曲的，像是無形的黑洞，在這個二號宇宙裡顯得格格不入，在超大質量的探測器面前，叛軍的飛船像一張一桶就破的薄紙，這種至高無上的力量，讓叛軍們顫抖，叛軍們都在熱烈呼喚著他們心中的主，歡呼著他們心中的神。
探測器降落到一塊巨大的隕石上，這顆巨大的隕石是被雜裂的冥王星殘骸，他們彙集在一起進行儀式，許許多多的究極體人類都是超能力的異能者，他們都想看清楚“主”究竟是什麼樣子。
當超體人類見到如同神一般的文明從太空降臨到地面時，歌頌著“神”的禱告，這顆金字塔狀的探測器在靜靜觀察著他們，許多叛軍的飛船也向探測器的降臨表達了善意的訊號，它們在天空盤旋，組成惡魔的符合，以表示對他們崇高的敬意和忠心，他們的首領秘書長站在飛船的降落臺上，衣著黑色燕尾服，但依舊保持著人類的身體，但頭已經完全成為了惡魔，它默默與這個幽靈魔鬼鞠了鞠躬，期待著“主”的安排，也想獲得更多可怕的力量。
然而這些外星艦隊對他們的行為卻不屑一顧，金字塔裡周圍空間開始變幻著周圍的空間出現一串串植物，許許多多的異化人都進入到這個精神世界，這些植物白色透明，像一支蝸牛的眼睛撫摸著這個首領臉，首領得意著發出怪異的嘶叫，正在傳達“主”給他帶來的一切力量，他在幻境中表示願意與主融為一體，在一番示意後，觸角消失，幻境也消失了。他們並不理解“主”含義，但它們感知到一種可怕的力量正在吸取它們的超能力，之後迎接他們的將是比死亡還要可怕的深淵和絕望，他們的忠誠換來的卻是滅頂之災，首領站在甲板上，已經凝固成了白色液態般的“蠟像”，之後叛軍的飛船被莫名的計算機病毒控制，所有飛船的程式出現亂碼，大批飛船莫名其妙地停機熄火，彷彿讓他們禁止靠近幽靈探測器。此時叛軍們才清楚，這個魔鬼一般的探測器是來吃掉他們的，它們紛紛逃竄，醒悟的同時但以為時已晚。
探測器瘋狂旋轉，周圍空間完全扭曲，它卻以每秒三十多萬公里以超越光速馳向叛軍飛船反物質發動機，這些其他的叛軍大部分還不清楚是怎麼回事，眼巴巴的看著它疾馳而來，直接讓叛軍首領們究極體形態給撕了個粉碎，他們所敬仰的“主”並不把他們放在眼裡，他們呆呆忘了許久才晃過神來，他們看著首領被直接乾死卻又無動於衷，卻又不知所措，它們無處可逃，等待的只要死亡，此時的逃竄已經是多餘的了，很快金字塔再一次衝向太空港口，這些太空中的一百多艏敵軍戰艦輪番被擊穿，之後產生的巨大熱核爆炸從第一排戰艦開始蔓延，飛船船體被撕了一個大口子，在短短不到二十秒的時間，太空到處都爆發著熾熱的核爆炸，那是反叛軍的軍艦，大爆炸所形成的鋼鐵暴雨在宇宙飛淺，太空倉被壓扁的人體奔放出一朵血漿花蕾，形成一顆顆鮮血紅寶石，探測器每次攻擊都精確鎖定飛船的反物質燃料倉，一艏艏飛船接二連三被摧毀，連地球聯邦國際艦隊的兩千多艏太空軍艦也都被波及，有些飛船的殘骸撞擊到另一艏戰艦，太空軍被亂作一團，天空佈滿了火焰的爆炸，而那些反叛者還在幻想著唉吼道：“主啊～你為什麼拋棄我們！！”
“主”的目的只有一個消滅整個人類，連異變的超體對“主”來說都是一絲威脅，所以毀滅你與你無關！尼比魯斯人此時已經開始對這些反叛者肆意的屠殺，絲毫不考慮另一種物種人類想的什麼，災難性的一幕上演了，太空反叛者在不到一分鐘內全部被殲滅，他們的飛船如同燃燒的蠟燭瞬間融化，戰場的規則完全被改寫，毀滅它們的只是羅伊文明的一顆探測器，天空閃爍著爆炸所形成的熱浪，那裡的溫度高達倆千萬攝氏度，任何物體到了那裡都會被熱浪的翻滾所氣化。在滾滾熱浪中，那些人體完全被燒焦，飛船被撞碎。天空到處都是殘缺的太空戰艦。沒有什麼比這場戰爭更令人絕望，完全不是一個等級文明的技術壓制。
