在以皇帝名義對回教加以安撫並且穩定了國內的局麵之後，對於回教的限製就開始了，為了防止其勢力過分擴張，同時不讓回教乾預政治，朝廷規定這些回教的所謂長老隻能傳教布道，不能乾涉民間事務，不得掌理民間詞訟;廢除回教各掌教之名，統稱“老師傅”。太祖還拒絕撒馬爾罕內徙。有的地方甚至還禁止在元代任高官的穆斯林後人參加科舉考試，不許其為官。
更加重要的就是對其民族的同化，為了防止蒙古和色目人日滋繁衍，太祖下令凡蒙古人、色目人，聽與中國人為婚姻，不許本類自相嫁娶。違者，杖八十，男女入官為奴，通過這種方式加強對於回教和色目人的管理，削弱其影響力，應該說大明的這個政策是非常成功的，現在大明內地的回教和其他宗教沒有任何區彆，都服從大明朝廷的管束。
所以太子認為這一套辦法是行之有效，可以繼續沿用，畢竟現在大明腹地的回教，還是相當之恭順的，回教同漢文化的相互融合，將回教的基本教規、教義、生活習慣同中國傳統的儒家思想結合起來，在信安拉、信天使的同時，也推崇儒家的綱常倫理。如果一個回教穆斯林想要成婚，也會尊重中國傳統社會的“父母之命、媒灼之言”，還要遵從本人同意。
朱載坖聽了之後沒有發表意見，而是詢問皇太孫對於此事的意見，皇太孫認為如果要按照太祖、成祖的辦法進行的話，就不是一代兩代人能夠達到的事情，而且西域和大明腹地畢竟是有區彆的，這點還是注意的。朱載坖反而同意了皇太孫的意見。
朱載坖不是反對太子的意見，太祖、成祖之法確實是良法，但是太祖成祖之法的實施是要條件的，大明官軍當時可謂是威震天下，這點色目人或者是回教勢力是不敢輕舉妄動的，在這種情況下朝廷才能夠順利的實施各種政策，而且儘管蒙元時期回教和色目人勢力龐大，但是也隻是相對而言。
在中原畢竟漢人是占據絕對優勢的，隻要朝廷的政策合適，將之予以同化隻不過是時間問題罷了，但是西域則完全不是這樣，對於西域來說，這些少數民族在當地占據了人口的絕大部分，官軍反而是外來勢力，同時最重要的問題就是這些回教勢力和大明腹地的回教勢力是有本質上的不同。
首先這些地方的回教勢力更加原始也更加強大，這和大明腹地是不同的，雖然蒙元時代的回教勢力也很強大，但是那隻是相對而言，相比於中原的儒釋道三家來說，回教勢力仍然隻是一個很渺小的力量，但是西域則是完全不同的情況了，西域的回教勢力已經是相當的強大的。
西域回教勢力的強大主要表現在他們已經形成了政教合一的政權，這是朱載坖絕對不能容忍的，天無二日，民無二主，任何宗教都必須匍匐於朝廷之下，這點是朱載坖一再強調的，而顯然西域的回教勢力已經突破了這些底線，現在即便是官軍消滅了葉爾羌汗國這個政權，他們也不會就此罷手的。
這些回教勢力已經嘗到了權力的滋味，他們怎麼可能輕易的放棄，朝廷要在西域建立起大明的統治，就必須摧毀回教在西域的統治，這點是毋庸置疑的，西域的回教勢力絕對不會甘心放棄他們對於政權的控製的，在這點上，他們和大明朝廷是根本衝突的。
朱載坖認為，如果大明朝廷放棄在西域直接行使權力，而是放任西域回教勢力發展的話，他們一定會反抗大明的統治，同時勾結境外的回教勢力，圖謀不軌，這點是毋庸置疑的，所以朱載坖的看法是必須首先將西域回教的上層勢力全部予以剿滅，對於普通信眾，則是可以暫時放過一馬的。
為什麼朱載坖要實施先北後南的方針，甚至要和衛拉特部達成通貢，許和碩特部以一些利益，一來是朱載坖認為大明直接控製阿爾泰山和額爾齊斯河並不容易，用這些蒙古人作為大明的藩籬反而更好，二來就是先安定了蒙古衛拉特四部，然後以北製南，利用朝廷在天山和西域北部的屯田，支持官軍在西域南部的軍事行動。
在朱載坖看來，西域南部看似容易解決，但是其中問題的複雜程度是極高的，民族、宗教甚至外國勢力都介入其中，所以朝廷必須先以雷霆之勢威懾所有覬覦勢力，展現大明的實力，這點是最為重要的，所以朱載坖認為，官軍在進剿和田等西域南部勢力的同時，就是將當地回教勢力的上層予以全部消滅，徹底擊垮他們妄圖搞政教和一政權的想法。
現在和葉爾羌汗國中，黑山派和白山派兩支和卓勢力，在葉爾羌汗國統治者們的支持下得到了發展，並終於形成為以奪取葉爾羌汗國政權為目的的兩個政治派彆。
“和卓”是阿拉伯語與波斯語的音譯，意為“聖裔”，是對伊斯蘭教創始人穆罕默德後裔的尊稱，因而也成為某些並非聖裔的伊斯蘭教中的上層人物自我標榜的稱呼。朱載坖對於這些人的看法是一貫的，他們不重要，但是沒有他們，很重要，大明並非是要禁止回教的傳播，而是要回教按照大明的規矩來，誰是君主，誰是臣子，要搞清楚。
太子和太孫很清楚，朱載坖準備清除這些回教的上層勢力，必然遭到他們的拚死反抗，這點是毋庸置疑的，這樣一來，官軍就必然在西域大開殺戒，太子問道：“如此於父皇聖德有損啊。”
朱載坖毫不在乎的說道：“朕早就不在乎這些事情，朕幫你們父子把路鋪好，些許罵名朕還是能夠承擔的，但是朕將西域奪回來的，要是你們父子不能將西域給朕吃進去，朕就是化作厲鬼也找你們！”
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