在明白了朱載坖的用意之後，李如鬆當然知道下麵應該怎麼做的，朱載坖對李如鬆說道：“參謀軍務，乃是要務，朕托付於李卿，勿使朕失望也！”
朱載坖對於李如鬆所寄予的希望還是很大的，朱載坖希望李如鬆承擔起參謀軍務的重任，負責為朝廷決斷軍機要務，朱載坖將此次征討努爾哈赤的戰事交給了李如鬆，讓他來掌握戰事節奏，和在前線的張元功、嚴紹庭等人決定戰事，朱載坖也警告李如鬆，張元功畢竟是公爵，同時又是前敵指揮，李如鬆必須要予以尊重。
這點李如鬆還是很清楚的，他雖然倨傲，但是並不是蠢貨，他很清楚張元功的份量，他可是戚繼光的弟子，同時也是深受朱載坖信任的勳臣武將，自然是要給予足夠的尊重的。同時按照朱載坖的指示，和張元功等人商量好了應該怎麼處置女真人。
在李如鬆的命令之下，遼東、大寧、吉林三都司和朝鮮之兵四麵合圍努爾哈赤，同時官軍派出大量的尖哨和騎兵，打探女真人的情況，遼東地方官府和遼東總督衙署也發布命令，要求女真各部內附，接受朝廷的安排西遷，否則的話就視為叛逆同黨，予以剿滅。
同時官軍在遼東的騎兵也開始集結，作出一副要遠出搗穴的態勢，給努爾哈赤施加了強大的壓力，在官軍強大的壓力的，遼東的女真人隻有兩個選擇，要麼放棄自己的祖祖輩輩所生活的地方，內附大明，遷往西北，要麼就投靠努爾哈赤，和大明對著乾，但是和大明官軍作對，在女真人心目中還是一件很渺茫的事情。
而除了軍事的打擊之外，朱載坖還將功夫做到了戰場之外，朱載坖發內帑給遼東地方官府，給願意遷移到西北的女真人安家銀等事項，給他們錢財，同時對於帶領女真人來投奔大明的，按照帶來人丁數量的多少給予官製，你能帶來十個人丁，就當小旗，帶來五十個，就當總旗，拉來一百，就當百戶。
整個部落來內附大明的，還在這個基礎上額外加兩級，通過這種手段，大明要招攬大量的女真人去西北，同時削弱努爾哈赤的力量，將女真人分化成兩部分，終於大明的和與大明作對的，很明顯，中國有句古話，識時務者為俊傑，這句話在女真人這裡一樣很適用。
大部分的女真人都是俊傑，這使得努爾哈赤更加孤立，而明白了朱載坖意圖的李如鬆在和張元功、嚴紹庭等人商量了之後決定逼努爾哈赤主動出擊，官軍和朝鮮軍隊封鎖各處交通要道，斷絕努爾哈赤的一切物資供應，使得努爾哈赤的後勤瀕於崩潰，官軍的目的很明確，就是逼女真人主動出戰，而官軍就可以以逸待勞，將其殲滅。
而在倭國，現在形勢也有所變化，倭國的這些叛亂大名，公推毛利隆景為盟主，準備對抗大明和倭奴都統使司的土兵，但是毛利隆景自己的地位就不穩固，在前任家督毛利元就隱居後，毛利隆景與兄長吉川元春分掌毛利家大權。而後毛利元就去世，其孫毛利輝元繼承家督之位，隆景與元春共同輔佐輝元統領毛利家，軍事方麵由元春負責，政務、外交方麵則由隆景負責。
但是他們兩人卻不合，而毛利家的家督毛利輝元卻不想和大明作對，因為毛利家的擴張沿用久用的結盟方式，與東國大名並不相同，毛利家東麵五國的領地大多是威壓當地豪族及小名而成，也就是繼續他們“豪族之長”的精神。但問題是，這個形式並不十分強韌，如要約束這個“豪族聯盟”的發展，必要的妥協並不能缺少，加上毛利家在軍隊上的不平衡發展——水軍重於陸軍，更使毛利家倚重盟友的陸軍及自身強大的水軍來保持強勢勢力。就如毛利元就所說：“我家十國，麵對一次危機後可能隻餘五國，再一次、兩次危機後可能隻有原本吉田鄉的領地”。
毛利輝元很清楚現在的情況，官軍和親大明的各土司，總兵力不下二十萬，就憑借毛利家和這些豐臣、德川餘孽，加起來不過十萬之數，戰鬥力更是懸殊，在這種情況下，無異於以卵擊石，但是若是不可能，毛利隆景恐怕也不會善罷甘休的，而且這些大名也不會輕易放過毛利家的。
同時毛利隆景也不好對付，豐臣秀吉對他有恩，十分賞識他，毛利家在秀吉麾下立功無數，而毛利家實質上的指揮官卻不是毛利輝元，而是隆景。因為隆景的功績，秀吉再三提拔，想讓隆景脫離毛利家，成為獨立的大名，但隆景卻堅持婉言謝絕。但是隆景一直是很感激豐臣秀吉的。
而豐臣秀吉被官軍所殺，隆景一直想報仇，這次能夠糾集十萬之眾，他認為可以報答豐臣秀吉的知遇之恩，雖然毛利輝元不同意，但是他在毛利家的影響力是遠不如隆景的，所以毛利輝元為了保全毛利家，選擇放棄家督之位，攜帶家眷投奔大明，這樣就可以兩頭下注了。
對於毛利輝元的投奔，方逢時等人是極為重視的，畢竟他也是倭奴都統使司眾十分有份量的土司，他的主動投奔可以為視為一個對大明極為有利的消息，所以方逢時熱烈接待了他，同時向朝廷奏報此事，為毛利輝元請封，朱載坖也當然明白方逢時的意思。
當即下達詔書，任命毛利輝元為倭奴都統使司都統僉事，許諾在平定叛亂之後給他一塊土地，當然，石見銀山自然是要收歸大明朝廷直接管理的，但是毛利家依舊是倭國的豪族，同時還有大明的支持，對於毛利輝元來說，並不是什麼壞事，他和大明是各取所需罷了。
同時提督劉綎也指揮各軍出戰，按照朝廷的命令，此戰主要由倭國土兵開打，官軍反而不做主力，隻有這些土兵無法獲勝時官軍才會出戰。
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