“對，唐朝和扶桑確實是好朋友，朕還要邀請你們的天皇藤原義孝來長安做客，以後就住在長安不走了，朕保管給他吃香的喝辣的，好好招呼他。”
兩個人快被李純繞暈了，安倍晉六還不死心，最後說道：“皇帝陛下太會說笑了，我們兩個來一次唐朝不容易，想走一走，看一看，領略大唐的強盛，還請陛下答應。”
走啥，看啥，還想著偷學東西呢？李純當即說道：
“元愛卿，兩個扶桑使者的這個要求還是要答應的，那三個扶桑美女朕就不要了，但是也要讓他們領略一下唐朝美女的韻味，給你三天的時間，帶他們到長安六大胡同走一走，看一看，還可以現場體會、親密接觸。時間一到，立即送客，禮送出境！”
兩個扶桑遣唐使傻眼了，要是他們來唐朝三天專門泡妞，回去被天皇知道後，還不殺頭呀。他們看再繼續磨下去，隻會越來越難受，隻得泱泱而退。
送走兩個扶桑遣唐使之後，李純交代元稹，以後不要再領這種心懷不軌的外國人過來，要嚴密監督管控在唐朝的外國人，絕對不能讓他們接觸到唐朝的重要技術。
打發走兩個扶桑二貨之後，李純抽出時間對當時唐朝的發展情況進行認真的梳理分析，認為國家在不斷的發展進步，但是第一次機構改革的不徹底，有些機構的職能跟當前的形勢不匹配，沒能起到很好的促進作用，亟需進行第二次機構改革。
以前局部的教育改革，存在一定的妥協性，社會的發展證明了科技和經濟的重要性，人民對這兩個方麵的接受度有了很大的提高，經濟的發展也需要一批具有新知識新技能的人才，必須要進行更加全麵的教育改革。
李純經過思考，決定先進行機構改革，爭取一次改革到位，不再保留任何閒散機構，在機構改革中組建教育部，而後由教育部負責開展教育領域的大改革。
首先，禮部既要管重大活動，又要管教育，造成主業不清，同時太常寺也分管一些禮儀活動，與禮部的職能造成交叉，可以把禮部教育的職能剝離出來，單獨成立教育部，負責全國教育事業的發展，把太常寺全部人員和職能並入原來的禮部，負責所有的禮儀活動。
國子監的職能不變，為朝廷培養和選拔人才的地方，新考入的進士都要在這裡進行為期一年的行政、科學、經濟、法律等方麵知識和能力的培養。
其次，司農寺所管的農業和都水監所管的水利密切相關，兩個小部門可以合並成為一個大部，稱為農水部，既減少了一個部門，又可以有利於農業和水利的協調推進。
戶部的職能相對太多，應該分成兩個部門，一個是財稅部，專門負責財政管理和收取賦稅，集中精力管好國家財務；一個是民政部，集中負責戶口、婚喪、宗教、民族事關百姓的各類基礎事務，特彆是處理好新征服地區少數民族的融入問題。
工部的職能也要進行分解，成立建設部，專門負責國家大項工程的建設，對民間的各類工程、房屋建設進行管理；成立交通部，負責道路建設、修建鐵路，水運、海運也要管起來；將科工部的建築司抽出來給建設部，把交通司抽出來給交通部。
對科工部剩餘的機構進行重組，在科技司的基礎上組建科學司、技術司，其中科學司加掛科學院的牌子，負責科學知識的推廣，搜集一些科學理論和技術專家加入科學院，技術司則重點負責每年科學大會的籌辦，推廣重要的使用的技術。新的科工部包含火器司、戰船司、科學司、技術司，集中精力負責軍事工業和科技發明的推廣。
大理寺、刑部、禦史台也要進行重整，大理寺改為審判院，專門負責重要案件的審理判定；刑部改為司法部，專門負責社會治安和各類法律的製定；禦史台改為監察院，專門負責對公職人員的監督、調查和公訴。
吏部改為人事部，不再局限於管理官吏，對其他公職人員都要管理，對全國的官員和公職人員進行總量控製，防止財政供養人員過多、過濫。
太仆寺負責馬政主要和兵部征用戰馬有關，主要職能並入兵部，在兵部成立軍馬司，關於民間養馬和養畜的職能並入農水部。衛尉寺作為京師衛戍區實際上就是一支保衛功能的部隊，可改為衛尉軍。
李純考慮成熟以後，就和李吉甫、武元衡等朝臣商議自己的改革方案，李吉甫等人感覺這又是一個大動作，對行政機構改革的力度非常大。
朝臣們覺得，這次行政機構改革，新組建了好幾個部門，增加了很多確實需要的職能，自然也增加了官位，自然讚成。
李純即位以來，所做的很多事情剛開始大家看不懂，但是後來都逐步發揮了巨大效果，藩鎮問題解決了，國力富強了，對外戰爭連續獲勝，大家對李純的眼光和能力有了客觀的認識，所以這次機構改革獲得絕大多數人的同意，一致通過。
經過改革，名義上歸尚書省管轄的部變成了13個，分彆為：禮事部、教育部、人事部、軍事部、科工部、農水部、財稅部、民政部、工商部、外事部、建設部、交通部、司法部。
審判院、監察院單獨設置，主官為為正三品的正使，兩院相當於正部級單位，直接對皇帝負責，保證辦案不受乾擾。
衛尉軍、國子監均為正四品副部級單位，衛尉軍主管京師衛戍，比較重要，直接對皇帝負責；國子監主要負責人才的培養，與教育密切相關，可由教育部代管。
原來隸屬於太常寺的欽天監，相當於一個正五品的司級單位，主管天文、曆法事務，也涉及到氣象、地震等事務，可以劃歸新的禮事部管理。
中書省不直接管轄各部門，但實際上為朝廷政務的核心機構，左右丞帶三個光祿大夫，負責朝廷日常事務的處理，向皇帝提出建議，並按照皇帝的意見下達各類政令。把翰林院作為中書省的輔助辦公機構，設為正四品副部級單位，相當於中書省的辦公廳。
門下省作為對中書省監督單位，對於其政令進行審查，對於其不合適的部分提出意見，對於朝廷的施政方針也可以單獨提出意見，相當於朝廷顧問的角色。
樞密院作為皇帝的私人辦公機構，為正三品正部級單位，設置秘書司（文案和值班）、宗正司（管理宗室）、察訪司（調查私訪）、廷衛司（禦林軍）、太府司（皇家後勤），樞密院專門處理與皇帝、宗室密切相關的事務，避免與朝廷事務攪在一起。
內侍監單純作為皇宮內部的管理機構，為正四品副部級單位，隻負責宮廷內的各項事務，宮外的事務一律不得乾預，杜絕宦官乾政的機會。
經過這次改革，行政機構有增有減，原來一些務虛清閒的部門基本都被撤並掉了，新增了很多國家建設需要的部門，雖然總的部門數量有所增加，但是都是國家發展需要的部門，改革後各部門的職能更加清晰，不會再互相乾擾內耗。