建武四年公元497年）
春季正月，南齊實行大赦。
丙申日，北魏立皇子元恪為太子。孝文帝在清徽堂設宴，談到廢太子元恂時，李衝請罪說：“我身為太子師傅，沒能好好輔導他。”孝文帝說：“我尚且沒能感化他的惡行，師傅你有什麼可請罪的！”
乙巳日，孝文帝向北巡視。
起初，尚書令王晏深受齊武帝的寵信，等到明帝謀劃廢黜鬱林王時，王晏立刻欣然擁護。鬱林王被廢後，明帝和王晏在東府設宴，談論時事，王晏拍著手說：“您以前總說我膽小，現在看看我怎麼樣？”明帝即位後，王晏自認為是輔佐新朝的功臣，常常輕視齊武帝時期的舊製度。他身居朝廷首位後，很多事務都獨斷專行，朝廷內外的重要職位，都任用自己的親信，還經常和明帝爭論用人問題。明帝雖然因為即位初期需要依靠王晏，卻從心裡厭惡他。明帝曾整理齊武帝的手詔，發現有三百多封是寫給王晏的，內容都涉及國家大事，還發現王晏曾上奏勸諫齊武帝，反對明帝兼管官員選拔事務，因此更加猜忌、輕視王晏。始安王蕭遙光勸明帝殺王晏，明帝說：“王晏對我有功勞，而且沒有罪過。”蕭遙光說：“王晏連齊武帝都不能忠心輔佐，怎麼會對陛下忠心呢！”明帝沉默不語。明帝派心腹陳世範等人到街頭巷尾，打探對王晏的議論。王晏為人淺薄，沒有防備，一心想被授予開府儀同三司的職位，還多次請相麵先生看相，說自己會大富大貴；和賓客交談時，總喜歡屏退旁人，單獨密談。明帝聽說後，懷疑王晏想謀反，於是有了殺他的念頭。
奉朝請鮮於文粲暗中探查明帝的心意，告發王晏有謀反意圖。陳世範又向明帝報告：“王晏謀劃在四年南郊祭天的時候，和齊武帝過去的主帥在路上突然發動叛亂。”恰逢有老虎闖入郊壇，明帝更加害怕。郊祭前一天，明帝下令停止舉行，先把消息告訴王晏和徐孝嗣。徐孝嗣奉旨停辦，王晏卻上奏說“郊祀是重大典禮，一定要親自去辦”。明帝越發相信陳世範的話。丙辰日，明帝在華林省召見王晏，把他殺了，還殺了北中郎司馬蕭毅、台隊主劉明達，以及王晏的兒子王德元、王德和。明帝下詔說：“王晏和蕭毅、劉明達因為河東王蕭鉉能力薄弱，謀劃擁立他為君主，讓他做有名無實的傀儡。”王晏的弟弟王詡擔任廣州刺史，明帝派南中郎司馬蕭季敞突襲廣州，殺了王詡。蕭季敞是明帝的堂叔弟。蕭毅生活奢侈，喜好騎馬射箭，被明帝猜忌，所以借著這件事陷害他。河東王蕭鉉之前因為年紀小、能力弱，沒被明帝殺掉。蕭鉉上朝時，總是彎腰駝背，不敢和明帝並肩行走、直視明帝。到這時，蕭鉉年紀稍大，就因牽連王晏的事被免官，禁止和外人來往。
鬱林王即將被廢時，王晏的堂弟禦史中丞王思遠對王晏說：“哥哥你受齊武帝厚恩，現在卻幫彆人做這樣的事；他或許現在需要你幫忙，但你將來怎麼立足呢！如果現在自殺，還能保全家族，留下好名聲。”王晏說：“我正喝粥，沒時間想這種事。”等到王晏被任命為驃騎將軍，召集子弟聚會，對王思遠的哥哥王思征說：“隆昌末年，王思遠勸我自殺；如果聽了他的話，哪有今天！”王思遠立刻回應：“按我當時的看法，現在自殺還不晚！”王思遠知道明帝表麵上優待王晏，心裡卻已懷疑他，趁機對王晏說：“現在形勢有點不一樣，哥哥你沒察覺嗎？普通人大多不擅長為自己謀劃，卻擅長算計彆人。”王晏沒有回應。王思遠退下後，王晏才歎息說：“世上竟然有勸人去死的人！”十天後，王晏就敗亡了。明帝聽說王思遠的話，所以沒治他的罪，還升他為侍中。
