在朱載坖命令之下，朝廷各部都開始運轉起來了，在朱載坖的命令之下，大量的官軍和糧秣開始的調動起來，同時李如鬆奉調北上，在路上李如鬆向朱載坖上疏，請求出征女真，同時陳述了自己的方略，李如鬆認為，揍個努爾哈赤哪需要這麼麻煩，揀選五千精騎，他李如鬆親自帶兵，直接橫掃女真，朱載坖對於李如鬆的奏疏沒有作出回應，而是要他立即到任參謀軍務總署。
而安東都護府也向朝廷奏報，一些仍舊忠於倭王的大名公推毛利家起兵反叛，現在安東都護府已經調集官軍和忠於大明的土司們發兵討伐毛利隆景，方逢時和劉綎向朝廷奏報，起兵反抗大明的倭國大名的人數大約在五六萬之數，雖然從總兵力上來說，遠遠不是安東都護府的對手，但是這些人比較聚集起來還是數量不少的，在這種情況之下，朝廷的精力顯然是被西北、東北兩場戰事所吸引了，對於倭國，朱載坖的態度就是嚴加誅戮，既然敢於挑釁大明就必須承擔相應的代價，這點是不容多說的。
朱載坖命令安東都護方逢時和提督軍務劉綎，對於毛利隆景嚴加誅戮，同時將石見銀山直接收歸朝廷所有，拓張大明在倭奴都統使司的勢力，而對於朝廷內部的一些反對聲浪，朱載坖現在必須要予以處理了，現在朝廷上下對於此事的討論是極為熱烈的，官員們紛紛上疏闡述自己的意見。
對於現在的情況，很多官員們表示擔憂，大明同時在西北、東北、倭奴、安南都有戰事，這是從來沒有過的事情，很多官員們認為國雖大，好戰必亡，從朱載坖即位以來，用兵不斷，雖然大多數以官軍取得勝利而告終，但是實際上也對大明的國力始終是一種損耗，他們以漢武帝作為例子，想要警示朱載坖。
他們援引曆代史家的話對於朱載坖加以勸諫：“武帝雖有攘四夷廣土斥境之功，然多殺士眾，竭民財力，奢泰亡度，天下虛耗，百姓流離，物故者半。蝗蟲大起，赤地數千裡，或人民相食，畜積至今未複。亡德澤於民，不宜為立廟樂。昔秦皇、漢武，外則窮極兵戈，內則崇侈宮室，人力既竭，禍難遂興，彼豈不欲安人乎？失所以安人之道也。”
甚至用唐太宗的話對朱載坖加以勸諫，當年唐太宗評價漢武帝說道：“近代平一天下，拓定邊方者，惟秦皇、漢武。始皇暴虐，至子而亡；漢武驕奢，國祚幾絕。窮兵三十餘年，疲弊中國，所獲無幾。”
對於這些奏疏，朱載坖一概予以留中不發，全當狗叫，朱載坖很清楚，他們對於戰爭性質和戰爭後果並不是很了解的，很多官員就是認為開戰就損耗國力，是不得已而為之的辦法，這點在中國曆代已經是被驗證了的，中國一直以來最大的外敵就是北方草原，從秦漢到大明，皆是如此。
中原強大的時候不管是秦皇漢武，還是唐太宗乃至於本朝的太祖、成祖，對於草原上的遊牧民族自然是大加撻伐，追亡逐北，可以使得草原消停不到百餘年的光景，但是一旦中原王朝虛弱了下來，這些草原上的少數民族肯定就是會直接對中原加以擄掠，甚至於改朝換代，這並不稀奇。
曆代的雄主們對於此事似乎也沒能夠找到合適的辦法，因為中原王朝出兵草原，其實是一件極為損耗國力的事情，這點朱載坖並不否認，無論是漢武帝對匈奴，唐太宗對突厥，乃至於成祖對於蒙古的征討，固然能夠在一段時間內起到效果，但是要想追根溯源，恐怕很難的。
究其原因，中原王朝的戰爭成本太高，對北方少數民族的征討有沒有任何收益，在這種情況下，這種征討是不可能長期持續的，這點朱載坖是很清楚的，一旦戰爭長期化，對於中原王朝來說是極為不利的，不僅僅是戰事的拖延，錢糧的消耗，對於中原王朝來說，還會導致農業生產秩序的破壞，這點對於中原王朝來說是最可怕的事情，所以在這種情況之下，形成了一個觀點，就是戰端不可輕啟。
朱載坖知道，在很多大明官員們的心目中，朱載坖就是一個輕啟邊釁的人，從朱載坖即位以來，用兵幾乎就沒有停止過，不管是對內鎮壓各種反叛，還是對外用兵，朱載坖在用兵這個問題上是從不囉嗦的，當然朱載坖麾下有一幫能征慣戰的武將，不管是老一代的馬芳、戚繼光、李成梁、劉顯還是新一代的李如鬆、劉綎、俞谘皋等人，他們確實都是當世一流的武將，同時在朱載坖的整頓之下，大明朝廷的財力加強，能夠支應大軍的征戰，這也是一個極為重要的因素。
在這種情況之下，官員們認為朱載坖是在頻繁用兵，虛耗國力，但是朱載坖認為，隻要能夠控製好戰爭的規模，同時戰爭能夠向大明提供足夠的好處，對於朝廷來說用兵並不是一個隻會消耗國力的事情，是否用兵，在什麼情況下用兵，這些問題必須要做個了斷，大明必須糾正一直的看法，大明的敵人不僅僅是北虜，不能將對北虜的用兵和其他地方的用兵混為一談。
對於此事，朱載坖還是很重要的，朱載坖決定以國務會議的形式對此事進行說明，在之前朱載坖對於內閣的改組中，在內閣下有一個特殊的機構，就是國務會議，原本是內閣、部院重臣們共商國事的一個機構，規格高於廷議和朝會，同時保密性強，朱載坖決定召集大規模國務會議，朱載坖親自主持，召集內閣輔臣、軍機大臣、部院侍郎、副都禦使以上官員，以及朝廷各寺、監、總署堂官等，一道在文華殿商量機務。
朱載坖和皇太子、皇太孫以及勳臣、親臣們一道參與。
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