之後的劇情和之前一樣，二人聯手打敗了夏娃。

9s感染了病毒，2b迫於無奈殺死了他。

他透過將資料轉移到附近的機械兵身上，存活了下來。

只不過，在2b掐死9s的過程中，出現了兩個紅衣小女孩的虛影。

這兩個紅衣小女孩，之前從未見過。

存活後的9s，在總部得到了重生。

在二週目結局的末尾，2b前往9s的房間拿取一些道具。

9s似乎想將真實的歷史告訴2b，但最後還是沒說出去，只是提醒對方務必小心。

由於亞當、夏娃兩個管理員脫離了網路，機械生命體的指揮系統陷入混亂狀態。

寄葉部隊打算趁機發起總攻，希望能一舉奪回地面……

二週目通關後，上官言意識到，僅僅只是換了一個視角，遊戲的劇情卻幾乎完全顛覆。

當人類的存在成為騙局之後，這場人工智慧機器人與機械生命體的戰爭，誰對誰錯幾乎完全失去了意義。

上官言嘆了口氣，繼續開啟三週目的程序——他想知道最後的結局。

總攻發起後，首先控制2b前往機庫，乘上機甲前往地面。

與此同時，作為偵察部隊的9s，已經提前到達地面，為總攻做預備工作——黑進敵方的防空系統，讓它們癱瘓掉。

完成任務後，隨著戰況的惡化，9s需要去和2b匯合。

這時候，切換到2b的視角。

她聽到了人類議會發起總攻的命令，以及對寄葉部隊的期待和鼓勵。

她駕駛機甲，經過一番空戰後，趕到橋面上找到了9s。

他倆作為遊擊部隊，需要前往多個地點支援其他分隊。

在這個過程中，越來越多的同伴加入隊伍中。

當他們攻向最後一個地點時，一群特殊的機器人衝了過來，導致部分隊員受感染，出現異常情況。

9s透過黑進2b的系統，讓她暫時恢復了正常。

只不過，其他的同伴已經完全失去控制，朝他倆發動攻擊。

9s找到了釋放病毒訊號的元兇，和2b過去一同消滅了它。

但是，寄葉部隊受到感染的人實在是太多了，他們團團包圍住2b和9s。

二人最後只有選擇毀掉自己的黑匣子，引發聚變爆炸來解決問題。

他倆藉助傳輸好的資料，利用備用機體從基地甦醒，一同前往指揮中心彙報。