王晏的表弟尉氏人阮孝緒也知道王晏一定會敗亡，王晏多次去他家，他都躲藏起來不見。阮孝緒曾吃到一種味道鮮美的醬，問清楚是從王晏家得來的，立刻吐了出來，還把醬倒掉。等到王晏敗亡，有人為阮孝緒擔心，他說：“我和王晏是親戚，但沒有結黨，有什麼好怕的！”最終沒被治罪。
二月壬戌日，孝文帝到達太原。
甲子日，南齊任命左仆射徐孝嗣為尚書令，征虜將軍蕭季敞為廣州刺史。
癸酉日，孝文帝到達平城，召見穆泰、陸睿的黨羽審問，沒有一個人喊冤；當時人都佩服任城王元澄的明察。穆泰和他的親信黨羽都被處死；孝文帝賜陸睿在獄中自殺，赦免他的妻子兒女，把他們流放到遼西做平民。
起初，孝文帝遷都洛陽，改變舊習俗，並州刺史新興公元丕對此很不滿；孝文帝因為他是宗室老臣，也不強迫他，隻是用大道理開導他，讓他不要公開反對。等到朝中大臣都換上中原服飾，滿座都是穿紅衣的人，隻有元丕還穿著胡服坐在中間，後來才勉強戴上帽子、係上腰帶，卻還是不注重儀表，孝文帝也不勉強他。
太子元恂從平城將要遷到洛陽時，元隆和穆泰等人密謀留住元恂，趁機起兵封鎖關口，謀劃占據陘北地區。元丕在並州，元隆等人把密謀告訴了他。元丕表麵上擔心事情不成，嘴上雖然反對，心裡卻很讚同。等到事情敗露，元丕跟隨孝文帝到平城，孝文帝每次審問穆泰等人，常常讓元丕在一旁觀看。有關部門上奏說元業、元隆、元超罪該滅族，元丕應該連坐。孝文帝因為之前曾下詔答應赦免元丕死罪，所以免他一死，貶為平民，留下他的後妻和兩個兒子，讓他們和元丕一起住在太原，殺了元隆、元超以及他們的同母弟弟元乙升，其他兒子流放到敦煌。起初，元丕、陸睿和仆射李衝、領軍於烈都曾得到孝文帝“免死”的詔書。陸睿被處死後，孝文帝賜給李衝、於烈的詔書說：“陸睿有謀反之心，這是他自己對不起天地；違背誓言的是他，和我無關。謀反的罪行和其他罪過不同，即使我想寬恕，又怎麼能做到呢！但我還是沒忘記之前的誓言，讓他在監獄裡自殺，免去他家人被處死的刑罰。元丕的兩個兒子、一個弟弟，帶頭謀反，連坐本該處死，我特意赦免他們為平民。我本來希望和他們善始善終，他們卻自己放棄，違背我的心意，多麼可悲啊！所以特意告知你們，希望你們不要覺得奇怪。除了謀反，我對你們的態度就像白天一樣光明磊落。”李衝、於烈都上奏表感謝。
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司馬光評論說：爵位的升降、官員的任免、生殺賞罰，是君主駕馭大臣的重要權力。所以古代帝王的製度是，即使是親信、故舊、賢才、能臣、功臣、貴族、勤勉之人、賓客，如果犯了罪，也不會直接赦免，一定會在朝堂上商議，該赦免就赦免，該寬恕就寬恕，該判刑就判刑，該處死就處死。量刑輕重根據情節，寬嚴程度順應時勢。這樣君主既能施恩又不失威嚴，大臣能免罪卻不敢自恃有功。到了北魏卻不是這樣，對有功權貴的大臣，常常預先許諾免死；讓他們因驕縱而犯罪，之後又殺了他們。這是用不守信的命令引誘他們陷入死地啊。刑政的失誤，沒有比這更嚴重的了！
當時，代都的舊貴族大多和穆泰等人勾結謀反，隻有於烈一族沒有參與，孝文帝因此更加看重他。孝文帝因為北方部落酋長和他們送來做人質的兒子害怕炎熱，允許他們秋天到洛陽朝見，春天回到部落，當時人把他們稱為“雁臣”像大雁一樣季節性遷徙）。
三月己酉日，孝文帝向南到達離石。反叛的胡人請求投降，孝文帝下詔赦免他們。
夏季四月庚申日，孝文帝到達龍門，派人祭祀夏禹。癸亥日，到達蒲阪，祭祀虞舜。辛未日，到達長安。
