所以從整體看，大部分土司皆被改流，只在雲南、四川偏遠之處還有部分土司未改流。

而尚未改流的部分土司，到民國時期，民國政府繼續實行改土歸流。

在廣西，民國初年改流的有太平土州、都安、隆山、思樂、鳳山等土司。

李宗仁、黃紹竑、白崇禧統治廣西后，又繼續改流，到1929年(民國十八年)廣西改流全部結束。

民國時在雲南沿邊地區繼續改流，設縣或設治局，1913年在西雙版納設“行政總局”，1925年又將“行政總局”改為“思普殖邊總辦公署”，在西雙版納地區設立車裡、佛海、五福、鎮越、象明、普文、盧山7個縣。

1913年在德宏地區設行政區，次年又設潞西、瑞麗、盈江、梁河、隴川、蓮山6個設治局，將原土司置於流官縣或設治局的管轄之下。

同時又在雙江、瀾滄設縣，在滄源、耿馬置設治局，雲南改流全部結束。

至於改流對土司的善後處理的話，清朝的改土歸流分為兩個步驟，即一為改設流官，一為對被廢土司的善後安置，“一依流官之例，倘罪應斥革，即以流官代之，然後選用循良，善加撫卹”。

清朝對改流土司的善後安置極為重視，鄂爾泰雲“今大局甫定，諸務須籌，安輯調停更非易事，若不用猛力，斷難圖成;若不具恆心，終難善後”。

因此鄂爾泰建議清朝要下大力來做被革職土司的善後事宜，其目的在“要使已歸者(改流者)無舊主之思，未歸者(未改流者)生欣羨之意”。

清政府對被革土司只有少部分罪惡極大者施以重刑，對絕大部分被革土司根據不同情況採用懷柔寬大處理，以便籠絡人心，安定地方。

對以罪革職者之土司的安置。

在《清史稿刑法志二》載“改土歸流之土司犯，將家口實行遷徙，然各有定地，亦不限千里也。”

對被遷徙的土司又視所罪之輕重區別對待，“有犯斬絞重罪者，其家口應遷於遠省安插;犯軍流者，土司於家口應遷於近省安插”。

也就是使其離開原居住地，目的是不讓改流的土司東山再起，又復生事。

因此所遷土司有一部分在本省安置，大部分遷入內地省分，如江蘇、安徽、浙江、江西、河南、陝西等省。

僅安徽1省就安置了廣西、貴州改流土司21名。

對被遷土司在生活上予以照顧，規定“每十人撥給官房五間，官地五十畝”。

清世宗胤禛曾敕諭各地方官吏對被遷土司給以關照，以示“皇恩浩蕩”，使其感恩戴德，消除思鄉之情。

清朝的這一措施割斷了土司與原居地的聯絡，對安定改土歸流地區的社會秩序起了一定的作用。

而對恭順王司的安置的話，對自願請求改流或自動交出土司印信者，清朝政府一般均給以優厚待遇。

像是在鄂爾泰的奏疏中即明確規定對於投獻者“但收其田賦，稽其戶口，仍量以養贍，授以職銜冠帶終身，以示鼓勵”。

湖北、湖南改流土司大都得到如此待遇，不少改流土司被授予千總、把總。

例如永順宣慰使彭肇槐還得到清政府賞銀1萬兩，被授予參將職。

這樣的安置不僅安定了已經改流地區的社會秩序，而且還吸引了未改流地區土司主動請求改流。

而對改流地區的統治措施的話，清政府對已改流地區採取各種措施加強統治，在政治上和軍事上，採取設流官、戍兵、建城、編戶籍、立保甲的辦法。

清朝選派了能力強同時又較廉潔的官吏任改流地區的官員，以便緩和與當地人民的矛盾。

軍事上在各地增設營汛，派兵戍衛以加強控制，同時又設保甲制度，稽查戶口。

經濟上實施丈量土地，編丁納賦。

文化教育上，提倡立學校，設教職，勸各民族的子弟入學，並規定各民族參加科舉的定額。

這些政策的實施促進了改流地區社會經濟文化的發展。