卻說俞大猷奉命攻打烈表門，湯克寬奉命攻打西堠門，俞大猷跟湯克寬商量，由於烈港地形特殊，烈表門和西堠門都是在兩山夾峙中，加上在水域中設有不少障礙物，一不小心，戰船就會被卡住。有諺語說：“老大好當，西堠門難闖。”說明要攻打兩座水門，實在是不容易的事情。但是即使困難重重，俞大猷和湯克寬也不得不拼死一戰。當號炮在穆岙響起，俞大猷和湯克寬同時向烈表門和西堠門發起攻擊。一百多艘包括鷹船、大型福船、廣船、舟山烏艚船、浙直沙船、福倉船、東莞船、蒼山鐵、兩頭船、聯環舟、子母舟等大小戰船一齊向著烈表門和西堠門駛去。這些戰船各有特殊的功能，例如鷹船，由於它的兩頭都是尖的，行駛敏捷,進退自如，適合放在最前面打衝鋒；大號福船勢雄力大，便於衝犁敵船，即所謂鬥船力不鬥人力；廣船主骨架用鐵力木製成，非常堅固，可以用著撞敵船；浙江的十櫓蒼山船原是太平縣漁船，曾在抗倭戰爭中發揮重大作用，號稱“蒼山鐵”；“兩頭船”也是一種特殊船型，由於它兩頭有舵，進退自如，在戰鬥中具有很大的靈活性。
當俞大猷所乘坐的“水龍號”大型戰船駛近烈表門的時候，剛要向水城門發炮轟擊，意想不到的事情發生了。巨大的“水龍號”戰船忽然不能前進了，而倭寇的炮彈已經向“水龍號”飛來，情況真是萬分危急！“俞大猷只得命令“水龍號”上的四門紅夷大炮、六門千斤佛郎機炮、三門碗口銃、二十門迅雷炮、六十個噴筒、十支嚕密銃、十張火藥弩、三百支火箭一齊向著烈表門發射；命令擔任衝鋒任務的五艘鷹船向著烈表門衝去，命令數十艘子母船、赤龍舟、車輪舸、封舟、草撇船、海滄船、蒼山船一齊向烈表門發起進攻。與此同時，隨船技術人員對“水龍號”進行了緊急檢查，發現是戰船底部的導航輪被倭寇設定的纜繩纏住了，儘管“水龍號”張滿風帆，加上船上數十名船員奮力划槳，但是“水龍號”仍然不能向前。
在這萬分危急關頭，烈港當地籍兵士葉七聽說是導航輪被倭寇設定的纜繩纏住，拿起一把板斧，縱身一跳潛入水中，向著纜繩猛砍。倭寇看到這種情況，一齊向葉七發射水雷。葉七被水雷擊中壯烈犧牲，但是纜繩已經被葉七砍斷，“水龍號”直奔烈表門。此時烈表門已經被“水龍號”發射的強大火力和其他戰船發射的大炮轟塌，一千多支火箭發射的燃燒著的箭矢引起烈表門燃起了熊熊大火。由於烈表門是利用三層厚度一丈多的竹木牆組成，熊熊大火很快蔓延到城門裡層。寨內倭寇集中兵力救火，企圖撲滅烈表門的大火，但是明軍以四艘大型福船為主力的五十多艘各種型號的戰船已經以排山倒海之勢向烈表門壓過來。五十多艘大小戰船上各種型號的炮彈一齊向烈表門發射，體型巨大的“大鵬號”福船以它無比巨大的力量將被熊熊大火燒殘的烈表門三層總厚度達到四五丈的竹木城門撞開，“猛虎號”、“雄獅號”大型福船和指揮船“水龍號”依次跟進。
儘管倭寇也有王直的兩艘能夠裝載兩千人的大型福船，但是由於對操作人員的訓練時間過於短促，操作技術並不精熟，導致未能發揮應有效能。而日本國產的安宅船雖然也有三層樓，船體巨大，但是比起大明的福船就是小巫見大巫，差遠了。至於那些關船和小早船，也就只能跟大明水師的普通哨船不相上下。
