雖然朱載坖已經授權朱翊釴全權處理此事，但是朱翊釴認為，這是有可能要用兵的大事，還是必須要在朱載坖的首肯下實施，在奏請朱載坖同意之後，在西苑無逸殿召開國務會議，內閣輔臣、部院重臣和軍機大臣們完全參與，太子朱翊釴主持會議。
重臣們到齊之後向朱載坖父子行禮之後，朱載坖笑著說道：“朕已經將此事全權委托於太子了，今日雖然是太子奏請，朕勉為其難，但是還是太子定奪，朕不過是聽上一聽罷了。”
在太子的主持下，對於這次六省改土歸流事情，內閣已經有了部分的意見，對於這六省，內閣認為各省的實際情況不同，也應該采取不同的措施，如雲南、貴州、廣西三省，這三省的土司之前已經被大明官軍收拾過了，現在對於朝廷還是比較恭順的，對於這三個地方的土司，可以采取相對比較溫和的策略。
但是四川、湖南等地的土司，恐怕是很難善了了，這點朱載坖和朱翊釴也是很清楚的，內閣的意見是雖然朝廷要剿撫並用，但是首先還是要做好軍事準備，因為這些土司的想法和正常人還是有很多不同的，尤其是四川等地的土司，實力還是比較強大的，朝廷必須做好軍事準備才行。
同時就是對於石柱土司等一些之前對於大明比較恭順的土司和在平叛中對大明立過功的土司，是否是應該予以優待，這也是一個問題，朱載坖沒有參與討論，他今天隻帶耳朵來，是聽這些重臣們發表意見的，大部分的重臣們都認為對於這些一向恭順或者是曾經為大明立下戰功的土司，要予以厚待，按照功勞大小，給與衛所世職，保證他們的安置，這點還是很重要的。
同時就是對於舉兵反抗的，要堅決予以進剿在，這點是毋庸置疑的，對於重臣們來說，比較擔心的就是四川和湖廣兩省的改土歸流，一來就是這兩省的土司力量強大，而且並沒有受過官軍的打擊，所以他們對於朝廷的恭順不足，而且這兩省的官軍久疏戰陣，戰鬥力有多強，確實是很難說的一件事情。
對於這點，軍機處也是很清楚的，軍機處認為，四川、湖南兩省的衛所和常備官軍，屬於操練而且裝備落後，確實是不堪大用，要想整頓兩省兵防，還需要時間才行，同時軍機處要調度各處官軍，參謀軍務總署製定相關的規劃等也都需要時間，所以內閣認為現在不宜大張旗鼓的進行宣傳。
對於改土歸流，首先是要命令地方督撫查明自己轄區內的土司情況，包括土司的數量、實力、對朝廷的態度還有就是土司之間的關係，要予以詳細的查探，這樣才能夠保證朝廷有足夠的信息來製定合理的規劃。
其次就是軍事準備，涉及到的各省都要加強兵防，兵力不足的由參謀軍務總署調發援兵，軍需後勤總署也要補充相應的物資、軍械等，清軍督練總署也要對於各部官軍加強訓練監察，確保有足夠的戰鬥力應對可能出現的各種反叛。
最後就是改土歸流的實施階段，對於各個土司，要有針對性的設計方略和預案，未慮勝，先慮敗這點是極為重要的，同時就是朝廷的調度也是很重要的，不僅僅是在軍務上的調度，官軍各部都必須在軍機處的指揮下統一行動，在整個改土歸流的實施過程中，地方官府也必須按照朝廷的方略不折不扣的加以實施，同時及時向朝廷彙報相關的情況。
朱翊釴在聽取了重臣們意見之後，決定實施第一步，就是對於各種情報的搜集，主要是三個部分，第一就是地方官府的情報搜集，有內閣以庭寄的形式要求涉及到的各督撫曉諭地方官府，搜集轄區土司的各種情報，以密疏形式上奏。
第二就是由都察院直接派出巡按禦史到這些地方去，以欽差名義搜集相關的各種情報，同時錦衣親軍也要參與進來，搜集相關情報，各路所搜集的情報互相參照，保證情報的準確性。
朱翊釴要求內閣、軍機處和相關的部院與地方督撫先就改土歸流商量出一個具體方案來，然後等到相關的情報到了之後再具體確定詳細的方略，重臣於是領旨去辦了，在重臣們走後，朱翊釴還是要向朱載坖請旨的，說實話，朱載坖對於太子的表現還是非常之滿意的，太子能夠聽取意見並且作出相應的決斷，同時這些大事，也能夠做到謀定後動，也還是非常之不錯的。
朱載坖隻是問了一個問題：“太子準備先難後易還是先易後難呢？”
這是一個重要的方略問題，這個方略確定下來，才能夠製定與之相配套的方略，朱翊釴思考半晌之後說道：“父皇，兒臣以為既要先易後難，也要先難後易。”
朱翊釴向朱載坖詳細陳述了自己的看法，所謂先易後難，就是在大的方麵上要先易後難，主要是因為各省的準備情況不同，所麵臨的土司力量也是不同的，如廣西土司已經被官軍修理過一次了，力量大為削弱，同時其附近的交趾、廣東等省和本省都駐有重兵，官軍力量強大，肯定是要先實施改土歸流的。
而像四川，境內的官軍還需要整頓加強，而本省的土司力量又相對強大且複雜，肯定是要放在後邊解決的，這就是先易後難。
而在一個區域等改土歸流，則是要先難後易，也就是先這一地域內最強大的土司動手，樹立其朝廷的威信來，這樣才能夠對於其餘的土司加以震懾，同時即便是用兵，也要爭取一次用兵，永絕後患，所以在第一地域內實施改土歸流的話，是要先難後易的。
對於朱翊釴的這個方略，朱載坖表示十分之滿意，他對朱翊釴說道：“放膽去做即可，不要瞻前顧後。”
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