北魏廢太子元恂被廢後，漸漸後悔自己的行為。禦史中尉李彪秘密上奏，說元恂又和手下人謀劃謀反，孝文帝派中書侍郎邢蠻和鹹陽王元禧，帶著詔書和毒酒前往河陽，賜元恂死。用粗劣的棺材、普通的衣服裝殮元恂，埋葬在河陽。
癸未日，北魏大將軍宋明王劉昶在彭城去世，孝文帝追贈他九錫之禮，用特殊的禮儀安葬他。
五月己醜日，孝文帝向東返回，乘船從渭河進入黃河。壬辰日，派人在車邑祭祀周文王，在鎬京祭祀周武王。六月庚申日，孝文帝回到洛陽。
壬戌日，北魏征調冀州、定州、瀛州、相州、濟州五州的二十萬兵馬，準備入侵南齊。
北魏穆泰謀反時，中書監魏郡公穆羆曾與他串通謀劃，赦免後事情敗露，穆羆被削去官爵，貶為平民。穆羆的弟弟司空穆亮把府中事務交給司馬慕容契，上奏表彈劾自己，孝文帝下優撫詔書不允許他辭職；穆亮堅持請求，癸亥日，孝文帝才同意他退位。
丁卯日，北魏把軍隊分為六部分，確定哪些隨軍出征、哪些留守。
秋季七月甲午日，北魏立昭儀馮氏為皇後。馮皇後想以母親的身份撫養太子元恪；元恪的生母高氏從代都前往洛陽，在共縣突然去世。
戊辰日，北魏任命穆亮為征北大將軍、開府儀同三司、冀州刺史。
八月丙辰日，北魏下詔朝廷內外進入戒嚴狀態。
壬戌日，北魏立皇子元愉為京兆王，元懌為清河王，元懷為廣平王。
南齊明帝追尊景皇明帝父親蕭道生）的生母王氏為恭太後。甲戌日，北魏在華林園講習武事；庚辰日，大軍從洛陽出發。孝文帝讓吏部尚書任城王元澄留守洛陽；任命禦史中丞李彪兼任度支尚書，和仆射李衝一起掌管留守朝廷的事務。授給彭城王元勰“中軍大將軍”的頭銜，元勰推辭說：“親近的人和疏遠的人都能任用，是自古以來的治國之道。我是什麼人，能頻繁得到這樣的寵信任命！過去陳思王曹植請求官職卻沒被允許，我沒請求卻得到任命，境遇的好壞差彆多麼大啊！”孝文帝大笑，握住元勰的手說：“曹操的兩個兒子曹丕、曹植）因才華名聲互相猜忌，我和你卻因道德品行彼此親近。”
南齊明帝派軍主、直閣將軍胡鬆協助北襄城太守成公期駐守赭陽，派軍主鮑舉協助西汝南、北義陽二郡太守黃瑤起駐守舞陰。
北魏任命氐族首領楊靈珍為南梁州刺史。楊靈珍率領全州向南齊投降，把母親和兒子送到南鄭做人質，派弟弟婆羅阿卜珍率領一萬多步兵、騎兵襲擊北魏武興王楊集始，殺了楊集始的兩個弟弟楊集同、楊集眾；楊集始處境危急，請求投降北魏。九月丁酉日，孝文帝任命河南尹李崇為都督隴右諸軍事，率領幾萬兵馬討伐楊靈珍。
起初，北魏遷都洛陽時，荊州刺史薛真度勸孝文帝先攻取樊城、鄧城。薛真度領兵入侵南陽，被太守房伯玉擊敗。孝文帝大怒，認為南陽隻是個小郡，卻立誌一定要攻克它，於是領兵向襄陽進軍；彭城王元勰等三十六支部隊前後相連，兵力號稱一百萬，士兵的呼喝聲震動大地。辛醜日，孝文帝留下眾將攻打赭陽，自己領兵南下；癸卯日，到達宛城，連夜襲擊外城，攻克了它。房伯玉據守內城抵抗。孝文帝派中書舍人孫延景對房伯玉說：“我現在要統一全國，不像過去那樣冬天來春天走。不攻克城池，絕不會回北方。你這座城擋在我大軍前進的路上，不能不先攻取；攻下來慢則一年，快則一個月。封侯還是被殺，就在眼前，你好好考慮！而且你有三條罪狀，現在讓你知道：你過去侍奉齊武帝，受到非同尋常的寵信，卻不能儘忠效死，反而向他的仇人指明帝）效忠，這是第一條罪；前些年薛真度來進攻，你打傷了我的偏師，這是第二條罪；現在我親自率軍前來，你不捆綁自己到我軍陣前投降，這是第三條罪。”房伯玉派軍副樂稚柔回應說：“承蒙你要圍攻宛城，立誌一定要攻克。我是地位低微的普通人，能抵抗你的大軍，真可以說是死得其所！我承蒙齊武帝提拔，怎敢忘恩！但繼位的君主指鬱林王）喪失德行，當今皇上指明帝）繼承大業，不僅符合億萬百姓的深切期望，也延續了齊武帝的遺願；所以我儘心儘節，不敢有絲毫懈怠。過去你們北魏軍隊深入我國，侵擾邊境百姓，我就激勵將士堅守職責。反過來說，這不應該受到指責。”
