朱載坖對於整個西域的處理辦法是先北後南，倒不是因為葉爾羌汗國有多麼強大，首先是地理問題，西域的地形北廣南狹，具有“北可製南，南不可製北”的地理特點。所以先控製北方，然後從交河出發，直搗喀什等地，更加方便。同時也是根據現實情況所做出的決定。
第一就是南北的軍事力量對比，對於大明來說，衛拉特部的威脅顯然是更大的，葉爾羌汗國充其量不過有兵五六萬，而且內部十分之分裂，對於大明來說威脅遠遠比不上衛拉特四部，所以朱載坖之前的計劃就是先解決衛拉特部，官軍才能夠放手的收拾西域南部。
朱載坖的第二個考慮就是對於從占領穩固的角度，北部比南部要容易一些，北部主要是蒙古人，他們的民族和宗教都比較單一，而且大部分的蒙古人在大明來了之後肯定是會跟隨自己的部落撤走的，這就使得朝廷可以在這裡放心的進行屯墾和修築城池等工作。
但是南方就不一樣了，西域的南方人口肯定是比北方多的，但是成分也更加複雜，不光是蒙古人，原來的突厥人、西域當地的少數民族，色目人、畏吾兒人等，民族成分是十分的複雜，而且主要是綠洲農業為主，不僅僅是民族成分極為複雜，還有就是宗教成分也極為複雜。
回教、格魯派等眾多教派都在此地傳播，但是在其中占據主導地位仍舊是回教，尤其是在葉爾羌汗國內部，回教對於其政權的影響是極大的，甚至可以說是一個政教合一的政權。
根據錦衣親軍的奏報，葉爾羌汗國是一個信奉伊斯蘭教的蒙古王朝。汗國的統治階級為信仰伊斯蘭教的察合台後裔，主要居民則是維吾爾族。汗國的政治體製既帶有草原遊牧民族的色彩，又吸收借鑒了南疆綠洲政治體係的長處。汗國信奉伊斯蘭教，各和卓的勢力很大。
速檀賽德曾經想成為一位德爾維希即托缽僧），投身和卓馬黑麻·尤素福的門下，後來及時受勸阻。由此時起，和卓家族興起。後來分為黑山派和白山派，兩派互鬥不已，直到亡國。白山派的支持者是哈薩克人，黑山派的支持者是吉爾吉斯人。
白山派在喀什噶爾統治，黑山派在葉爾羌統治。因為後來很多大城市由吉爾吉斯人管理，因此葉爾羌汗國有時被稱為吉爾吉斯汗國，由於汗國大部製度和成吉思汗時代無異，隻是信奉伊斯蘭教。汗國的官員分為軍事官員、宮廷官員、中央官員、宗教人士官員。汗由庫裡爾台推舉。法官由宗教官員與世俗官員出任。由案情決定，官教案件由哈的負責，習慣法由伯克負責。
葉爾羌汗國內部各派宗教勢力的鬥爭也是非常之激烈的，在正德年間，中亞撒馬爾罕納格什班迪耶教團謝赫麥赫杜姆·阿紮姆走訪葉爾羌，其後，他的兒子伊斯哈格·吾裡和長子穆罕默德·伊敏依禪卡朗）之子穆罕默德·優素福等先後到西域傳教，逐漸形成以葉爾羌為中心的伊斯哈格係和以喀什噶爾為中心的伊禪卡朗係，並演化為黑山派、白山派之爭。這時期重要的蘇菲主義團體除烏瓦伊西耶外，還有伊薩克耶、依乃克耶、米斯克耶和達瓦尼耶，均屬納格什班迪耶教團在西域的分支。
除了這兩派之外，還有大量的其他教派在葉爾羌汗國內部傳播，總之整個葉爾羌汗國以回教為國教，同時侵略性很強，在賽依德汗統治時，曾以“聖戰”的名義對周鄰非穆斯林的民族發動了多次戰爭，甚至染指烏斯藏，但是被擊退，所以對於西域南部，朱載坖認為消滅葉爾羌汗國是一個並不困難的事情，重要的是怎麼建立起朝廷在當地的統治，這點是非常之重要的。
其實朱載坖很清楚，關鍵問題就是對於回教的處理，這事朱載坖沒有立即召集閣部重臣，甚至是召開國務會議，而是和皇太子、太孫三人商量此事，朱載坖將吳兌和錦衣親軍的奏報給他們兩人看，朱載坖問道：“這西域回教，你們認為應該怎麼處理？”
太子首先是想到了太祖開國時的詔書：“如蒙古、色目，雖非華夏族類，然同生天地之間，有能知禮義，願為臣民者，與中夏之人撫養無異。”所以太子的看法是對於回教剿撫並用，基本延續太祖時的做法。
太祖在建國初年也麵臨回教問題，因為蒙古將他們的色目人帶到了中原，同時來的就是西域的回教勢力，當時的回教勢力還是很強的，而且有相當一部分色目人對蒙元比較忠誠，所以對於這些回教勢力，太祖皇帝先以優容，加以安撫，然後在予以逐步消滅。
為了安撫國初的回教，太祖皇帝禦筆親書讚揚回教稱：“乾坤初始，天籍注名。傳教大聖，降生西域。授受天經，三十部冊，普化眾生。億兆君師，萬聖領袖，協助天運。保庇國民，五時祈佑，默祝太平。存心真主，加誌窮民，拯救患難。洞徹幽冥，超拔靈魂，脫離罪業。仁覆天下，道冠古今，降邪歸一。教名清真，穆罕默德，至貴聖人。”
成祖也延續太祖的政策，也曾經下旨稱：“朕惟人心能好善者，必能敬天事上，勸率善類，陰翊皇度，導化群迷，故以天賜福，享有無窮。愛爾賽亦的哈馬魯丁，早從穆罕默德之教，篤誌清修，導引善類，又能敬天事上，益效忠誠，見茲善行，良可嘉焉。今特賜爾敕修護持，所在官員軍民人等一應毋得侮慢。敢有故違朕命，侮慢欺淩者，以罪罪之。故諭。”
通過皇帝親自下旨的方式，安撫回教，使之能夠為大明所用，在大明安穩之後，就是逐步的削弱回教勢力，使得其不能對大明朝廷構成威脅，朱翊釴認為可以沿用這個辦法。
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