朱載坖現在要對西域南部用兵，所以說對於西域北部的衛拉特蒙古，朱載坖希望采用較為和平的辦法對衛拉特部加以拉攏，使得官軍可以騰出手來南下伊犁等地，迅速討平西域，這點是極為重要的，所以對於衛拉特部的條件是相對比較寬鬆的。
朝廷不會大規模乾涉衛拉特內部的事務，駐軍科布多等地也主要是為了解決大明的西北邊防問題，這點是極為重要的，在安定了倭國之後，朱載坖必須對於蒙古事務有一個完整的規劃，為大明日後對於蒙古的戰略製定好辦法，所以朱載坖決定召開國務會議，召集內閣輔臣、軍機大臣以及相關的部院衙門官員，同時和臨邊督撫們一道就此事進行商討。
朱載坖首先命令兵部、錦衣親軍等衙門就大明現在所掌握的情況向朱載坖和重臣們加以彙報，現在蒙古部落中比較大的就是三部，第一就是所謂的漠南蒙古，主要是以土默特部為主，包括原來土蠻、鄂爾多斯等部的餘部等，和大明的關係是最為密切的，土默特部和大明的關係是相對比較密切，現在順義王和大明的關係也是最密切的，他們住牧在邊牆之外緊鄰大明的草原上，和大明通商貿易，是現在蒙古諸部中最親大明的部落了。
其次就是所謂的喀爾喀蒙古人，其實和土默特部是同出於東蒙古的，在大明初年，蒙古分裂為東西蒙古。西蒙古就是瓦剌部，遊牧在杭愛山以西、天山以北的草原，東蒙古則是韃靼部，而蒙古大汗的牙帳在東蒙古。蒙古大汗達延汗即位以前，在東蒙古中央地帶已經形成了六個大萬戶，但是除了蒙古大汗所在的察哈爾萬戶也就是土蠻部，其餘萬戶都在異姓貴族統治之下。達延汗經過長期的鬥爭，結束了異姓貴族對各部的世襲統治權，同時將自己的子孫分封到六萬戶，在東蒙古確立了成吉思汗“黃金家族”的直接統治。
達延汗共有十一子。達延汗將其第六子阿勒楚博羅特與第十一子格哷森劄劄賚爾分彆分封到喀爾喀萬戶的左翼和右翼。也就形成了現在的喀爾喀蒙古，喀爾喀蒙古所占據的住牧地是十分之廣大的，接呼倫貝爾，西至科布多，南臨大戈壁，北與布裡亞特蒙古接壤。雖然和大明部直接接壤，但是依舊是大明必須要重視的勢力。
然後就是衛拉特四部了，對於衛拉特四部，現在大明也已經是比較了解了，在之前大明主要打交道的對象就隻是土默特部，對於大明來說，和蒙古打交道的目的主要就是為了使得大明的九邊安定下來，在很多朝臣們看來，現在這樣就已經很好了，土默特部對大明十分之恭順，現在九邊的危機已經解除了，所以現在的狀態就是很好的。
但是朱載坖顯然想的要更加遙遠一些，土默特部現在對於大明自然是恭順的，但是土默特部能否保證一直恭順？或者是土默特部雖然能夠保證恭順，但是土默特部要是無法統禦其餘蒙古諸部了，一樣對於大明是十分之麻煩的，而這種事情，在蒙古諸部之中其實是非常之常見的事情，這點對於大明來說是不得不防範的事情。
所以朱載坖認為，大明要糾正對於蒙古的態度，大明的出發點不僅僅隻是保證大明的邊防安全的問題，而是要對於蒙古三大部落都要加以控製，使得他們成為大明的藩籬，不過朱載坖認為，對於蒙古三部，大明還是有有所側重，分彆采取不同的態度，土默特部現在是和大明關係最密切的蒙古部落，不僅僅是順義王對大明比較恭順，土默特部在經濟上和大明的關係也是十分之密切的。
而且土默特部已經不能夠算是大明的藩籬了，準確的說，土默特部是大明的外邊，所以大明要加強對於土默特部的控製和管理，同時維護順義王蒙古之主的地位，這點將會是大明對蒙古的長期政策，也就是通過順義王領導蒙古各部，使得衛拉特和喀爾喀蒙古臣服於大明，成為大明的藩籬，這是大明的蒙古政策所要達到的目的。
對於朱載坖的這個設想，重臣們有些詫異的，申時行就問道：“陛下，如此豈不是要大用兵於塞外？”這是重臣們比較關心的事情，用兵塞外，是太祖、成祖時的常有的事情，不過當年以太祖、成祖的雄才大略，都未能通過征討大漠使得蒙古的邊患消失，而且這種大規模的出塞征討，所耗費的錢糧都是不菲的，所以重臣們對於此事是很重視的。
不過朱載坖對於大規模征討漠北也是持非常之謹慎的態度，大規模征討漠北，對於朝廷來說，征討漠北是一件極為耗費財力的事情，即便現在朝廷的財力有了很大的改觀，但是大明出塞征討，仍舊會對朝廷的財政造成很大的負擔，這點是很重要的事情。
而且對於蒙古，現在朱載坖已經有了更加有利的武器，就是宗教，雖然格魯派在草原的傳播，不僅僅是土默特部信奉，現在很多蒙古部落都已經信奉格魯派，最典型的例子就是喀爾喀部，早在隆慶二十一年，蒙古外喀爾喀領主，土謝圖汗部始祖。達延汗子格哷森劄劄賚爾孫，諾諾和(偉征諾顏)長子，喀爾喀部的大汗阿巴岱汗就已經到歸化城見達賴喇嘛，皈依格魯派。
阿巴岱汗至土默特歸化城(今呼和浩特)謁見第三世達賴喇嘛，呈獻貂皮、帳幕、幣帛、牧畜等數以萬計，獲得“瓦齊爾汗(一譯斡齊賚汗)”稱號，是本朝外喀爾喀第一個擁有汗號者，亦是第一個皈依佛教的外喀爾喀領主。歸後在和林附近建外喀爾喀第一所大寺額爾德尼昭，由棟科爾滿珠錫裡呼圖克圖主持開光儀式。在其倡導下，佛教迅速在外喀爾喀傳播。
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