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宛城東南角的水溝上有座橋，孝文帝領兵過橋。房伯玉派幾名勇士，穿著彩色衣服，戴著虎頭帽，埋伏在橋洞下，突然衝出來襲擊，孝文帝的人馬都受驚混亂；孝文帝召來擅長射箭的原靈度射箭，勇士中箭而死，孝文帝才得以脫險。
李崇劈山開路，兵分幾路，出其不意地進攻氐族軍隊，內外夾擊；氐族部眾都拋棄楊靈珍四散逃回。楊靈珍的兵力減少了一大半，李崇進軍占據赤土。楊靈珍派堂弟楊建率領五千人駐守龍門，自己率領一萬精銳勇士駐守鷲硤；在龍門以北幾十裡的路上，砍伐樹木堵塞道路；在鷲硤的山口，堆積大圓木和礌石，靠近懸崖朝下擺放，用來抵抗北魏軍隊。李崇命令統軍慕容拒率領五千人從其他道路連夜襲擊龍門，攻克了它。李崇親自攻打鷲硤，楊靈珍接連戰敗逃跑；李崇俘獲了楊靈珍的妻子兒女，於是攻克武興。南齊梁州刺史陰廣宗、參軍鄭猷等人領兵救援楊靈珍；李崇迎擊，大敗南齊軍隊，殺了楊婆羅阿卜珍，活捉鄭猷等人；楊靈珍逃回漢中。孝文帝聽說後，高興地說：“讓我沒有西顧之憂的人，就是李崇啊。”任命李崇為都督梁、秦二州諸軍事、梁州刺史，安撫當地百姓。
丁未日，孝文帝從南陽出發，留下太尉鹹陽王元禧等人繼續攻打南陽。己酉日，孝文帝到達新野，新野太守劉思忌據城抵抗。冬季十月丁巳日，北魏軍隊攻打新野，沒能攻克，就修築長牆包圍它，派人對城中說：“房伯玉已經投降，你們為什麼還要獨自承受城破人亡的後果！”劉思忌派人回應說：“城中的兵力和糧食還很充足，沒時間聽你們這些小賊說話！”北魏右軍府長史韓顯宗率領另一支部隊駐守赭陽，成公期派胡鬆率領蠻人軍隊攻打韓顯宗的營寨，韓顯宗奮力作戰擊敗了他們，殺了南齊的副將高法援。韓顯宗到達新野，孝文帝對他說：“你打敗敵軍、斬殺敵將，大大增強了我軍氣勢。我正在攻打堅固的城池，你為什麼不寫捷報公布戰績？”韓顯宗回答：“近來聽說鎮南將軍王肅俘獲了兩三個敵人、幾匹驢馬，都寫了捷報；我在宮中任職時，私下常常嘲笑這種做法。最近我雖然依靠陛下的神威，打敗了醜惡的敵人，但兵力薄弱，擒獲斬殺的敵人不多。如果再大肆宣揚，誇大功勞，效仿王肅的做法，罪過就更大了。我之所以不寫捷報，隻是向陛下彙報戰況罷了。”孝文帝更加認為他賢明。
南齊明帝下詔讓徐州刺史裴叔業領兵救援雍州。裴叔業上奏說：“北方人不喜歡長途行軍，隻喜歡搶劫掠奪。如果我們入侵北魏邊境，那麼攻打司州、雍州的北魏軍隊自然會分兵救援。”明帝采納了他的建議。裴叔業領兵攻打虹城，俘獲四千多男女百姓。
甲戌日，明帝派太子中庶子蕭衍、右軍司馬張稷救援雍州。十一月甲午日，南齊前軍將軍韓秀方等十五名將領向北魏投降。丁酉日，北魏在沔水北岸擊敗南齊軍隊，將軍王伏保等人被北魏俘獲。
丙辰日，南齊任命楊靈珍為北秦州刺史、仇池公、武都王。
新野人張率領一萬多家百姓占據營寨抵抗北魏軍隊。十二月庚申日，北魏軍隊攻克營寨。雍州刺史曹虎和房伯玉不和，所以故意延緩救援，把軍隊駐紮在樊城。
