對於朱載坖的決定，太子和太孫自然是不敢反對，但是太子提出是不是將麻貴調回來，畢竟麻貴自己就是回教徒，讓他去辦這事，似乎是有些不妥的，朱載坖認為也確實是如此，朱載坖當日就下達詔令，召征西副將軍麻貴回朝提督天武軍，掌清軍督練總署事務。
同時對於西域，要再次大規模增兵，這次和上一次的增兵不同，上次主要是為了征討蒙古人，所以所抽調的多是各鎮的精騎，但是這次主要是以各部的步兵為主了，這次朝廷所抽調的兵力數量龐大，規模是空前的。
按照朱載坖給軍機處下達的命令，抽調陝西、山西、河南、北直、山東、寧夏等各鎮、各都司的常備官軍，加強京軍一部，北方各省之班操京軍八萬，中都、興都兩留守司常備官軍，共計二十二萬，準備兵發哈密，一舉蕩平葉爾羌汗國，解決西域的問題。
這麼大規模的軍事行動，自然是需要一員大將來指揮的，朱載坖決定以武定侯郭大乾出鎮倭奴都統使司，調原提督倭奴水陸軍務事劉綎回朝，劉綎畢竟有指揮大軍作戰的經驗，更加重要的就是流通足夠狠辣，在倭國和安南就已經表現出來的，要對於西域的回教上層進行大規模的清洗，劉綎是非常之合適的人選。
同時朱載坖還點用了潞國公馬棟，沈陽伯黑雲龍等一眾武將，準備領兵西征，由於抽調來的官軍各部是有各鎮各都司、留守司所組成了，在戰前必須要經過一段時間的磨合才行，朱載坖命令所調發的官軍各部在蘭州府集結操練，明年開春之後再進軍西域。
同時這兩年朝廷也一直在哈密、交河等地儲存糧秣，準備支應官軍作戰，在哈密、交河供儲存糧秣二百三十萬石，同時朱載坖命令采購口糧一千萬份，發運軍前，作為官軍士卒們的應急口糧。
同時朱載坖在作出了各種決定之後，才召集國務會議，商討相關事務，對於朱載坖大舉發兵西域，群臣是早就有所準備了，畢竟現在隻有西域的戰事久拖不決，對於朝廷來說也絕非好事，所以朱載坖這次大舉發兵西域，若是能夠一舉解決西域戰事，其實也不失為一個辦法。
朱載坖首先闡述了自己的觀點，也就是對於回教的態度，就是要堅決打擊回教，尤其是這些妄圖竊取政權的回教勢力，朱載坖認為，在蒙元時期，這些色目人和回教勢力就是幫助蒙元，而大明奪取天下的過程中，回回中上層官員大多站在蒙元統治者一邊，或組織地方武裝——義兵鎮壓農民軍；或忠於職守、保衛一方，對抗農民軍，維護地方統治乃至殉國，即便是在大明取得天下之後，這些人還懷念前朝，充當遺民，由元入明寧願老死丘壑，為故主貞介自守，而不肯屈尊降誌、改事新朝者，其心殊不可問。
對於這些人，朱載坖一向是十分之警惕的，所以再次重申太祖詔令，朱載坖在重申太祖詔令之後，還特地予以解釋道：“胡元入主中國，其種族散處天下者，難以速絕。故凡蒙古及色目人，聽與中國之人相嫁娶為婚姻不許蒙古、色目之本類自相嫁娶。如本類中違律自相嫁娶者，兩家主婚杖八十，所嫁娶之男女俱入官，男為奴，女為碑。夫本類嫁姿有禁者，恐其種類日滋也。”
同時將大明腹地的回教和西域的回教予以區分，大明腹地的回教和回教徒，是受到大明律法所保護的，而西域的這些搞政教政權的回教，則是邪教，以教為名，行叛逆之舉，所以要予以鏟除，這兩者之間是有極大的區彆的。
說白了，就是要實現回教的中國化，將其予以馴服，其實在大明腹地，這點已經做得是非常之好了，這些回教徒如海瑞等人，雖然是回教徒，但是一樣能夠為大明所用，知書達禮，這點是非常之重要的。
其中的關鍵就是一是提倡經堂教育，二是刊印發表漢文譯述的伊斯蘭教典籍，而經堂教育的提倡，更是啟動了漢文譯述的開展。所謂漢文譯述，即“以儒詮經”，是“以東土之漢文，展天房之奧義”，也就是用中國語言和儒家文化來闡釋伊斯蘭教思想，用中國傳統哲學的無極、太極、陰陽、理氣、性命、五行、體用等範疇，闡發伊斯蘭教的宇宙觀，用中國傳統“仁”“義”“禮”“智”“信”，解釋回教的“念”“禮”“齋”“課”“朝”等，在學理上促進伊儒的交融會通。
回教要想得到朝廷的認可，就必須為朝廷所用，否則的話，就是大明的叛逆，就是官軍征剿的對象，這點是毫無疑問的。
在朱載坖的指令之下，翰林院迅速擬定了詔書，昭告天下，朱載坖在詔書中說道：“葉爾羌恃其遐阻，屢擾疆場，肆行凶虐，種類乖離。爰命將士，申茲吊伐，有征無戰，所向摧殄。明罰??法，聖人垂懲惡之道；命將出車，王者成定亂之德。故三苖負固，虞帝所以興師；鬼方不恭，殷宗所以薄伐。朕嗣膺景命，君臨區夏，弘大道於四方，推至誠於萬類，憑宗社之靈，藉股肱之力，億兆獲乂，封疆無虞。建木疏林，山經靡記之域，幽都大夏，王會不書之君，莫不革麵內款，屈膝請吏，襲冠帶於魏闕，均貢賦於華壤。”
在解釋朝廷為什麼征討葉爾羌的時候，朱載坖說道：“是故中國往昔之疆必複，且舊民塗炭之苦當拯也。及中州既定，皇風遠肅，人懷首丘，途經彼境，皆被困係，加之重役，忍苦遐外，控告無所。又伊吾之右，波斯以東，職貢不絕，商旅相繼，探書遭其寇攘，道路由其擁塞，反道敗德，世安好禍，間嘩酋豪，交亂種落，遂使氈裘之長，亟動乾戈，引弓之人重罹塗炭。朕甚傷之！”
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