李化龍智取龍巖囤，萬曆帝無奈立太子
萬曆二十八年五月，總督李化龍趕至龍巖囤下突聞父喪，泣不成聲，昏厥倒地，萬曆下旨奪情，克定播州之後再行守孝。十八日李化龍身著孝服召集諸將於帥帳議事，李化龍說道：“龍巖囤為賊所倚天險，傳聞飛鳥騰猿不能逾越，三面環水，一面銜山，地勢險要。匯總多方探報之後可知，龍巖囤前山道、懸崖峭壁之間依次築有銅柱關、鐵柱關、飛虎關、飛龍關、朝天關、飛鳳關六座關隘。各據險要，層層把守，另有三十六級天梯橫於嶙峋山路，每級石梯皆有孩童高低，後囤亦有後關、西關、萬安三關屹立，龍巖囤為楊應龍最後倚仗，歷經數百年不曾陷落，因此攻克此囤方能稱為克定播州。”
麻貴提議：“如總督所言，賊據龍巖囤，我為仰攻，騎兵不能用，火器也收效甚微，惟有合圍賊寇，日夜交攻，以期早日攻入囤內。而末將以為除強攻之外，誘降、探道、內應等法也應一併進行，多管齊下亦能減少傷亡。”
李化龍說道：“正該如此，諸將聽令！自即日起始築長圍，更番迭攻，自是賊坐困窮，知兵在頸。軍分兩部，一部攻前囤一部攻後囤，馬孔英、陳璘、吳廣三將各領本路包抄後囤三關，其餘諸將於前囤依次相攻，漸奪六關，畏戰者斬，各路速去準備，即刻進兵，不得有誤！”諸將領命。
明軍開始大舉向龍巖囤進攻，播兵據天險關隘死守，明軍不能速克。楊應龍居囤頂觀望，見戰事激烈，不禁感慨：“天下精兵盡來攻我，與祖上楊文在時遭蒙古圍攻何等相似。時光輪轉，這龍巖囤終又立於戰火之中，所幸我播州有此要塞，固若金湯，無論朝廷再發多少援軍來剿也奈何我楊氏不得。此戰過後便是我自立為王之時。”
孫時泰說道：“龍巖囤囤前陡絕，勢難飛越，楊氏列祖列宗世代精心修築而成，外圍子城、給養據點星羅棋佈，不一而足，即便稱為天下第一要塞也不為過。現外圍雖已被官軍佔據，然龍巖囤內重兵把守，軍糧充足，若部署得當，人皆死戰，仍能固守數月之久。但在下恰恰擔心此兩點，一則若官軍尋機得勝，漸奪關隘，我部死傷日增，又困守於此，恐人心不聚。二則若官軍棄死戰而施圍而不攻之策，我們則無異於坐以待斃。”
楊朝棟不滿孫時泰如此喪氣，便言道：“孫先生顧慮實在是太多了，事已至此別無他法，惟有死守到底，軍心士氣我自會嚴加督促，即便不成還可散盡千金激勵再戰！若被圍困那自當再思出奇制勝之策，播州存亡在此一舉，楊氏祖先英靈護佑，此次官軍必將全軍覆沒於龍巖囤下！”
楊應龍稱讚：“豪氣干雲，英姿勃發！聽你所言，為父甚慰。身為楊氏子孫便應如此做派，你且去前關督戰，也緊盯何、田二氏兵將動向，何廷玉、何漢良、田一鵬、田飛鵬等人表面忠心不二，實則也各懷鬼胎，不可放鬆警惕。至於破敵之策，我與孫先生還需再作商議。”楊朝棟領命而去。