在炮火火力方面，倭寇雖然也有威力巨大的國崩大炮二十門，雖然也有從英吉利軍火商那裡購買的“大哈里” 號火炮、“海上主權”號火炮和從西班牙軍火商那裡購買的“聖菲利浦”號火炮，但是在明軍巨大的火力網打擊下，不論是大友宗麟引以為自豪的國崩大炮，還是從英吉利王國和西班牙王國購買的最先進火炮，都不能給倭寇帶來勝利的希望。此時大明水師各種不同型號各種功能不同的六十多艘戰船一齊向著烈表門內撲去，紅夷大炮、神飛炮、滅虜炮、大型佛朗機炮、大連珠炮、大將軍炮、盞口將軍炮、霹靂炮、虎蹲炮等火炮一齊發射；專門用於燒敵船風帆風蓬的火箭盤槍、“神機箭”的多發火箭火龍出水、內藏神機箭十枝或猛箭二十枝的水陸兩用火箭虎頭火牌、內藏神機火龍箭三十六枝毒箭的火龍神機櫃、連發火箭一窩蜂、神火飛鴉、球形帶雙翼的“飛空擊賊震天雷”、八十斤重的大型爆炸燃燒萬人敵等最新式火箭和爆炸彈一齊射向烈表門內的倭寇船隊。頓時，整個的烈港處在一片火海之中。
在西堠門，湯克寬憑藉六座大將軍銃、兩門千斤級的“無敵神飛炮”、八門大佛朗機、二十門虎蹲炮、三門從西班牙購買的寇非林火炮、兩門從荷蘭進口的加農炮等大型火炮的轟擊下，西堠門已經被明軍的強大攻勢所打破。
西堠門是烈港西北部的水城北門，位於龍山西北部山腳海面，與西堠門緊鄰的海岸是兩三里長的陡峭巖壁，別說人無法攀登，就是鳥兒要從海面飛到巖壁上，也沒有落腳的地方。古代人選擇在這個地方作為軍事堡寨，確實還是很有深意的。西堠門這個地方是元代以來的造船基地，直到明朝嘉靖年間仍然還是大明著名船廠之一。倭寇佔領雙嶼港以後，仍然利用烈港造船廠為倭寇製造船隻。雙嶼港被搗毀後，以王直為首的倭寇集團曾經以烈港作為巢穴繼續在寧波一帶為非作歹，由於明軍的窮追猛打，王直不得不離開烈港遠走日本。抗倭主帥朱紈被仇家扳倒自殺，王直率領倭寇大軍返回大明東南沿海，把烈港作為倭寇統帥部所在地，利用堆積在造船廠海岸的堆積如山的木材，對烈港原有竹木水城進行大量整修，把個烈港修築成固若金湯的軍事水城。同烈表門一樣，西堠門也是利用三層厚度一丈多的竹木牆組成，三層總厚度達到四五丈，如此厚度的水城城門要打破也確實不容易，但是由於明軍依賴無比強大的火力，居然把烈表門和西堠門先後砸開。
在無比激烈的戰鬥中，一批特殊船型發揮了巨大作用。例如倭寇的“松浦”號大安宅船是日本最有名的大型戰船，船的總長度達到十五丈，寬三丈以上，船體表層包裹著近一寸的鐵甲，被稱為“鐵甲船”，裝備著多門大炮，說起來也是怪嚇人的。就是這種大型戰船，在大明水師的福船面前就成為小不點了。當明軍的“大鵬號”福船衝破烈表門進入烈港的時候，倭寇的“松浦”號大安宅船迎上來企圖攔截，但是由於“大鵬號”那高昂著的船頭太高，使“松浦”號的大炮只能夠進行仰射，而那一千多斤重的炮彈要仰射就無法達到所必須的高度，而“大鵬號”卻可以對著“松浦”號俯射，將兩千多斤重的炮彈直接打到“松浦”號的船艙，將“松浦”號的船艙被打得稀巴爛，“松浦”號一時躲閃不及，被“大鵬號”直衝過來犁沉。
