歷史中多認為，忍術思想的根源來自中國殷周之際的姜太公呂望。是他首先提出了忍術概念，並寫在了傳世名著《六韜》之中。後來，孫武、張良、韓信等相繼對忍術理論進行了完善。特別是孫武的《孫子兵法》倍受忍者階級推崇此時忍術也基本形成了由權謀、形成、陰陽、技巧等幾部分構成的雛形。隨著忍術傳到日本，忍者也就在日本出現並發展起來。
日本人則認為忍術的理論基礎是由中國傳來日]本的孫子兵法演化而來的，之後再加上修練道和山中的伏擊戰技巧發展而成的，就是所謂的“風、林、火、山”四字真言。在平安時代時武士階級興起之後大力吸取了山伏擊戰的兵法加以發展。到了源平時代，源義經成功的使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊面戰法的理論。在南北朝時代，楠木正成發展出防禦面的兵法，到此為止，忍術跟武術才分開成不同的系統正式獨立出來。
歷史上大名鼎鼎的服部半藏正成就是中國人，他姓秦，秦氏家族是公元三世紀末四世紀初時從中國吳國日本和服的傳統稱呼是“吳服”，正是取自秦氏家族出身的吳國）渡海定居日本的，之後就改了個日本姓服部。服部半藏投效德川家康，後來移居江戶。傳說中這位忍者最終悟出了忍的真諦，這是多少代忍者所不曾有過的，至今日本人提起他來還是交口稱讚“鬼半藏”的傳奇。
在早些時候，忍者本就是用於軍隊化戰爭的，到了後來，經歷了德川幕府和平時代後，忍者便經常被大人物供養，用於他們的驅使，完成一些刺殺任務。因為忍著最突出的便是行動如風，神出鬼沒，正是刺客的不二人選。
忍者的標準服裝是一身深色的夜行服，上身有時還穿一個緊身背心，背心上有許多大大小小的口袋，用來裝藥刀傷藥、消炎止痛藥以及毒藥等）、小刀、繩子、鏈子、“手裡劍”還有乾糧等。
忍者通常在新月或陰天夜晚潛入敵方城樓與宅邸，如果總是全身黑色裝束，輪廓反而會更顯突出，因此，經常的基本裝束顏色是深藍。碰到月明星稀的夜晚，便換成灰色或是茶色裝束。有時候外面是灰色，裡面是茶色，萬一遭遇敵方追擊，可以在途中將裝束反穿過來，利用顏色錯覺逃脫險境。另外，深藍色可以防治毒蛇、蚊子等蟲子侵襲，這是用含有鐵分的天然染料染成的布料。至於內褲，當然是日本傳統的兜襠布一條細長白布）。只是，忍者的束法同一般人不同，長度也比較長。他們將兜襠布從脖子纏到胯下，最後綁在腰際。如此，可以隨時從脖子後抽出兜襠布，當做繃帶或繩子應急。上衣裡頭有許多口袋，放一些不能淋溼的火丶藥、縫衣針、救急藥包括安眠藥、毒藥）等；腰帶裡頭則放一些日用雜物。手套與綁腿，通常藏著一些暗器。
忍服的裝束都是以不顯眼的方式存在的：例如把頭巾當作腰帶纏繞在腰間，並且把忍服作為不會引起人們懷疑的耕田農服穿著罷了。然而，一但接受到隱密的任務，就可以很快速和輕易的將自己偽裝起來，這時腰帶解下後就變成了蒙面的頭巾，衣服內的口袋可以迅速攜帶出發所需的糧食，暗器，藥物。
從此可以看來，忍者們平常的生活也處處充滿了執行任務的準備。這點在武器和服裝上都得到了體現。
在古代，為了矇混國境關卡守關人員的審問，忍者在旅途中，有時是農夫打扮。因此，忍者暗器，有些是改造自農具、日常必需用品、園丁道具等。這些武器，大多是自己發明鑄造，只有自己深知其用法，因而在旁人眼裡看來，跟一般日用品沒什麼分別。這也是很多忍者武器失傳的主要原因之一。
忍著在日本歷史上最輝煌的時刻當屬戰國時代了。
忍術在日本戰國時代盛行一時是因為其極強的實用性。忍術是古代日本忍者所掌握的整套完善的間諜情報技術體系，包括有：追蹤、偵察、諜報、保鏢、暗殺等多方面的內容。忍者技藝超人，擅長使用劍、鉤等各種兵器與飛鏢等暗器；他們能飛簷走壁，在沙地上飛跑不發出一點聲響；在水中屏息可長達五分鐘，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他們善於在水面和水底搏鬥，甚至能潛到船底，偷聽船上人的對話……這種種的超人技能是透過非人的磨練才能習得的。
