《新醫啟蒙》的編寫，遠比想象中艱難。
淩雲要將中醫的五行五臟與西洋解剖學對應，還要用白話講解，配上插圖。他白天授課，晚上畫圖，常常熬到深夜。阿芷主動幫忙整理草藥圖譜，李文軒則用他的巧手，製作了精美的針灸銅人剖視圖——將銅人剖成前後兩半，標注神經血管分布。
先生，這個六淫致病怎麼畫？陸明遠指著書稿，中醫說風、寒、暑、濕、燥、火，西洋人說細菌、病毒，兩者如何結合？
淩雲取出顯微鏡：你看，這就是細菌。風邪入體，如同乘虛而入；寒邪入體，如同遇冷繁殖。所以，六淫致病，本質是作祟。
他在書稿上畫了一隻張牙舞爪的，旁邊寫道：癰疽非疔毒，乃是膿血堵；切開排毒膿，勝飲十碗符！這就是後來流傳甚廣的治癰疽歌訣。
這天，淩雲正在繪製心臟如泵血風箱圖，忽聽門外傳來爭吵聲。
阿芷！你一個女子，怎麼能拋頭露麵編書？是醫正堂的雜役老張，快回去繡花！
繡花能救人嗎？阿芷的聲音帶著倔強，我在書上寫的艾蒿祛濕方子，已經治好了三個宮女的關節痛！
淩雲走出去，隻見阿芷漲紅了臉，手裡還拿著一本剛謄抄好的《新醫啟蒙》。老張則叉著腰，一副女子無才便是德的模樣。
老張，淩雲淡淡道，阿芷的方子，是你用過的嗎？
老張語塞。阿芷趁機道：先生，我想把女子經期調養方加進去，很多姐妹都不懂怎麼調理。
淩雲點頭：加！不僅要加，還要放在顯眼位置。醫道不分男女，能救人的方子，就該寫出來。
老張見淩雲發話，隻好悻悻離去。阿芷感激地看著淩雲：謝謝先生。
淩雲拍了拍她的肩：你我之間，不必言謝。記住，你不僅是藥童阿芷，更是醫正堂的弟子阿芷。你的見識，比很多男子都強。
這件事後，《新醫啟蒙》的編寫進度加快了。淩雲將弟子們的案例都加了進去：陸明遠的金針渡劫針法，李文軒的柳葉刀使用心得，阿芷的百草辨識歌訣。
三個月後，第一版《新醫啟蒙》刊印出來。封麵上，畫著一位郎中手持銀針，旁邊題著實事求是四個大字。
書剛上市，就被搶購一空。有人用它治好了多年的老寒腿，有人用它學會了針灸止痛。甚至有太醫院的弟子偷偷跑來買書，說比太醫院的老方子管用多了。
楊院判得知此事，氣得渾身發抖。他沒想到，淩雲不僅辦起了醫正堂，還寫出了這樣的。他決定，要給淩雲一個教訓。
楊院判的反擊，來得又快又狠。
他聯合欽天監，上奏皇帝：淩雲創辦醫正堂，解剖屍體，編寫妖書，逆天改命，致紫微星晦暗，恐有大禍！
朱元璋將奏折扔在地上：一派胡言！淩愛卿的醫正堂，救了多少人？你們眼裡隻有，可有看到百姓的死活？
楊院判不死心，又散布謠言：淩雲剖孕婦屍煉長生藥！他買通幾個地痞，在京城街頭大喊大叫，引來了不少百姓圍觀。
大家快來看啊！淩雲為了長生不老，竟然剖開孕婦的肚子，取胎兒煉藥！地痞們舉著血淋淋的布條，裝出一副驚恐的模樣。
百姓們信以為真，紛紛指責淩雲喪心病狂。醫正堂門口被人扔了臭雞蛋，弟子們出門都要被人指指點點。
淩雲卻不為所動。他知道，謠言止於智者，更止於實證。
他帶著陸明遠、李文軒、阿芷，來到京城最大的菜市場。那裡有個賣肉的屠戶，前幾天被瘋狗咬傷，已經發病。
諸位鄉親，淩雲高聲道，這位屠戶得了狂犬病，症狀是恐水、怕風、狂躁。太醫院說是，要驅邪。但我們用新法，能治好他！
楊院判聞訊趕來，冷笑道：淩雲，你要是能治好狂犬病，老夫就把太醫院院判的位置讓給你！
淩雲取出銀針，在屠戶的等穴施針，又灌下一碗青蒿素熬製的湯藥。
三天後，屠戶醒了過來，雖然還有些虛弱，但已無性命之憂。
我……我真的好了？屠戶不敢相信。
淩雲點頭：狂犬病是腦損傷，不是中邪。我們用針刺激穴位，用草藥殺死，就能治好。
楊院判臉色鐵青。他沒想到，淩雲竟用實證打了他的臉。
這時，阿芷突然指著屠戶家的狗籠：先生，那條瘋狗還在！
淩雲眼睛一亮。他讓人把瘋狗抓來，當眾解剖。
大家看，他用手術刀劃開狗的頭顱，這狗的腦子裡有積水，神經細胞壞死。這就是狂犬病的根源！
百姓們湊過去，隻見狗腦中果然有渾濁的液體。
原來如此！一個老農恍然大悟，不是中邪，是腦子壞了！
楊院判見勢不妙，轉身想走。卻被陸明遠攔住：楊大人，您不是說淩先生剖孕婦屍嗎？現在有孕婦家屬嗎？我們當場解剖給您看！
楊院判嚇得連連後退：你……你血口噴人！
淩雲冷冷地看著他：楊大人，謠言就像這瘋狗，你不打死它，它就會咬死人。今日我當眾解剖瘋狗，就是要告訴大家——醫道要實證，不要迷信！
百姓們歡呼起來。他們圍著淩雲，七嘴八舌地問著各種病症。醫正堂的弟子們則忙著分發《新醫啟蒙》，講解書中的方子。
楊院判灰溜溜地走了。他知道，自己在百姓心中，已經輸了。
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