望雨村在秦嶺深處，百十戶人家，村前有河，喚作“望雨河”。原本是山清水秀的好地方，老輩人說，村名取自“望天盼雨”之意，隻因這地方自建村起，就雨旱分明——雨季時山洪暴發，旱季時赤地千裡。村人依河而居，與旱澇為伴，倒也繁衍了十幾代人。
這一年，大旱來得格外凶狠。自開春後，天上一滴雨未下，望雨河從滔滔大河變成一汪淺水，最後隻剩下河床的龜裂。井水乾了，莊稼死了，連山裡的野獸都渴得發瘋。村裡的老祭司說，他活了八十歲，從未見過這樣的旱災。
村人開始逃荒，能走的都走了，隻剩下三十幾戶老弱病殘，還有村長李石頭一家。李石頭的爹臨終前說，李家世世代代是村長，就是全村人都走光了，李家也要守著這村子。李石頭今年四十二歲，妻子早逝，隻留下一個十二歲的兒子叫水生。水生天生體弱，麵黃肌瘦，卻有一雙異常明亮的眼睛。
旱到七月，村裡已經開始死人。先是年邁的，後是體弱的。村裡剩下的三十幾口人聚在祠堂裡，每日靠一點存糧和樹皮草根維生。李石頭每日帶著還能走動的人去十幾裡外的深溝裡找水，但每次帶回的水越來越少。
這天夜裡，李石頭坐在祠堂門檻上，望著漆黑如墨的天空。水生依偎在他身邊，小聲問：“爹，天會下雨嗎？”
李石頭摸了摸兒子的頭，嗓子沙啞：“會下的，老祭司說過，咱們望雨村每遇大難，必有天降甘霖。”
“可是祭司爺爺前天已經……”水生低下頭。
李石頭沉默了。老祭司三天前在祠堂裡咽了氣，死前隻說了一句奇怪的話：“魚從天降，福禍難料。”
就在這時，天空突然傳來隆隆雷聲。
李石頭猛地站起，所有人都湧出祠堂。隻見西北天空烏雲翻滾，閃電如銀蛇亂舞，雷聲越來越近。村人歡呼起來，跪倒在地，對著天空磕頭。
然而這雨來得古怪。先是狂風大作，風中帶著濃重的魚腥味；接著豆大的雨點砸下來，打在人臉上生疼。雨水落地後，人們才發現不對勁——這雨裡夾著東西，活蹦亂跳的東西。
“魚！是魚！”有人尖叫起來。
李石頭伸手接住一條從天而降的魚，那魚隻有巴掌大，銀鱗閃閃，在他手中掙紮。天空中，無數銀光隨著雨水傾瀉而下，砸在屋頂上、地麵上，劈啪作響。不一會兒，整個望雨村的地麵鋪滿了活蹦亂跳的魚。
這場“魚雨”下了整整一個時辰。雨停後，烏雲散去，露出滿天星鬥。村民們看著滿地的魚，先是愣住，隨後狂喜——他們有救了！這些魚足夠吃上一個月，而積在坑窪處的雨水，也夠飲用一段時日。
李石頭卻總覺得不安。他想起老祭司臨終的話：“魚從天降，福禍難料。”但眼前是實實在在的救命糧，他顧不得多想，組織村民收魚、儲水。
那夜的魚救了全村人的命。接下來的日子，天仍然沒有下雨，但靠著那些曬乾的魚和積存的雨水，村裡剩下的三十幾口人熬過了最艱難的時期。一個月後，旱情稍有緩解，下了兩場小雨，望雨河恢複了涓涓細流，外出逃荒的人也陸續回來了一些。
然而怪事從魚雨後第九個月開始發生。
第一個發現異樣的是王寡婦。她丈夫兒子在逃荒途中死了，隻帶回來一個懷孕的兒媳。兒媳回鄉後數月產下一子，原本是喜事，可孩子滿月時，王寡婦給孩子洗澡，發現孩子後背長著細密的、銀閃閃的鱗片。
“妖怪啊！”王寡婦當時就昏了過去。
消息很快傳開。李石頭趕去看時，那孩子正在木盆裡撲騰，對水表現出異常的喜愛。更怪的是，孩子的眼睛在陽光下會眯成一條縫，仿佛畏光。
“隻是胎記吧？”有人小聲說。
但接下來三個月，村裡又有七個嬰兒出生，無一例外，身上都有鱗片，或大或小，位置不同；都喜水畏光。其中一個孩子不小心被放在陽光下久了，竟渾身起紅疹，哭鬨不止。
恐慌在望雨村蔓延。人們想起了那場怪異的魚雨，想起了老祭司的預言。有人說這是天譴，有人說是妖怪作祟。李石頭請來鄰村的道士作法，毫無作用；又請來郎中查看，郎中說這些孩子除了長鱗和畏光，與常人無異，甚至更健康些。
“這是魚雨帶來的詛咒！”村裡最年長的劉老太杵著拐杖說，“咱們吃了天降的魚，得了天的恩惠，也要承受天的責罰！”
恐慌演變成排斥。有鱗片孩子的家庭被孤立，甚至有人要求把這些“怪胎”扔進山裡。李石頭堅決反對，他的兒子水生卻在這時病倒了。
水生病得蹊蹺，渾身發熱，皮膚乾燥脫屑，渴水如命，卻喝多少水都不解渴。李石頭帶著兒子去縣裡看大夫，大夫也看不出所以然。回村的路上，經過一處水潭，一直昏迷的水生突然醒來，竟掙脫父親的手，一頭紮進水潭裡。
李石頭嚇得魂飛魄散，跳下水去救兒子，卻見水生在水中自如遊動，仿佛一條魚。更奇怪的是，水生身上的高熱迅速退去，皮膚也變得潤澤。他在水裡待了半個時辰，才被父親強行拖上岸。
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“爹，我在水裡能呼吸。”水生小聲說。
李石頭看著兒子，發現他脖頸兩側隱約有腮狀的紋路。他猛然想起，魚雨那夜以後，有一次水生高燒不退，他喂兒子喝了熬製的魚湯。而那些吃過天降之魚的村民，家中都生下了有鱗片的孩子。他和兒子也都吃了魚，但妻子早逝，他未有新生子女，而水生當時已十二歲……