當然張元功在遼東做的這些事情是瞞不了言官們的，不少言官紛紛上疏彈劾張元功、嚴紹庭濫殺，他們兩人也趕緊向朱載坖上疏請罪，因為這事畢竟是朱載坖以密旨的形式交代給他們兩人辦理的，朱載坖顯然不可能承認此事的，朱載坖在收到兩人的請罪奏疏之後，將首輔申時行、右都禦史勞堪召到西苑。
朱載坖對他們兩人說道：“現在張元功、嚴紹庭也上疏請罪了，他們都是為朝廷立下大功的人，朕自有處分，科道就不要鼓噪了。”
申時行、勞堪怎麼不明白朱載坖的意思，朱載坖的意思是很明確的，此事到此為止，朱載坖不想在追究下去了，兩位重臣都是人精，他們很清楚，張元功、嚴紹庭是沒有這麼大的膽子敢殺降的，最大的可能就是朱載坖事先已經授意他們兩人了，女真多次叛亂，朱載坖也確實是忍無可忍了，對女真出重手也在申時行等人的意料之中，所以現在朱載坖才會出來要求科道閉嘴。
申時行和勞堪趕緊答應下來，而朱載坖也以上諭的形式對於此事做了一個評價，朱載坖認為，張元功、嚴紹庭本來剿滅女真叛亂，立下大功，本當重賞，但是其殺降一事，科道交章彈劾，朱載坖也認為此事性質極為惡劣，本當嚴懲，姑念有功，不予追究。
同時下達詔令，英國公張元功以少保兼太子太保總督六軍營務，嚴紹庭官降一級，以中軍都督府都督僉事任錦衣親軍都指揮同知署本衙事，西寧侯宋世恩出鎮遼東，任提督遼東、大寧等處軍務，恭順侯世子吳汝胤升遼東總兵官，曹國公李言恭協理六軍營務，兼領侍衛內大臣，宿衛宮禁。
明眼人都看得出來，朱載坖雖然語氣嚴厲，但是實則對於張元功和嚴紹庭根本沒有問罪的意思，他們本來也知道，張元功是堂堂英國公，那是很難被問罪的，但是朱載坖的這個處理辦法也確實是刺激了很多官員，這哪裡是問罪啊，分明就是升賞，張元功總督六軍營務，比原來的總督京營戎政權力大多了，嚴紹庭也被召回京師，執掌錦衣親軍，雖然從職務上看確實是有所貶抑，但是都是實權職務，天子近臣，這就說明他們所做的事情大概率就是就是朱載坖所授意的，至少是朱載坖所默許的。
同時朱載坖命令軍機處迅速將善後事宜解決好，在原本女真人的地盤上安排衛所屯墾，控製這些地盤，同時加強對於吉林都司等地的支持，對於人口滋生的地方，也要適當的設立州縣，先由遼東布政使司管理，到合適的時候，成立吉林布政使司。
而在隆慶二十六年的中秋節，李成梁的報捷奏疏也到了京師，官軍在奎屯河大勝衛拉特四部，使得衛拉特四部退卻，對於大明來說，擊敗了衛拉特四部，對於大明在西域是極為有利的，這就意味著天山現在儘在官軍的掌握之中了，隻要能夠逼迫衛拉特四部和大明達成協議，大明的兵鋒就可以從天山直接南下，克服喀什等地，一舉將漢唐故地納入大明的懷抱之中，對於朝廷來說自然是極大的好事。
朱載坖對於李成梁、吳兌等人加以賞賜，同時加強對於蒙古各部的招撫，剿撫並用一向是朱載坖對於蒙古諸部的策略，現在外交方麵主意是和衛拉特四部打交道了，朱載坖命令雲中辦事大臣張學顏，要和順義王、大寶法王等一道與和碩特部談判，曉以利害，經過兩戰，他們也應該知道大明官軍厲害了，和大明作對是沒有任何好處的。
朱載坖表示，大明可以支持和碩特部為衛拉特四部之主，名義上接受順義王的管理，實則由科布多辦事大臣等辦事大臣負責處理蒙古的相關事務，朱載坖認為要加強大明對於這些蒙古部落的管理，既然是歸順大明，就必須要接受大明的管理，行封貢之實，和土默特部一樣，當然相應的經濟支持甚至於幫助蒙古人營建城池等，都可以考慮起來。
而在倭國，在大明的征討之下，倭國的叛亂也已經被討平了，官軍將這些膽敢叛亂的土司予以消滅，方逢時奏請論功行賞，這些叛亂土司的領地，一部分直接由朝廷予以沒收，增加朝廷在倭奴都統使司的力量，同時對於在此次平叛中出力的倭國土司，也要予以賞賜，這得到了朱載坖的同意，畢竟大明現在還是要收買人心的。
但是朱載坖也曉諭方逢時等人，非我族類，其心必異，對於這些倭奴土司，既要利用，也要防範，不能養虎為患，使得他們影響大明在倭奴都統使司的統治，還有就是加大對於倭奴都統使司和金銀和銅料的開采，轉運到大明各鑄幣廠，隨著西洋商道的再次通暢和大明經濟的發展，對於貨幣的需求量是進一步增加了，大明需要更多的貨幣，所以對於金銀銅料的需求量更大。
而在文思院的努力之下，有軌馬車和相應的車廂等也被研發了出來，這種有軌馬車雖然仍舊以騾馬牽引的，但是其載重能力遠遠超過一般的馬車，使用木質軌道的話，拉三四千斤不成問題，要是使用鐵質軌道的話，六千斤也是可以牽引的，這種馬車對於大明的礦冶確實是有很大推動。
大明現在冶鐵煉鋼都得到了長足的發展，同時朝廷和民間都需要大量的鐵料，而無論是鐵礦石還是煤炭，都是極為沉重的貨物，運輸起來極為不方便，有了這種有軌馬車，可以極大的提高朝廷轉運大宗物資的能力，這點是極為重要的，朱載坖顯然是極為支持此事的，朱載坖一向對於交通是極為重視的，在朱載坖的支持下，朝廷準備投資興建從天津到京師的有軌馬車專線，負責將海運而來的糧食等物資轉運到京通倉來。
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