丁醜日，明帝下詔派度支尚書崔慧景救援雍州，授予崔慧景符節，率領兩萬步兵、一千騎兵前往襄陽，雍州的各路軍隊都受他指揮。
庚午日，孝文帝向南到達沔水岸邊；戊寅日，回到新野。
南齊將軍王曇紛率領一萬多人攻打北魏南青州的黃郭戍，北魏戍主崔僧淵擊敗了他們，南齊軍隊全軍覆沒。將軍魯康祚、趙公政率領一萬人入侵北魏太倉口，北魏豫州刺史王肅派長史清河人傅永率領三千士兵迎擊。魯康祚等人在淮河以南駐軍，傅永在淮河以北駐軍，兩軍相距十多裡。傅永說：“南方人喜歡夜間偷襲營寨，一定會在渡淮河的地方點火標記水淺的位置。”於是連夜把士兵分成兩隊，埋伏在營寨外；又用葫蘆裝上火種，秘密派人渡過淮河到達南岸，在水深的地方放置，告誡說：“看到北岸點火，你們就跟著點火。”當天夜裡，魯康祚等人果然領兵偷襲傅永的營寨；北魏埋伏的士兵兩麵夾擊。魯康祚等人逃向淮河，這時南北兩岸的火都燒了起來，他們不知道該從哪裡渡河，被淹死和斬殺的有幾千人，趙公政被活捉，傅永還繳獲了魯康祚的屍體帶回。南齊豫州刺史裴叔業入侵北魏楚王戍，王肅又派傅永迎擊。傅永率領一名心腹飛馬趕到楚王戍，命令士兵填平城外的壕溝，連夜在城外埋伏一千名士兵。天亮後裴叔業等人到達城東，部署士兵準備修築長牆包圍戍城。傅永的伏兵襲擊裴叔業的後軍，擊敗了他們。裴叔業留下將領守衛營寨，自己率領幾千精銳士兵救援後軍。傅永登上城樓，看到裴叔業向南走了幾裡路，就打開城門奮力出擊，大敗南齊軍隊，繳獲裴叔業的傘蓋、扇子、戰鼓、帳篷和鎧甲兵器一萬多件。裴叔業進退兩難，於是逃走。傅永身邊的人想追擊，傅永說：“我的士兵不到三千人，對方的精銳部隊還很強大，他們不是因為兵力不足而失敗，而是中了我的計策。他們已經摸不清我們的虛實，這就足夠讓他們嚇破膽了。俘獲這些物資就夠了，何必再追擊！”孝文帝派謁者到前線任命傅永為安遠將軍、汝南太守，封為貝丘縣男。傅永勇猛有力，愛好學習且擅長寫文章。孝文帝常感歎說：“上馬能擊退敵人，下馬能寫捷報，隻有傅修期傅永字修期）能做到啊！”
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南齊曲江公蕭遙欣喜好軍事，明帝因為自己的兒子們還年幼，在內親中依靠蕭遙欣兄弟，在外親中依靠皇後的弟弟西中郎長史彭城人劉暄、自己的內弟太子詹事江祏。所以任命始安王蕭遙光為揚州刺史，在朝中掌權；任命蕭遙欣為都督荊、雍等七州諸軍事、荊州刺史，鎮守西部邊境。但蕭遙欣在江陵，招攬了很多有才能、勇猛的人，極力擴充自己的勢力，明帝對此非常厭惡。蕭遙欣輕視南郡太守劉季連，劉季連秘密上奏說蕭遙欣有謀反的跡象；明帝於是任命劉季連為益州刺史，讓他占據蕭遙欣上遊的位置來牽製蕭遙欣。劉季連是劉思考的兒子。
這一年，高昌王馬儒派司馬王體玄向北魏進貢，請求北魏派兵迎接，計劃率領全國百姓遷到北魏境內；孝文帝派明威將軍韓安保前去迎接，並劃出伊吾五百裡土地給馬儒的部眾居住。馬儒派左長史顧禮、右長史金城人麴嘉率領一千五百步兵、騎兵迎接韓安保，但韓安保沒到；顧禮、麴嘉返回高昌，韓安保也回到伊吾。韓安保派下屬朝興安等人出使高昌，馬儒又派顧禮帶領世子馬義舒迎接韓安保，到達白棘城，這裡距離高昌一百六十裡。高昌老臣留戀故土，不願向東遷徙，一起殺了馬儒，擁立麴嘉為高昌王，再次向柔然稱臣。韓安保隻帶著顧禮、馬義舒返回洛陽。
永泰元年公元498年）戊寅年。