卻說李自成由大順以及明廷歸降文武群臣扈從，來到武英殿，時過中午，他同李巖、宋獻策、牛金星略一商量，命六部政府和文諭院的文臣們各回自己衙門，恢復各個衙門的運作。他將於三日後舉行早朝，然後有詢問關於宮內的一些情況，因崇禎尚無下落，太子和永、定二王也未找到，只聽說都已經由太監們送出宮了。他必須抓緊時間，繼續在皇城中尋找崇禎，還得弄清崇禎的三個兒子被太監們藏匿何處，李自成囑咐三人道：“不管崇禎死活，務要找到下落”，遍屏退眾人，於武英殿之中小憩片刻。
有明廷宮女很是順從的伺候著，李自成微笑點頭，看到這些妙齡女子的婀娜多姿，滿心歡悅，今日初進皇宮，還沒有受百官朝賀，更沒有舉行登極大典，他已經知道了做皇帝的尊貴，宮中的陳設富麗，身邊宮女們美貌，溫柔，知禮，對他服侍得細心周到。他想著自己日後的皇帝生活……想著，他含著滿意的微笑進入夢鄉。
黃昏十分，李自成被劉宗敏等人叫醒，在宮女的侍奉下，用金盆捧水淨面，用紅漆描金龍鳳托盤捧著御窯茶杯，盛著溫茶漱口，宮女服侍他穿好施子，戴好帽子。雖然李自成對宮女們這樣的服侍感到繁瑣，但是他並沒吩咐免除，反而在很不習慣中舒舒服服地接受了。他的眼前那些低頭跪在他面前的宮女們的粉頸、桃腮、雲鬢，也出現了那行走的輕盈的體態，說話時的溫柔而婉轉的聲音，還有那奇妙的脂粉香和薰在衣服上的清幽芳香，他是一個還不滿三十八歲的壯年男子，他的感情起了巨大的變化，儘管他表面上十分嚴肅，內心中卻不由自主地動了男女之情。
“崇禎有下落麼？”李自成走出偏殿後向眾人問道。
牛金星跪在地上回答：“啟奏皇上，將士們一直在皇城內外各處尋找，至今尚無訊息。不過，崇禎的太子和兩個皇子已經找到了。”
“找到了？在哪裡的？”李自成也是十分的激動。
“他們都被太監們送到皇親的府上，他們在我軍將士嚴密的搜尋之下，都不敢隱藏，將他們獻出來的。現在正被押來，等候皇上的召見。”
“去傳旨：速將明朝太子和永、定二王帶來見朕！”
過了一陣，將太子和永、定二王帶到了李自成的面前。牛金星叫太子等趕快跪下，但是太子倔強地不肯下跪，看見他不肯跪，他的弟弟們也不肯跪。
李自成態度溫和地說道： “不肯跪算了，不必勉強。”他又用文雅的口吻向太子問道： “汝父為何亡國？”
太子慷慨答道：“父皇勤政愛民，本無失德，只因諸臣只知謀私誤國，所以失去江山。”
“你知道你父是現在何處？”
“天明前我由內臣護送出宮，以後宮中事全然不知。”
李自成語氣誠懇地接著說：“在進軍之前，朕曾與大臣們討論決定，倘若兵臨城下之日，你父皇知道天命已改，願意禪讓，朕將待以殊禮，使他繼續享受人間尊榮，優遊歲月，對官眷也一體保護，朕自是不會為難你們的，待舉行登極大典之後，就對你等降敕封王，頒賜鐵券，世襲罔替。”
牛金星輕輕推了一下太於：“趕快跪下，向大順皇上叩頭謝恩！”
太子仍然倔強不動，永、定二王也照樣學他。在場的宮女們更擔心本來可以不死的太子和二王會惹出殺身之禍，暗中焦急。
李自成看見倔強的太子，毫不在意的說道：“算了，大明已亡，其母后自盡殉國，父皇不知下落，要他跪下去叩頭謝恩他當然不肯，朕得了天下，何計較這些小節！”
知道皇后已去世，李自成便命人用宮中門板運出，裝入柳棺，放置在東華門外，路過的百姓都掩面而泣。過了三天，天剛亮，成國公朱純臣、大學士魏藻德率領文武百官入宮朝賀，他們都穿著素服坐在殿前。李自成不出來，大順軍將士爭相對百官戲耍侮辱，或槌打他們的背部，脫下他們的帽子，或將他們的腳彎起來勾在脖子上，以此相笑鬧，百官都害怕得趴在地上不敢動。李巖將情況告訴李自成，便改殮皇后，給她戴上哀冕，穿上畫有野雞圖案，並加蓋一間草棚。大學士陳演勸自成登帝位，李自成不許。封太子為宋王。放出刑部、錦衣衛關押的囚犯。
李自成召見朝官，他南面而坐，牛金星、劉宗敏、宋企郊等人在左右雜坐，依次喊各人的名字，分三等授以官職，自少詹事梁紹陽、楊觀光等四品官以下，無不不顧廉恥地接受偽命。李自成還下令：“敢有傷人及掠人財物婦女者殺無赦。”京城秩序尚好，店鋪營業如常。
三月二十一日朱由檢屍體被發現，大順軍將朱由檢與周皇后的屍棺移出宮禁，在東華門示眾，“諸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，餘皆睥睨過之。”，梓宮暫厝在紫禁城北面的河邊，當地平民又將他合葬在田貴妃墓中。
得知皇帝死後，自殺官員有戶部尚書倪元璐、工部尚書範景文、左都御史李邦華、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌義渠、太常寺卿吳麟徵、左中允劉理順、刑部右侍郎孟兆祥等，駙馬都尉鞏永固全家自殺， 太監自殺者以百計，戰死在千人以上。宮女自殺者三百餘人。紳生生員等七百多家舉家自殺。
李自成入住紫禁城，封宮女竇美儀為妃。大順軍入北京之初，李自成下令：“敢有傷人及掠人財物婦女者殺無赦！”有兩名大順軍士卒掠奪緞鋪，被立剮於棋盤街，民間大喜，安堵如故，已然接受了大順取代大明的轉變。
與此同時，山海關總兵吳三桂的兵馬抵達玉田，得知朝廷驚變，吳三桂也是慌了，猶如無主的孤魂一般，不知所措，不知道是該進還是先退，而入主北京城後的李自成面對吳三桂這一支遼東精銳，也是盡情的施放善意，派人前往招降吳三桂，李自成先去擔憂的各地勤王的兵馬，卻幾近於無，除了吳三桂之外，李自成尚沒有得到別的訊息，山東總兵劉澤清在大順軍臨近山東之際，就率軍南逃了，大順軍在短短的時日，就佔據了山東全境，至此，陝西、河北、河南、山東、山西、湖廣北部全部插上了大順軍的旗幟。