對於大明的海防，也是朱載坖主要關注的問題，對於大明的海防而言，主要就是由三大防區所組成，第一就是拱衛京師，蔭蔽遼東和山東等地的海防，對於朝廷來說，這是最要命的事情，畢竟天津距離京師不過咫尺之遙，所以朱載坖不僅僅在天津設立了海防總兵，專門執掌天津的海防，同時北洋水師作為朝廷的腹心之地的防禦，分彆屯駐天津、大連等地，拱衛京師，作為京畿兵防的一部分。
而除了京畿和遼東海防之外，其次就是東南海防，東南對於大明的重要性，是不言而喻的，東南是大明重要的財賦來源，經濟重心，東南海關和工商賦稅冠絕天下，向大明財政提供了大量的錢糧，同時更是留都所在，自然也是海防的重點，不過由於現在大明已經控製了倭奴，東海較為平靜，但是真正的威脅主要是來自於南洋，主要是西夷對於大明的威脅。
同時大明主要是要應對南洋的威脅，東海水師不僅僅要承擔馳援倭奴都統使司的任務，還有就是屏障東南，保衛京師的重要的任務，這點是極為重要的，而對於整個大明的海防來說，重點是在南洋，朱載坖認為大明應該牢牢控製出南洋，實施艦隊水師製海和要地守衛兼備的海防戰略。
朝廷在南洋以滿剌加、淡馬錫、呂宋作為大明在南洋重要的戰略支點，同時以這些要地控製重要的海峽、水道等事務，這樣才能夠徹底控製住南洋，不讓西夷滲透進來，這是朱載坖對於海防最重要的安排，朱載坖認為，大明隻要控製住台灣和倭奴都統使司，就可以穩定東海的情況，而真正要命的是南海。
雖然大明也在一直經略南洋，但是西夷的勢力也在不斷地滲透，朱載坖斷言，大明和這些西洋必有一戰，而水師，將會是這場大戰的主力，朱載坖對太子、皇太孫已經諸位輔臣們說道：“諸位，南洋之重，朕就不必多言了吧？若南洋有失，則何以禦敵？若大明不在南洋禦敵，就要在兩廣禦敵，若兩廣失利，就要在蘇鬆禦敵，諸位明白這個道理嗎？”
太子、皇太孫和重臣們當然明白這個道理，大明開海這麼多年，對於海洋已經不是那麼陌生了，同時對於這些西夷，大明也逐漸有了一些了解，尤其是這些西夷在南洋的所作所為，都傳到了大明，他們暴虐嗜殺，絕非善類，不少官員都已經上疏認為朝廷要嚴加防備，嚴防這些人生事。
朱載坖認為，必須要在南洋建立起大明的海防體係，將西夷堵在南洋之外，保證大明本土不受威脅，這點是毋庸置疑的，所以大明將安南都護府、南洋水師和南洋外府、南洋的番邦屬夷以及緬甸等處的水陸駐軍，作為朝廷的在南洋的重要軍事存在，扼守馬六甲海峽，使得西夷不得跨過海峽，對於大明本土構成威脅。
同時以呂宋、緬甸等地作為第二道防線，拱衛安南、交趾和兩廣，作為保衛大明本土的最後一道防線，這點是極為重要的，而除此之外，就是西南等處的土司了，之前的楊應龍之叛，已經深刻說明了這些土司是不可靠的，所以大明在國內的重點就是繼續推行改土歸流，消滅土司製度，加強朝廷對於邊疆地區的控製。
對於湖南、雲貴、廣西、四川等處的這些土司，要加強控製，推動改土歸流，在邊疆戰事結束之後，就是要將官軍內調，用以對付這些土司，加強朝廷對於這些地方的控製，這點是毋庸置疑的的。
同時就是對於烏斯藏的經略，在鞏固了西域之後，朝廷就從四川、青海、甘肅、西域四個方向對於烏斯藏形成了包夾之勢，朝廷就可以加強控製烏斯藏，鞏固大明的國防。
朱載坖指出了一條很明確的國防線，北方以外興安嶺、阿爾泰等山河要地作為大明的邊疆，以藩籬、屬夷、外邊、內邊四重防線拱衛大明的北部邊疆，而在南方和海防，以倭奴都統使司、朝鮮、台灣構成大明在東部沿海的國防屏障，在南洋，以安東都護府所領導的番邦屬夷作為藩籬，然後控扼馬六甲，力圖強化對於南洋諸國的控製，將西夷擋在南洋之外。
同時以緬甸、呂宋、交趾等構成大明南洋防禦線，這個防禦線是拱衛大明本土的核心防線，隻要有人膽敢逾越，就必須要用兵，予以迎頭痛擊，這點是毫不含糊的，這是關係到大明的生死存亡和國土安全的問題，不管財政壓力多大，朝廷都要堅決扞衛大明的國防線，保證大明本土不受侵擾，這種仗是必須要打的。
除了這種仗之外，剩下的戰事就要考慮成本問題了，當然，這種成本是多方麵的，不僅僅是直觀的經濟利益，還有就是貿易、政治等其他因素都要考慮進去，打仗是必須要核算成本的，朱載坖問到：“若是有人阻隔大明和西洋的海上貿易，要挾大明，那應該怎麼辦啊？”
這點肯定是毫無疑問的要揍了，大明現在財政依靠海關關稅，要是誰敢阻隔貿易，那就是斷大明朝廷的財路，官軍水師不上門要求自由貿易才是怪事了，所以朱載坖的意思是很明確的，要是要弄明白一個問題，對於大明來說，現在什麼仗要打，什麼仗不用打，這是最關鍵的。
打仗並不可怕，可怕的無目的的戰事，朱載坖認為國雖大，忘戰必危這點確實是要牢記的，但是同時還有一點，就是天下雖安，忘戰必危，大明朝廷不輕言戰事，但是也決不畏戰，尤其是在南洋，關乎大明的財源，保障商路通暢，是大明現在最重要的事情，在這個問題上，大明必須對西洋展現出足夠的強硬，這點是必要的，大明的主要對手，已經從北虜變為了西夷，這點是大明朝廷必須要糾正的觀點。
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