時苦天多雨，明軍火器效用不佳，仰攻山關，騎兵不得用，明軍將士整日在泥淖中奔波苦戰。馬千乘先行率部攻銅柱關，明軍前仆後繼，奮勇衝關，身冒箭矢，數次皆被苗兵擊退。馬千乘收攏所部，以弓弩還擊，對射許久，各有死傷，馬千乘率部借弓弩掩護再行突進，衝關破門，一擁而上，銅柱關苗兵不多，難擋明軍攻勢向後潰退。
馬千乘奪下銅柱關繼而向鐵柱關衝鋒，連戰兩日仍未攻克，馬千乘部隨即聽令撤兵由董一元率部接替。董一元又強攻兩日不克，明軍屢次攀上關璧便被苗兵擊落，苗兵於鐵柱關相比銅柱關防守更為頑強，鐵柱關後多用石柱抵住關門，苗兵蜂擁至關牆，每逢明軍來攻便殊死力戰。
鐵柱關前多有積屍，董一元心生一計，正值高溫潮溼，董一元令人於鐵柱關前焚屍，陣陣惡臭襲來令人遍生嘔意，苗兵漸漸不敢近前。董一元組敢死隊，全身防護抵擋屍毒惡臭，腰掛人頭，手持血刀藉助焚屍黑煙籠罩向鐵柱關再次發起衝鋒，後隊緊隨其後衝關，明軍突襲而至，盡顯血腥可怖，苗兵心懼大潰，董一元因而一舉奪下鐵柱關。
董一元奪關後就地休整，清理戰場，由麻貴統軍繼攻飛虎關，飛虎關前三十六級天梯高陡異常，明軍拾階而上，手腳並用，播軍拋下滾木山石，澆灌火油，引燃山道，繼而再用弓箭阻擊，明軍苦不堪言，難以前進，乘間隙連發三次衝鋒，明軍傷亡激增，軍心險些崩潰，麻貴見狀只得先行休兵。
飛虎關上倚絕壁，下臨懸巖，高屋建瓴坐鎮天梯之頂，如負隅猛虎，張口嘯天，威震關山。箭樓屯駐重兵，守關之兵亦為播州精銳虎兵坐鎮。而天梯與飛虎關之間僅有一道吊橋連線，為通向飛虎關的唯一通道，麻貴部于飛虎關前連攻十日，陰雨不斷，寸步難行，毫無斬獲，麻貴心愁不已，苦思奪關之計。忽天氣轉晴，麻貴大喜，令調虎蹲炮上山，炮擊飛虎關樓壓制播兵。播兵突遭火炮打擊，關石飛濺，關樓塌陷，播兵於關牆之上難以立足，飛虎關守兵一時間再難嚮明軍施以還擊。
麻貴領兵趁機衝過吊橋猛攻關門，飛虎關破明軍魚貫而入，隨即便與播州虎兵展開混戰。播州虎兵不畏生死，死戰不退，關門狹小明軍魚貫而入遭虎兵堵截數次險被逼出關門，麻貴令投射火箭逼退敵兵，明軍再度衝鋒奮勇反擊陸續再入關門，明軍結陣挺槍步步進逼，虎兵也難衝陣，麻貴一聲令下全軍衝殺，麻貴身先士卒，連斬十餘人，虎兵不敵終至全軍覆沒。
飛虎關戰後劉綎率部跟上向飛龍關攀進，飛龍關由何漢良、田飛鵬率兵鎮守，前有龍虎大道，與三十六級天梯相若，飛龍關一側臨百丈深淵，險峻陰深，蛇鼠為窟，常有哀嚎之聲隨陰風陣陣從溝下傳來，毛骨悚然。何、田二人意欲使明軍全部葬身入溝，特在龍虎大道遍置木石，輔以弓箭遲滯明軍攻勢，更用自制火藥炸裂一側山體，亂石飛下，明軍躲閃不及，多有墜崖而死。
連續兩日明軍大半仍被遲滯在龍虎大道，劉綎大怒親自督戰，嚴令向飛龍關突進，直衝得沿途血肉橫飛，明軍死傷數百終衝過大道。劉綎觀望飛龍關，乃用青石及石灰糯米砌築而成，關為三開，三拱相套，兩座月門，為囤東入大城門戶所在。劉綎率部對飛龍關時攻時休，接連相持十日。劉綎棄用計謀，只作強攻，逢陰雨連綿便冒雨強攻，逢雲開霧散便調火炮助陣，戰事激烈，炮聲如雷，龍巖囤上下皆能耳聞。
