漕運總兵官一職，在明朝是超脫品級的存在，因其多由侯爵或伯爵擔任，其地位遠高於九品十八級的常規官製。
漕運總督見總兵官時需行上禮問候，若欲辦理重要事務，也必須事先請示總兵官，否則即屬越權，會遭到追責問罪。
朱祁鎮的這一係列措施，並未白費。他的改革有效地鞏固了皇權，遏製了文官權力的繼續擴張。
這種情況一直延續到萬曆年間，直到李三才上任，才徹底打破這一持續百年的文武權力平衡。
李三才此人，在推動東林黨發展，以及維係地方官紳大族方麵，發揮了極為重要的作用。
他掌權之後，第一件事便是將萬曆皇帝派來的礦稅太監驅逐回京，接著便開始乾涉漕運總兵官的職權，意圖奪權。
當時擔任漕運總兵官的是王守仁的孫子王承勳。雖然其祖父聲名顯赫，但王承勳本人卻能力平庸，膽識全無。麵對李三才的強勢舉動，他毫無抵抗之力，隻能一味退讓。
李三才察覺到王承勳的軟弱無能，行事愈發肆意妄為，最終將王承勳壓製得毫無還手之力。
自此，維係了百餘年的“重文輕武”格局徹底被打破。
由於明朝海運極不發達，幾乎已經放棄，而河運事務又完全可以由文臣獨立完成，武官的地位自然就顯得多餘。
萬曆四十年，王承勳突然上奏皇帝，請求辭官返回京城。萬曆皇帝批準了他的請求。
文臣們趁此機會上奏，建議裁撤漕運總兵官與參將職位，萬曆皇帝再次準奏。從此，這條至關重要的運河完全落入文官掌控之中。
十三位負責漕運的把總被劃歸總督府統轄，軍權也隨之落入文臣之手。
自從李三才被罷免後，漕運總督一職便空缺了十餘年。
但總督府的文官係統仍在正常運轉，並未受到太大影響。
朱由校若不想受製於人，漕運事務必須親自掌控，必須安排自己的人前去接任，奪回實權。
於是，他借著一份關於疏浚運河的奏疏，立刻下令朝臣推舉新的漕運總督人選。
此事決定得十分倉促，朱由校本人也尚未有明確人選，但事不宜遲，必須立即著手。
他隻能將此事交由群臣討論，先推舉出幾位候選人，他也能借此時間思考合適人選。
對於皇帝的這一提議，朝臣似乎也頗感興趣。不久，一位官員便出列大聲奏道：
“啟稟陛下，臣懇請重新啟用原漕運總督、戶部尚書李三才，委以重任！”
緊接著，禦史房可壯也上前附議，明確表示支持李三才複職。
言辭激昂，詳細陳述了李三才在任時的政績、所獲嘉獎，以及他在民間和士林中的極高聲望，唯恐皇帝對其不夠了解。
他的一番陳詞迅速將氣氛推向高潮，眾多官員紛紛出列，表示支持李三才複任。
朱由校神色平靜，不置可否，隻靠在椅上閉目養神，手中輕撫玉佩，靜待下文。
他正在等待另一種聲音的出現，一種對他更有利的聲音。
他對李三才這個人極為熟悉。此人曾率領一個龐大利益集團登頂權力高峰，在當時影響力巨大，確實不容小覷。
常言道，樹大招風，李三才終究不是完人，無法做到人人敬仰。
在萬曆晚期，他的仕途開始遭遇多方責難，彈劾之聲絡繹不絕。