戰至第二日黃昏，突然暴雨如注，狂風驟起。翌日破曉時分，暴風驟雨仍然不止。

連續守城的民眾遍體淋溼，加之城內飲食已絕，人人身疲力竭,卻仍毫不畏懼，冒雨抵抗。

李成棟所部雖說漸漸佔了上風，但其弟弟李成林及近半數的老弟兄先後戰死，李成棟跟輸紅了眼的賭徒一般，親自上陣，督令將士們狂攻不已。

又攻了半日有餘，用木料和充土布袋堵塞的城牆，終於被炸塌了一隅，守城民眾堵塞不及，李成棟所部乘機登城，蜂擁而入，依李成棟之命實施屠城。

侯峒曾拒絕了士卒護衛出城的要求，赴水而死，其長子玄演、次子玄潔身中數十刀，亦隨之赴死；黃淳耀、黃淵耀兄弟自裁於城西僧舍。

諸生張錫眉解帶縊於南門城樓上；教師龔用圓赴水死，二子從之；諸生馬元調、唐昌全、夏雲蛟、婁復聞等，或自裁，或與清軍巷戰力戰而死。

城內百姓或懸樑，或投井投河，或血面，或斷肢，或被砍未死手足猶動，計有三萬多人受害。

屠城三日方畢，李成棟又縱兵搶掠，搶掠來的金銀、女人、牲畜裝了足足有三百300艘民船。

數日後，江東義士朱瑛率五十餘人返回嘉定，攻擊留在城裡的清兵和李成棟所任命的官員，城中百姓群起響應達兩千餘人。

因為猝不及防，不少歸降者和新任命的官員被殺死，清兵也不得不退出了城外。

李成棟剛剛回到吳淞，聞報，忙又率部趕回來，二次攻城。

城內民眾武裝力量尚未完成集結，倉促應戰，哪裡能擋得住李成棟所部？僅一會兒，即已攻入城內。

僥倖逃脫的新任縣令浦嶂，衝向李成棟道：“為什麼會出現今日這樣的局面，就是因為沒有剿絕，若不剿絕，後必有變。”

李成棟道：“所言甚是，就似城外的葛隆和外岡兩鎮，一些逃散的鄉兵聚集在那兒，專向剃髮者動手，甚至連咱派出的小分隊也敢殺。

哼，咱把他們全都殺了，這兩個鎮也夷為平地，看他們還怎麼鬧騰？來人哪，傳令下去，屠城！”

諸將領命，隨浦嶂、徐元吉等入城，見人就殺，不少還在睡夢中的百姓也慘遭殺害，浦嶂甚至殺盡了昔日好友婁覆文等人的全家。至此，嘉定的富人和窮人再無區別。

二十多天後，亦即八月二十六日，原南明總兵吳之番率餘部反攻嘉定城，周邊百姓紛紛響應，殺了城內清兵一個措手不及，大潰出逃。

李成棟大怒，整軍反撲。

吳之番所率兵民大多未經過作戰訓練，聞得李成棟率清兵再來，登時潰散，吳之番連殺數人竟也未能阻止，只得提槍赴陣而死。

李成棟乘勢率部掩殺，不僅把吳之番數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠，是為“嘉定三屠”。

“嘉定三屠”後，江南大部分地區放棄抵抗，開始剃髮易服，稱大清順民。