忍術和其他武術流派強調體質訓練不同，它尤其強調精神上的修煉，並將其整個的訓練體系，建立在超乎想象的精神修煉基礎上。因為忍者所執行的大多是一去不回的高風險性任務，獨自一人在敵人的巢穴中完成任務要克服對死亡、孤獨、黑暗乃至於飢餓、寒冷、傷病等諸多困難，所以擁有強大的精神力量，是忍術之所以無堅不摧的真正原因。
作為一名忍者家族的後代，一經降生就必須接受殘酷的命運現實——或者成為忍者，或者死。忍者從很小的時候起，就被灌輸以對主人絕對忠誠的思想：除了自己的主人，任何人命令都不會聽哪怕是日本天皇也不行。透過從小開始這種精神洗腦而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂熱，更加無所畏懼。不過忍者也不是像邪教徒一樣的殭屍般的戰士，它有著一套切實可行的強大精神力量的訓練方法。這種技術才是忍術的秘中之秘，它就是東密的修行。東密和中國的藏密，印度的雜密一樣，是佛教中密宗的一個支派，而且東密對於人體念力的開發，向來有著自己獨特的傳承，在密教界一直以顯著快捷著稱，忍者透過透過東密秘法的修習，錘鍊自己的意志，精神變得無比純粹和堅韌，體內的潛能將得到最大限度的開發。可以完全除去心靈的迷惑和恐懼，全神貫注的投入戰鬥。此外密宗認為人的身體有許多奧秘和潛能，只要透過密宗法門的不懈努力就能使修行者發揮全部潛力，讓身體與宇宙溝通達到天人和一的境界，這和忍者追求的極限體術不謀而合。密宗視大日如來為萬物之主，極力推崇傳承、真言和密咒。
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忍者家族的小孩不論男女，都必須繼承祖先的職業傳統，一般從五歲開始就接受訓練。訓練的種類有五種，即平衡、靈敏、力量、持久及特殊技巧。平衡訓練從走竹竿開始，當能夠在滾圓的竹竿上行走而不滑下，就將竹竿逐漸升高，最終要升到三四十尺高，達到奔跑跳躍如履平地的境界，這樣就能在樹上、屋頂及牆頭上下攀援，行走如飛。靈敏的訓練也是如此跳過插著刀片的繩子，在佈滿利刃、槍尖的狹道中拐彎抹角急速穿行。持久及力量的訓練最為艱苦，如雙手掛在樹上，支援全身，下面放滿暗器，不容你鬆手跳下，以恐懼來激發體內的潛能作長久的支援。長跑更是忍者的基本功，要求連續跑上五十公里路而不停下來休息，日行百里是家常便飯。至於特殊技巧訓練就更令人吃驚。除了上述說過的，還有徒手搏鬥，投毒解毒等。化裝術更是忍者的特長，他們能製造人皮假臉，改換性別。讓一個忍者在人群中穿行，由幾個人在一旁辨認，結果各人所見都不相同，高矮胖瘦，不一而足，真可謂“千面人”。
忍術對於身體訓練的強度也是非常殘忍的。忍術所包括的內容，每一項忍者都必須精通。並且每項訓練，都全是死亡淘汰賽，無法承受的人是不允許生存的。除了常規訓練外，忍術還包括多種“怪力訓練”，忍者透過它進一步磨練意志，忍耐力，生存能力等等。這種怪力訓練諸如連續數天不食不動，殺死自己的同伴，以及與猛獸搏鬥等，是令人難以想象的。
透過這些死亡率極高毫無人性的修行，忍者從精神到肉體都實現了超人的飛越。獲得了超越常人的毅力、耐力、戰鬥力。透過忍術的訓練而倖存的忍者，個個都是一部絕對可靠的全功率戰鬥機器。
因此，可以說每一名能活著出師的忍者都是心志極其堅定的殺手，他們冷血，富有效率，在日本任何時期都是極其珍貴的戰力存在。
除此之外，忍者還需要熟悉當時的傳統娛樂藝術。通常他熟練掌握幾門藝術。繪畫、茶道、插花、演奏樂器、講笑話、講故事、表演日本舞是忍者王國中幾種流行藝術。除了發展自己，對藝術的知識和欣賞力是他們豐滿間諜性格特徵的需要。
因為在忍者生命每一個有活動的日子裡，他都面對生疏和嶄新的環境和情況，所以他的學識面不得不足夠寬廣以應付出現的任何情況。
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