而超體們也同樣控制在時空走向，突然之間，終極AI過濾掉時空的出現的錯誤恢復到原有的時空，一顆探測器爆炸了，而姜寧也從空間漏洞拿著一“超體”頭顱向天空炫耀，控制時空的超體被另一個超體人類幹掉了，那個人頭就是時間控制者，姜寧把他殺了，站在月球空間站上，顯然在黑色金字塔明白其意，時間不會再被重置了，於是這個外宇宙武器大肆屠殺的，並注意姜寧的一舉一動，黑色金字塔看到被利用主要超體死了，發狂地對大批艦隊進行瘋狂式摧毀，以證明他的威脅微不足道，黑色金字塔直奔姜寧。
各大星球被一顆小小型探測器撞破，太空到處都是殘骸和星球碎塊。太陽系艦隊完全覆沒。只剩下地球艦隊主力軍——人類之光。
約翰布萊恩看到這一幕，內心極其沉重，他面對能力永遠無法探知的外星種族，雖說它們將所有的人類叛軍一一剿滅，但約翰的心裡依舊是痛的，因為他知道這些人雖然是傀儡，但畢竟還是被病毒控制的人，在面對如此複雜多變的戰爭，年邁的約翰決定親自上陣，帶領著四十多萬的地球艦隊軍再次出發，浩浩蕩蕩的人類之光向著奧爾特星雲迎擊。引誘探測器轉移注意力，也是保證超體姜寧能夠活著。
在第一批艦隊到達太陽系邊界之後，艦隊的飛船排列成巨大的C字型，包圍整個外星艦隊，因為勝利不再會被時間修改，艦隊的目標是將敵人在包圍圈內剿滅，之後留出空間將其餘的飛船逃跑，然後利用其它智慧機器人用自殺式爆炸襲擊這些飛船，利用這些無人機輕便引到這些鋼鐵巨獸相撞，讓它們自行滅亡，這樣用最小的代價將其剿滅。
在地球國際飛船行駛在外太空的空間後，大批無人機部隊也相序趕來，然而在對計劃進行一半的時間後，尼比魯斯人用超級奈米機器人已經悄悄侵入人類軍艦的指揮系統，這些精密的系統和熱訊號傳導裝置直接被燒燬，燃燒之後，接觸飛船裡的氧氣開始產生大爆炸。爆炸先是從一個太空艙傳來，之後又燒燬了核聚變燃料室，很快裡面的人被大火活活燒死，而其他星艦部隊還不知發生了什麼就瞬間被爆炸所產生的能量炸死，第一支全部陣亡，緊隨其後第二支第三支……
約翰看到這一幕更加很意外且氣憤，於是取消A計劃執行B計劃，約翰布萊恩全力對外星的軍艦進行攻擊，這時候探測器已經被引誘到木星附近，木衛二附近的飛船開始進行反擊，那些能摧毀一顆星球的伽馬射線炮對準“探測器”反覆攻擊，然而反覆嘗試擊中後並對它沒有絲毫損傷，而那些**武器彷彿擊中後完全稀釋掉一般，反物質武器顯然已經被太空艦隊給用費了，而地球艦隊一批又一批的戰艦與這些外星艦隊相序碰撞，以自殺式襲擊撞擊著這些外星艦隊，大批飛船還是難逃摧毀的命運，顯然這些計劃完全不頂用，這也在計劃之外的結果，在萬分緊急的時刻，年邁的約翰已經顧不得自身的安全了，他關閉了與“終極AI”的聯絡，因為他是人類最後一道防線，不想讓尼比魯斯人發現最後的王牌，看著眼前的軍艦一艘艘被摧毀，約翰陷入了沉思和苦痛，這是他的錯誤，而這個錯誤的責任由他自己負責，在幾番流淚之後，此時約翰下達命令指揮讓大批軍艦前往木星，這是最短的距離，一批飛船調離到木星之後，大批飛船已經燃盡最後的燃料，有些飛船尾部還燃著烈烈火光。但探測器已經向他們趕來，約翰臉上微微一笑。