對於在劉綎的指揮下，官軍迅速進剿，朱載坖還特地頒布上諭，在討平倭亂之戰中立功最大的土司，朱載坖會任命他為倭奴都統使司都統使同知，這點對於這些土司們的誘惑力還是很大的，因為對於現在的倭奴都統使司來說，所謂的都統司年紀尚小，而且在大明的嚴厲控製之下，是不可能履行什麼都統使的職務的，而同知顯然就是已經是都統使司的長官了，要是能夠當上這個都統同知，就相當於成為倭國土司的長官了，雖然比不上之前的倭王權勢重，但是依舊有很大的權力，所以不少有實力的土司也想要爭取這個同知的地位。
同時官軍大舉掃蕩，對於這些反叛的倭國土司，劉綎的態度是很明確的，就是破城殺人，殺到他們膽寒為止。雖然對於劉綎的舉動，也有一些言官上疏彈劾，認為劉綎殺戮過重，但是朱載坖一概予以留中，根本不予理睬，同時還密旨給劉綎，要他大張撻伐，以彰天威，劉綎自然是心領神會，指揮官軍大開殺戒。
而在遼東，朝廷雖然調集了重兵，但是卻並沒有發動攻勢，將努爾哈赤部包圍起來之後，官軍逐步推進，穩紮穩打，在切斷努爾哈赤的物資供應渠道之後，遼東地方官府開始將這些內附的女真人遷移到西北去，按照之前朝廷所設定的方案，對於這些蒙古人，朝廷要采取集中安置與分散安排相結合的辦法予以安置。
所謂集中安置，就是以部族作為單位集中安排，在西北臨邊之地重新建立建州衛、建州左衛和建州右衛，發揮女真人為大明屏障的作用，而同時為了防止女真人做大之後反而威脅大明，朝廷還是要將這三衛予以分開安置，同時由官軍加以監控，這樣的話，既讓女真人發揮大明藩籬的作用，又要防止這些女真成為大明的禍患，這點是極為重要的。
而一些不願遷移的女真人則是投靠了努爾哈赤，最開始努爾哈赤是極為高興的，因為的實力一下子從不過萬餘人擴張到了三萬五千餘精壯，使得努爾哈赤的實力現在比之以前提高了數倍，但是很快努爾哈赤就笑不出來了，因為這些幾萬張嘴是要吃飯的，尤其是這些所謂的精壯，他們要能夠保持戰鬥力，是需要糧秣食品的。
而現在官軍嚴密封鎖各處道路，彆說糧食這種大宗物資，就是食鹽現在努爾哈赤都極為短缺，但是官軍雖然聚集了大軍，但是張元功和嚴紹庭謹守營壘，控製各條交通要道，卻並不進攻，努爾哈赤當然很清楚官軍的意圖，就是準備困死女真人，官軍有糧秣可以轉運，冬季也可以就近運輸煤炭和進行樵采等方式度過遼東的寒冬，但是缺乏物資的女真人就很麻煩了，但是要想主動進攻，對於女真人來說也不容易，官軍都是修築了各種工事，目的就是為了扼守要害，不讓女真人突圍。
現在天氣還比較炎熱，同時女真人擅長漁獵，再加上王兀堂部之前畢竟還是有一些儲備的，所以現在努爾哈赤尚不缺乏物資，但是他很清楚，一旦這種封鎖的時間增加，對於女真人來說是極為不利的，到時候官軍依靠封鎖就能夠使得女真人的戰鬥力大打折扣，努爾哈赤也嘗試了幾次去進攻官軍的小型營壘，發現根本就是得不償失。
張元功等人嚴格限製各個小型營壘所儲存的物資數量，同時官軍各部之間以烽燧等形式加以聯係，將騎兵作為機動部隊加以部署，使得官軍的互相支援能力很強，而且官軍憑堅據守，又有火器之威，女真人往往要付出不小的代價才能夠攻克官軍一個小據點，還要冒著官軍支援部隊迅速趕到的風險，即便是攻破這些營壘，所得的物資也是非常之有限的。
這種消耗對於努爾哈赤來說是極為不利的，因為官軍可以隨時補充兵員，而女真人要想補充兵力就很難了，對於女真人來說，這些消耗就是慢性自殺罷了，他也在苦思冥想，想要找一個破局之法。
而在大明朝廷，對於遼東戰事，朝廷之上也是討論不少，朝廷調集重兵於遼東，但是張元功、嚴紹庭卻頓兵不戰，每日所耗費的錢糧何止千萬？不少官員都認為朝廷應該迅速結束此戰，減少國帑的浪費，但是朱載坖顯然不是這麼想的，戰勝努爾哈赤其實並不是一件難事，以大明現在在遼東所集結的兵力，一鼓作氣擊敗女真叛軍，不是什麼難事，但是朱載坖要的不是擊潰戰，而是殲滅戰，朝廷必須要畢其功於一役，這次徹底消滅女真對大明的風險，所以朱載坖的態度就是不惜物力，要選擇最穩妥的方案才行。
所以之前朱載坖就和李如鬆等人商量過了，朝廷的策略是逼其主動進攻，朝廷先在野戰中將其擊敗，然後在大軍進剿，永絕後患，這樣做的好處是穩妥同時能夠最大程度的永絕後患，當然大軍長期屯駐，所耗費的錢糧也是極大的，但是朱載坖的看法是寧可耗費錢糧，也要徹底消弭女真對於大明的威脅。
所以對於朝臣的上疏，朱載坖都予以留中，同時以上諭的形式明發軍前，要求張元功、嚴紹庭等人持重用兵，務求必克，在朱載坖上諭的指揮下，官軍不斷縮小包圍圈，步步緊逼，壓縮努爾哈赤的活動空間，逼迫女真人主動追求和官軍的決戰。
李如鬆之前就和張元功等人商量了，兵法有雲，圍師必闕，對於女真人來說也同樣是如此，官軍也給女真人留了一個破綻，就是朝鮮軍隊，這次官軍也征調了朝鮮軍隊參與圍剿女真人，其實大明也很清楚朝鮮軍隊戰鬥力孱弱，所以也朝鮮方向也配置官軍以加強實力，但是總的來說，在官軍的參與圍剿女真人的各部中，朝鮮方向確實是相對比較弱小的，這也成為了官軍的一個破綻。
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