倭寇的另一艘“九鬼嘉隆”號也是一艘大型安宅船，船上裝有五門“國崩”大炮和多門大型鐵炮、大筒、火門銃等大型火炮，還裝備了“大哈里” 號火炮、“海上主權”號火炮和“聖菲利浦”號火炮各一門，說起來火力還是夠強大的。但是“九鬼嘉隆”號同樣是在船體高度上吃了大虧，被明軍的“猛虎號”用重炮打傷後犁沉。
經過激烈的混戰，倭寇的三艘安宅船先後被明軍“猛虎號”、“雄獅號”和“水龍號”福船犁沉；十多艘關船和小早船被明軍的二號福船、廣船、舟山烏艚船、浙直沙船、福倉船、東莞船、蒼山鐵等大型戰船擊傷或者擊沉。在無比激烈的鏖戰中，六艘“兩頭船”在戰鬥中顯示了獨特的威力。由於兩頭船兩頭有舵，進退自如，常常給倭寇意想不到的打擊。特種戰船連環舟和子母舟發揮了特殊作用。連環舟是一種專門用於衝撞敵船的戰船，船體長四丈，分為兩截，前截佔三分之一，裝載爆炸彈，後截佔三分之二，用於乘坐官兵。當衝撞敵船時，用釘牢在船頭的倒鉤釘牢敵船，士兵抓緊時間向敵船投擲炸彈，炸彈爆炸後，船頭與敵船同時被炸燬，而聯結前後截的鐵環早已自動解開，後截得以在爆炸前離開爆炸區，船上乘員安然無恙。而子母舟的設計更加巧妙，母船體長三丈五尺，前截兩丈，船艙內裝載火藥乾草；後艙藏一子舟。母船點火後，帶著熊熊大火與敵船一同燒燬，子艙內軍士可駕子舟逃跑。這叫著“犧牲母親保住孩子”。
激烈的混戰還在繼續，此時倭寇總頭目松浦隆已經預感到災難正在向他逼近，他要王直馬上拿出有效對策。王直知道自己的處境非常危險，如果全軍覆沒，他王直即使僥倖逃脫，也不能再到日本去避難，所以也只有死路一條。此時日本主子要他拿出緊急措施，王直想到了逃跑。原來王直為了預防出現緊急情況，準備了一條暗道。在烈港與金塘島山腳有一個狹長水道直通蓮花洋，王直為了防止萬一，早已將狹長水道與蓮花洋相接處利用竹排上的假山掩蓋起來。現在明軍已經以排山倒海之勢攻入烈港，要想從正面突圍已經不可能了，於是王直決定啟用暗道逃跑。王直命令已經受傷的“徽王”號大型福船衝破竹排上的假山，殘餘戰船緊跟著“徽王”號大型福船逃入蓮花洋。
王直還命令金塘島上的先人山、大坪崗、譚頭山和大坪崗的倭寇同時嚮明軍發起猛烈進攻，以策應主力從蓮花洋突圍。
此時俞大猷與湯克寬已經將烈港水城全部控制，港內到處漂浮著船隻殘骸。令俞大猷和湯克寬不解的是，烈港內倭寇的主力船隊忽然不見了，這是怎麼回事啊？莫非倭寇也有神秘的遁逃之術？於是俞大猷與湯克寬率領大軍沿著金塘島山腳進行搜尋，發現了狹長水道，原來倭寇主力船隊從狹長水道逃入蓮花洋了。俞大猷與湯克寬率領船隊緊緊追趕，又有一部分倭寇戰船被擊沉或者犁沉。
此次烈港大戰，共犁沉、擊沉倭寇戰船五十多艘，打死倭寇一千六百多人，隨沉船溺死的倭寇不知其數，其中活捉倭寇一百四十八人。王直和以松浦隆為頭目的數千倭寇四散逃跑。
烈港大戰，明軍取得重大勝利。當地人民為紀念這次倭寇戰爭的偉大勝利，在普陀山潮音洞六角亭旁立一塊石碑，碑文陰刻二十八字：
“明嘉靖癸丑季秋，副使李文進、參將俞大猷、都司劉思至督兵滅倭於此。”