司隸部，負責宗門對外的具體事務。

任調部，負責宗門弟子調任。

直殿部，由清玄殿殿主直接指揮，負責保衛宗門內部安全。

稽核部，負責宗門弟子身份背景及資格審查。

宣德殿下屬五部分別是：掌印部，兵杖部，鎮撫部，刑獄部，督察部。

掌印部負責玄德殿一切事物。

兵杖部，負責武庫的看管。

鎮府撫，部負責宗門弟子的刑罰審判。

督察部，負責宗門各部科的督察工作。

刑獄部，負責看守管理觸犯刑罰的弟子。

元易殿下屬五部分別是：掌印部，元資部，內監部，外御部，查審部。

掌印部，負責元易殿一切事物。

元資部，負責宗門弟子薪俸及獎賞。

外御部，負責宗門外資產統計事宜。

內資部，負責宗門內資產統計事務。

查審部，負責宗門一切資產的審查工作。

以上是三殿下屬五部的主要職責。

戒密院下屬六科分別是：密保科，情報科，稽查科，警備科，戒律科，禁秘科。

密保科，負責宗門密保工作，主要是對宗門內部弟子的調查。

情報科，負責宗門情報工作，主要是對魔宗及修行世家的策反滲透。

稽查科，負責宗門對外稽查工作，主要是對宗門弟子的遇害失蹤，還有一些非法組織的調查。

警備科，負責宗門的警備工作，主要是對宗門各處禁制的看守。

戒律科，負責宗門法規的執行，及對違反宗門規章弟子的審判。

禁秘科，負責宗門禁法秘術的研究。

內務院下屬六科分別是：丹藥科，器法科，符籙科，陣旗科，藥草科，內勤科。

丹藥科，負責煉製丹藥，傳授教導煉丹之法。

器法科，負責煉製器法，傳授教導煉器之法。

符籙科，負責製造符籙，傳授教導制符之法。

陣旗科，負責製造陣旗，傳授教導制陣之法。

藥草科，負責宗門靈藥的培植管理。