輪番強攻之下飛龍關漸漸難以支撐，楊朝棟又率部來援，飛龍關一側關牆斷裂，明軍趁勢大舉攻入，劉綎隨軍突入飛龍關內直取何漢良、田飛鵬而去，何漢良見劉綎殺來，快步向前迎戰，不過數招之後便死於劉綎刀下，田飛鵬見劉綎兇悍，轉身便逃，劉綎張弓搭箭一箭射入後心，田飛鵬應聲倒地。楊朝棟知飛龍關再難固守，當即率殘部退守朝天關。
在明軍猛攻前囤之時，陳璘、馬孔英、吳廣等部正攻後囤，楊應龍亦在後囤布有重兵，陳璘等於頭道關隘後關門前便屢遭失利，時日已久，陳璘便令全軍停止進攻後撤三里止步不前，實暗中設伏引誘播兵出關。明軍故作懈怠，後關苗將自恃重兵在握，見明軍連日攻關不下，死傷漸增，膽怯不前，便下令出關殲敵以便包抄明軍大營。
陳璘得報播軍出關，欣喜若狂，即令馬孔英率部居左翼設伏，吳廣率部居右翼設伏，陳璘自領中軍吸引播軍來攻。播軍一路狂飆突進，殺聲震天，陳璘遣數隊分道迎敵，佯裝大敗，一觸即潰，播軍因此更肆無忌憚，直追入明軍口袋。陳璘見時機已至，即令大放火器，馬孔英及吳廣聞聲出動將播軍合圍，水洩不通。播軍見誤中伏擊，全軍欲撤，與明軍激戰一日，傷亡慘重，潰不成軍，陳璘等率部掩殺，趁勢奪下後關。
後播軍於西關至後關之間大行遊擊襲擾，播兵慣於山間作戰，于山林亂石之間，閃轉騰挪，健步如飛，明軍深受遊擊之苦，于山間難以輕易追擊，只得被動防禦，艱難行進。然播兵襲擾雖對明軍有遲緩之效但對明軍兵力而言卻無多損害。陳璘等苦耗多日才至西關，與馬孔英、吳廣輪換攻關，兩軍相持不下，陳璘嚴令日夜交攻，苗兵膽寒棄關而走，明軍攻佔西關，全軍疲憊，休整待命。至此明軍圍攻龍巖囤已達四十餘日，前囤攻至朝天關，後囤攻至萬安關，久攻不下再難前進一步。
明軍圍攻龍巖囤期間，總督李化龍於龍巖周邊及播州境內遍召苗民樵夫問詢龍巖囤密道，終有一人知龍巖囤後山之內有條隱秘山道可至囤頂之下，更有利於攀巖之處可入龍巖囤萬安關之內，且該山道相對空曠無人把守。李化龍大喜，便令組探查分隊隨其潛入後山記錄山道。
圍攻至今苗兵死傷眾多，苦於防守士氣低下，龍巖囤內流言四起，楊應龍亦苦無破敵之策，終日煩悶以致暴性再起，稍有不順便濫行殺戮，軍中恐慌人人自危。軍師孫時泰趕來勸道：“家主此舉無異於將致眾叛親離，萬不可如此。家主若有奮戰之心，更因此時與播州勇士們同甘共苦，散盡家財激勵戰心。若無回天之力，為保這一眾性命，家主您還不如即刻便向官軍請降可換眾生。”
楊應龍忽然大怒：“無恥老賊！我楊應龍豈是會屈服敵寇之輩，播州勇士也當視死如歸，奮戰到底！你竟在此要我自縛請降？貪生怕死之輩，苟且偷生之徒，計不能制敵我留你何用？！”隨即一刀便將孫時泰砍翻在地，當場身亡。楊應龍本欲將其亂刀分屍洩憤，楊兆龍見狀急忙上前拉住應龍，楊應龍才得以定神。