衝突之後，他將調查所得如實呈報內閣與皇帝。
在奏疏中毫不避諱地寫道：
“獻地不隻是棄地、通虜也不止於勾結敵軍，實為私通外敵，罪當誅。”
由此，萬曆帝才真正看清李成梁的真麵目。
可李成梁久鎮遼東，皇帝也不敢輕舉妄動，隻下詔罷免其職，又賜賞些東西，算是給個台階，李成梁也順勢告老還鄉。
後來薩爾滸慘敗，萬曆帝任命熊廷弼為遼東經略。
對李成梁早已厭惡至極的他，上任後第一把火便指向李家。
第一份奏疏，便是請旨罷免李如楨的總兵之職。
接著，他開始整頓軍紀，清除那些臨陣脫逃、貪生怕死者。
這些人中，多數出自李家門下，正是薩爾滸之戰隨李如柏逃跑回來的那批人。
沈陽的李家殘黨很快被錦衣衛抓獲。
畢竟楊寰所領的錦衣衛已在遼東潛伏多時，對這批人早已了如指掌。
這場針對李家的全麵抓捕持續了將近五天。
羽林軍五千騎兵幾乎沒有停歇，一個點抓完便奔赴下一個地點。許多人還搞不清狀況，便已被枷鎖束縛，投入刑獄。
前後共計抓捕近百人。
其中在任將官隻是少數，多半是早已退休或被罷免的人。
朱由校對他們一視同仁……當年你們如何追隨李成梁作威作福，如今就一起承擔後果。
這一輪清洗徹底將李家最後的根基連根拔起。
從此，遼東再無李家，隻留下一段舊日回憶。
當李成梁那顆已埋入地下近十年的頭顱被掛在遼陽城頭時，遼東將門無不膽戰心驚，人人自危，唯恐自己就是下一個被掛在那裡的。
朱由校的鐵腕手段令他們措手不及。目前看來震懾效果顯著，但這些盤踞數十年的將門世家並未真正屈服。
他們暗中頻頻聚會，商議對策，隻為自保。
馬祥麟的大軍並未撤離，反倒將抓捕之人儘數押入遼陽刑獄，城中駐軍未動，顯然短期內並無退兵之意。
那些地方勢力雖有異心，卻不敢輕舉妄動。
熊廷弼亦依旨行事，將各地衛所兵馬收歸沈陽與遼陽兩地，並安排親信接管。他更派出標營參將李懷信，率五千軍力趕赴遼陽協防，與馬祥麟合兵一處。
朱由校的目的已然實現，遼東局勢儘在掌控之中，朝中之力也得以深入這片土地。
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