而在京師，朱載坖也已經收到了張元功的報捷奏疏，官軍在渾江大勝，現在已經將努爾哈赤部包圍在五女山城上了，對於官軍來說，無非就是花費時間攻克山城罷了，朱載坖給張元功等人下旨，務必要減少傷亡，保全士卒性命，同時努爾哈赤等人，活要見人，死要見屍。
除了遼東的戰事之外，倭國的戰事也基本告一段落了，這些舉兵反叛的土司，雖然看起來聲勢浩大，但是對於朝廷來說，戰鬥力其實不強，而且他們大多是些烏合之眾，沒有統一的指揮，在官軍和忠於大明的土司打擊下，這些叛亂的土司很快被鎮壓下來了，官軍一路高歌猛進，蕩平三島。
而安東都護方逢時也向朱載坖上疏陳述善後四條，方逢時向朱載坖條陳善後四條，第一條就是設州縣，現在大明直接控製的領土已經達到了原來倭國領土的四成，倭國的大部分平原和適宜耕種的土地都已經被大明所控製了，所以方逢時認為要遷移百姓，在這裡屯墾，加強朝廷對於這些地方的控製，同時設立州縣，逐步實施改土歸流的政策，以達到以夏變夷的目的。
第二條就是大興文教，之前大明就在原來倭國的重要城市開設學校，現在更是要推動文教，在大明所控製的州縣以及衛所，自然是要建立相應的學校，同時就是在廢除倭國原本的所謂假名之後，就要以正音漢字教化倭國，在各個土司中一樣也要建立學校，同時要把這些土司酋長的子弟加以教化，不僅僅是在倭奴都統使司接受教化，同時對其中比較優秀的，也要選送國子監教化，加強朝廷對於這些土司的控製。
第三就是控製佛教，之前倭國的佛教盛行，不僅僅是有大量的僧人和寺院，這些禿驢還公然組織僧兵，乾涉政治，把持經濟，這都是大明所決不允許的，方逢時向朱載坖陳奏，從中原選拔能夠恪守清規戒律的僧人到倭奴都統使司，嚴厲整頓當地佛教，將之前僧人和寺院的種種特權予以廢除，以嚴格的清規戒律規範他們的活動，決不允許他們在乾涉政治等事情。
第四條就是礦冶國有，現在大明已經控製了倭奴都統使司所有的大型金銀銅礦，這些礦藏現在現在都被朝廷所控製了，方逢時認為這些對於大明有著很重要的作用的礦藏，必須由朝廷直接控製，直接予以開采，同時將這些礦產運送到大明以供朝廷所用，這點是非常之重要的，朱載坖當然也知道此事的重要性。
對於方逢時所條陳的善後四條，朱載坖下內閣召集各部院討論之後予以同時，朱載坖命令在安東都護府下設安東布政使司和按察使司、提學使司與原來的都指揮使司一道構成大明的安東的行政機關，同時都察院等相關部院也要設立相應部門，向安東布政使司派遣巡按禦史等官員。
同時為了保證能夠將安東都護的這些礦產轉運到大明來，朱載坖下令組建安東轉運使司，專門負責將這些礦產冶煉之後運輸到朝廷的各個鑄幣廠中鑄成朝廷的銀錢和製錢，以保證大明的貨幣供應問題。
同時朱載坖也命令在交趾、安南和安東三布政使司開科舉，選拔人才，為大明所用，遷移百姓到當地去屯墾，以加強朝廷對於這些地方的控製，隨著倭奴都統使司和遼東戰事的平息，對於大明來說財政壓力驟然減輕，同時之前對於朱載坖甚至朝廷政策的質疑也隨之煙消雲散，現在遼東戰事雖然尚未結束，但是明眼人都看得出來，努爾哈赤已經是強弩之末了，朝廷剿滅他們已經是時間問題的。
而現在仍舊牽扯朝廷比較大的精力的就是西域的戰事了，今年在朱載坖的命令之下，西域戰事的強度有所下降，官軍主要是在西域開展屯墾，鞏固朝廷在西域力量，這點是極為重要的，同時就是外交方麵的事宜，也是朱載坖所關心的事情。
在土默特部的牽線搭橋之下，和碩特部也向大明表達了善意，雖然之前喪失了烏魯木齊的住牧地，但是和碩特仍舊在衛拉特蒙古中有較強的實力，但是和碩特部現在也麵臨內外的雙重威脅，日子並不好過，從外部來說，大明在西北的擴張對於衛拉特四部來說確實是構成了沉重的威脅，同時喀爾喀部也在北邊對衛拉特部虎視眈眈。
而在衛拉特四部內部，形勢也對和碩特部不利，因為衛拉特四部中其餘三部都是從瓦剌中分化出來的，而獨有和碩特部是從韃靼中來的，所以其餘三部是形成了天然聯盟，之前和碩特部能夠坐穩衛拉特盟主之位，主要是因為和碩特部實力強大，占據了烏魯木齊的住牧地，現在這裡被官軍所奪占，和碩特部實力受損，其餘三部自然沒有之前那麼安穩。
而土默特部則是遣使向和碩特部曉以利害，其實早在俺答汗時期，和碩特部和土默特部的關係就很密切，和碩特部能夠坐穩衛拉特盟主之位，和土默特部的支持也是密不可分的，所以土默特部和和碩特部的關係是很緊密的，而且三娘子也是出身於衛拉特，對於自己的娘家，還是比較關注的。
土默特部的使者向和碩特部傳達了大明的要求，和碩特部必須接受大明冊封，同時大明也會和和碩特部通貢，同時大明支持和碩特部繼續成為衛拉特的盟主，但是衛拉特四部要成為大明西北的藩籬，為大明抵禦喀爾喀部和這些從中亞來的回教勢力，同時照土默特部例，大明要派遣科布多辦事大臣，並且駐軍於此，管轄以阿爾泰山為中心的蒙古高原西部及準噶爾盆地北端的額爾齊斯河流域，直至齋桑泊的廣大地域，鞏固大明的西北邊界，同時衛拉特部受順義王管理。
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